簡明生物信息學

第1章 緒論
1．1 生物信息學的產(chǎn)生與發(fā)展
1．1．1生物學發(fā)展與計算機應用
1．1．2生物信息學及分支學科
1．1．3生物信息學發(fā)展階段與研究方向
1．1．4我國生物信息學研究的發(fā)展方向
1．2 生物信息學基本方法與前沿技術
1．2．1基本方法
1．2．2前沿技術
1．3 生物信息學的應用
1．3．1生物信息的經(jīng)濟價值與生物信息學市場
1．3．2基因組分析
1．3．3基因芯片
1．3．4藥物開發(fā)
1．3．5其他應用領域
1．4 生物信息學教育與學習
1．4．1生物信息學教育項目
1．4．2生物信息學的學習與實踐
1．4．3本書要點
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參考文獻
第2章 生物信息學的計算機基礎
2．1 數(shù)據(jù)管理與數(shù)據(jù)庫技術
2．1．1數(shù)據(jù)管理的3種形式及其特點
2．1．2數(shù)據(jù)庫基本概念
2．1．3數(shù)據(jù)庫體系結構的3個抽象級別和兩級數(shù)據(jù)獨立性
2．1．4關系數(shù)據(jù)庫
2．1．5數(shù)據(jù)庫的保護
2．1．6數(shù)據(jù)庫是高層應用的基礎
2．2 計算機網(wǎng)絡與Internet
2．2：1局域網(wǎng)與廣域網(wǎng)
2．2．2客戶機／服務器體系結構
2．2．3網(wǎng)絡中的常用組件
2．2．4Internet及其發(fā)展
2．2．5TCP／IP協(xié)議
2．2．6IP地址和域名服務
2．2．7與Internet的連接方式
2．2．8Internet提供的服務
2．3 Internet上的高級信息管理
2．4 Java及移動計算
2．5 數(shù)據(jù)倉庫和數(shù)據(jù)挖掘
2．6 其他的計算機知識
2．6．1算法和算法分析
2．6．2相似性度量
2．6．3配對算法
2．6．4分類與聚類
2．6．5隱馬爾可夫模型
2．6．6人工神經(jīng)網(wǎng)絡
思考題
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參考文獻
第3章 生物信息學資源與數(shù)據(jù)挖掘工具
3．1 引言
3．2 生物信息學資源
3．2．1基因組信息
3．2．2蛋白質信息
3．2．3整合生物學信息
3．3 分子數(shù)據(jù)挖掘工具
3．3．1序列相似性查詢軟件
3．3．2通用序列查詢和模式識別工具
3．3．3構建序列查詢協(xié)議
3．3．4數(shù)據(jù)挖掘工具例子——GeneMine
思考題
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第4章 DNA序列分析
4．1 引言
4．1．1為什么要分析DNA序列
4．1．2基因結構與DNA序列分析
4．2 表達序列標簽分析
4．2．1CDNA文庫與表達序列標簽
4．2．2EST數(shù)據(jù)庫
4．2．3EST分析
4．2．4電子克隆CDNA全長序列
4．3 序列對位排列
4．3．1記分矩陣
4．3．2點標方法
4．3．3全局排列與局部排列
4．3．4CLUSTAL軟件
思考題
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參考文獻
第5章 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
5．1 分子進化的基本概念
5．1．1同源性與同源性狀
5．1．2類群
5．1．3系統(tǒng)（發(fā)育）樹
5．2 分子進化模型與序列分歧度計算
5．2．1核苷酸序列進化
5．2．2蛋白質編碼序列進化
5．2．3核苷酸序列分歧度
5．2．4蛋白質編碼序列分歧度
5．3 分子系統(tǒng)樹的構建
5．3．1距離矩陣法
5．3．2簡約法
5．4 分子系統(tǒng)樹檢驗
5．4．1一致性指數(shù)與一致樹
5．4．2統(tǒng)計檢驗
5．5 分子系統(tǒng)發(fā)育分析軟件及應用
5．5．1軟件包
5．5．2應用實例
思考題
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參考文獻
第6章 基因組分析
6．1 引言
6．2 基因組分析原理
6．2．1基因組的結構組成與穩(wěn)定性
6．2．2基因組作圖
6．2．3基因組計劃
6．3 功能基因組學
6．3．1功能基因與功能基因組學
6．3．2非確定讀碼（uRF)
6．3．3直系同源體簇（COG)
6．4 比較基因組學
6．4．1基本原理
6．4．2主要方法
6．4．3功能網(wǎng)絡
6．5 基因組分析系統(tǒng)實例——ACeDB
6．5．1ACeDB的主要結構與功能
6．5．2ACeDB的應用實例
思考題
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參考文獻
第7章 蛋白質組分析
7．1 引言
7．1．1什么是蛋白質組
7．1．2為什么需要蛋白質組學
7．1．3蛋白質組研究的發(fā)展
7．1．4蛋白質組分析中的信息學工具
7．2 蛋白質組分析技術
7．2．1蛋白質組分析的出發(fā)點
7．2．2蛋白質組分析的技術路線
7．2．3蛋白質組分析的關鍵技術
7．2．4蛋白質組分析模型與數(shù)據(jù)庫
7．2．5SWISS-PROT應用實例
思考題
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參考文獻
附錄1生物信息學相關網(wǎng)址
附錄2生物信息學相關刊物
附錄3英漢名詞索引
附錄4縮略詞表