RNAi：基因沉默指南

1 植物中的正義共抑制：歷史、現(xiàn)狀與展望（陳忠斌 王艷華 譯 崔洪志 校）4 11 植物基于同源性基因沉默機制的早期認識5 12 RNA復制和其中RNA依賴的RNA聚合酶（RdRP) 6 13 過量表達正義轉基因引起RNA沉默的兩種模型7  131 dsRNA轉錄體觸發(fā)RNA沉默8  132 單拷貝正義外源基因如何成為RNA沉默的觸發(fā)分子8  133 解釋植物共抑制相關文獻的復雜性10 14 基因翻譯在正義共抑制中的作用？11 15 DNA甲基化與RNA沉默的關系13 16 正義共抑制在植物生理和發(fā)育中的潛在作用14  161 RNA沉默信號和功能性內源mRNA通過胞間連絲在細胞間運輸和通過韌皮部長距離轉移14  162 正義共抑制表型中的表遺傳（epigenetic）變化14  163 植物中超細胞（supracellular）信息加工和存貯的可能假說17 致謝17 參考文獻182 動物細胞中的轉基因共抑制（梅柱中 譯 陳忠斌 校）21 21 果蠅轉基因沉默現(xiàn)象22  211 其他構件引起的共抑制23  212 聚合梳族基因的影響24  213 含PRE元件構件間的相互作用26  214 共抑制和配對敏感性沉默26 22 果蠅轉基因的轉錄后沉默28 23 Run-On轉錄分析30 24 piwi與aubergine對轉錄后及轉錄水平基因沉默的影響30 25 轉基因對轉座元件的影響33 26 果蠅中Stellate/Stellate抑制子的相互作用34 27 線蟲基因表達共抑制34 28 哺乳動物中的共抑制35 29 總結36 致謝37 參考文獻383 雙鏈RNA對基因組的調控（付漢江 譯 楊 明 鄭曉飛 校）43 31 RNA介導的DNA甲基化44 32 RdDM 和同源依賴性基因沉默45 33 RNA介導的啟動子序列甲基化和TGS45 34 植物胞核存在一個獨立的dsRNA加工途徑嗎？46 35 細胞質產生RdDM的RNA信號46 36 可移動沉默信號和DNA甲基化47 37 RdDM的機制47  371 RdDM：短RNA或dsRNA?48  372 DNA甲基轉移酶和RdDM50  373 染色質因子和RdDM51  374 遺傳篩選發(fā)現(xiàn)新的RdDM缺陷突變型52 38 RdDM只在植物中發(fā)生嗎？53 39 蛋白編碼區(qū)和啟動子甲基化的不同后果54 310 RNA介導的染色質修飾？55 311 脈孢菌中不配對DNA引起的減數(shù)分裂沉默56 312 啟動子dsRNA的天然來源56 313 類病毒致病性：宿主基因的RdDM？57 314 RNA介導TGS在功能基因組學中的應用57  3141 啟動子反向重復序列的長度和組成58  3142 間隔區(qū)大小和序列59  3143 轉錄啟動子59  3144 多聚腺苷酸化信號59 315 RNA介導的基因組修飾60 致謝60 參考文獻604 線蟲中的RNAi（孟慶文 譯 仇華吉 校）65 41 概念與策略66  411 RNAi缺陷型突變體66  412 RNAi機制68  413 RNAi的遺傳性70  414 轉移性RNAi和免疫系統(tǒng)70  415 RNAi的傳播72  416 共抑制和RNAi73  417 轉座子沉默、共抑制和RNAi之間的關系：三種現(xiàn)象，一種機制？74  418 RNAi的天然功能74 42 實驗技術76  實驗方案1: dsRNA導入77  實驗方案2：共抑制79  實驗方案3: RNA分離79  實驗方案4: si/miRNA檢測80 致謝82 參考文獻825 RNA與生物學：RNAi生物化學研究（師迎旭 譯 岳培斌 校）86 51 RNAi的生物化學86 52 通過體內研究了解RNAi機制87 53 RNAi研究的生化模型87 54 RISC: RNAi的催化動力（engine) 89 55 通過Dicer作用產生siRNA92 56 Dicer和miRNA的發(fā)現(xiàn)94 57 體內的Dicer97 58 哺乳動物細胞RNAi的生物化學97 59 主旋律中的變調？98 510 RNAi與人類疾病的關聯(lián)？101 511 RNAi與基因組103 512 總結104 參考文獻1056 shRNA介導哺乳動物基因表達沉默（張卓遠 譯 鄭曉飛 校）110 61 調節(jié)基因表達的RNA發(fā)夾結構110 62 siRNA111 63 兩種RNA沉默通路的聯(lián)系113 64 RNA沉默分子的結構114 65 miRNA作用靶點115 66 介導基因沉默的發(fā)夾RNA遺傳操作115 67 shRNA介導動物基因表達沉默120 68 RNAi穩(wěn)定轉基因動物121 69 結論122 致謝124 參考文獻1247 轉座元件、RNAi與異染色質起源（郭 永 譯 章金剛 校）129 71 轉座子作為控制元件130 72 異染色質和轉座子圖譜131 73 轉座子沉默機制134  731 DNA甲基化134  732 組蛋白修飾135  733 染色質重建（remodeling) 136  734 RNA干擾138 74 RNAi和轉錄沉默在機制上是相關的139  741 裂殖酵母中的轉座子、重復序列和基因沉默139  742 RNAi 和著絲粒沉默140  743 染色質連接141  744 建立還是維持？142  745 著絲粒功能143 75 結論144 參考文獻1448 核糖核酸酶III超家族：在RNA成熟、降解與基因沉默中的結構與功能（梅柱中 譯 陳忠斌 孫志賢 校）150 81 RNase III超家族概述151  811 細菌RNase III功能152  812 其他細菌RNase III同源分子的功能154  813 細菌RNase III同源分子的底物反應表位154 82 細菌RNase III作用機制156  821 催化結構域：功能與結構特點156  822 dsRBM：結構與功能特點158  823 活性位點結構與參與的二價金屬離子159  824 細菌RNase III作用機制總結161  825 酵母RNase III同源分子：底物與功能162  826 高等真核生物RNase III同源分子結構與功能165 83 Dicer在RNAi和調節(jié)性小RNA成熟中的結構與功能166  831 Dicer產生siRNA167  832 Dicer參與調節(jié)性小RNA的成熟加工167  833 Dicer作用機制與結構167 84 關于RNaseIII起源169 85 總結與展望170 致謝170 參考文獻1709 RNA依賴的RNA聚合酶在基因沉默中的作用（周緒斌 譯 陳忠斌 校）176 91 概念與策略178  911 番茄細胞RdRP178  912 RdRP同源基因在基因沉默中的作用181  913 降解性PCR(degradative PCR)  與轉移性RNAi(transitive RNAi) 184  914 基因沉默作用模型189  915 細胞和病毒RdRP是否有進化上的關系？190 92 QDE-1的RdRP活性193 93 總結194 94 實驗技術194  實驗方案1: RdRP活性測定194  實驗方案2：短合成模板的轉錄195  實驗方案3：果蠅胚胎提取物的制備及分級分離197  實驗方案4：從果蠅胚胎提取物制備siRNA198  實驗方案5: siRNA引導的RNA合成199 致謝201 參考文獻20110 異染色質結構與功能：表遺傳性基因沉默與基因組組織結構的聯(lián)系（陳留存 李 潔 劉朝暉 譯 邵寧生 校）206 101 異染色質特性207  1011 凝聚207  1012 轉錄抑制208  1013 重組抑制208  1014 染色體分離209  1015 序列組成211 102 位置效應色斑的調節(jié)物211  1021 異染色質蛋白1211  1022 組蛋白和組蛋白修飾212 103 常染色質表遺傳控制中的異染色質樣結構214  1031 HP1控制“常染色質”214  1032 發(fā)育中可遺傳的基因抑制214  1033 表等位基因215  1034 新著絲粒215 104 異染色質的起始機制215  1041 DNA結合蛋白216  1042 重復序列誘導的異染色質形成216  1043 RNA指導的沉默217 105 事例研究：裂殖酵母異染色質形成217  1051 著絲粒與端粒218  1052 沉默mat位點的異染色質調節(jié)基因沉默、重組和交配型轉換218  1053 異染色質形成中的著絲粒重復序列219  1054 RNAi與粟酒裂殖酵母異染色質組裝220  1055 異染色質邊界221  1056 異染色質結構域的建立和維持221 106 結論224 致謝224 參考文獻22511 高通量RNAi: 線蟲全基因組RNAi篩選（孟慶文 譯 仇華吉 校）234 111 概念與策略235  1111 將dsRNA導入線蟲的方法235  1112 RNAi作為分析大批基因功能的工具236  1113 RNAi與正向遺傳學的局限性與差異238  1114 RNAi篩選設計注意事項239 112 RNAi篩選的前景241 113 結語241 致謝241 參考文獻24212 PTGS技術與植物大規(guī)模功能基因組學研究（毛建平 譯 陳忠斌 校）244 121 概念與策略244  1211 正向遺傳學244  1212 反向遺傳學245  1213 PTGS系統(tǒng)246 122 實驗技術259  粒子轟擊法遞送雙鏈RNA259  穩(wěn)定轉化法遞送雙鏈DNA259  農桿菌滲入法遞送雙鏈RNA260  通過VIGS方法遞送dsRNA261 123 展望262 致謝262 參考文獻26313 哺乳動物中的RNAi（楊 明 譯 付漢江 鄭曉飛 校）266 131 概念與策略267  1311 RNA干擾的一般機制267  1312 應用RNAi分析哺乳動物細胞基因功能274 132 小結281 133 實驗技術282  實驗方案1: siRNA序列的選擇282  實驗方案2: siRNA退火制備siRNA雙鏈體283  實驗方案 3：細胞培養(yǎng)及24孔板細胞制備284  實驗方案 4：熒光素酶報告質粒與siRNA雙鏈體共轉染285  實驗方案 5: siRNA雙鏈體轉染287  實驗方案 6：蛋白質敲減的免疫熒光實驗288  實驗方案7: Western印跡檢測蛋白質敲減289 致謝291 參考文獻29114 禽類胚胎中的RNAi（周緒斌 譯 陳忠斌 校）298 141 雞胚作為研究神經系統(tǒng)發(fā)育過程中基因功能的模型299  1411 注射和電穿孔dsRNA引起靶基因特異性表達下調301  1412 卵中RNAi引起的基因沉默導致特異性功能缺失表型301  1413 卵中RNAi的應用303 142 實驗技術303  實驗方案1: dsRNA制備303  實驗方案2: dsRNA向卵內注射及電穿孔305  實驗方案3：軸突尋路分析307 致謝311 參考文獻31215 小鼠卵母細胞和植入前胚胎細胞中的RNAi（詹林盛 譯 王全立 校）314 151 概念與策略314  1511 哺乳動物細胞對dsRNA的反應314  1512 哺乳動物RNAi途徑315  1513 RNAi在哺乳動物早期胚胎細胞中的作用317  1514 RNAi作為研究哺乳動物的實驗手段319 152 發(fā)展方向324 153 實驗技術325  實驗方案1：長dsRNA分子的制備325  實驗方案2：顯微注射卵母細胞和早期胚胎細胞332 致謝340 參考文獻34116 果蠅細胞培養(yǎng)中的RNAi技術（饒 林 譯 王全立 校）345 161 概念與策略346  1611 果蠅S2細胞系統(tǒng)的特性346  1612 RNAi在S2細胞培養(yǎng)中的應用348 162 實驗技術349  1621 S2細胞RNAi實驗方案349  1622 dsRNA的制備350  1623 其他注意事項351  1624 關于靶序列的更多說明352  1625 S2細胞RNAi的應用353 163 結語356 注釋357 致謝357 參考文獻35717 RNAi技術在果蠅中的應用（仇華吉 譯 溫亞麗 陳忠斌 校）360 171 概念與策略361  1711 外源性RNAi361  1712 內源性RNAi363  1713 外源性和內源性RNAi方法的選擇365  1714 RNAi特異性的確定366 172 實驗技術367  實驗方案1: dsRNA合成368  實驗方案2：胚胎顯微注射和分析372  實驗方案3：用基因槍將dsRNA送入胚胎377  實驗方案4：胚胎表型分析381  實驗方案5：細胞培養(yǎng)RNAi388  實驗方案6：原代細胞RNAi390  實驗方案7：第一代轉基因RNAi390  實驗方案8：第二代轉基因RNAi392 致謝395 參考文獻39618 布氏錐蟲及其他非經典模式生物RNAi（楊 光 曹國軍 譯 邵寧生 校）398 181 RNAi是研究進化多樣性的工具398  1811 草履蟲398  1812 水螅399  1813 Cupiennius蜘蛛399  1814 盤基網柄菌399 182 錐蟲RNAi的一般特點400  1821 布氏錐蟲RNAi研究的早期歷史400  1822 布氏錐蟲中可誘導和可遺傳的RNAi方法400  1823 引發(fā)RNAi的雙鏈RNA特點401  1824 RNAi能迅速引起胞漿內mRNA降解402  1825 RNAi利用于功能研究402 183 siRNA特征402  1831 外源dsRNA產生的siRNA分析403  1832 內源轉錄體產生的siRNA分析：RNAi在沉默反轉錄轉座子轉錄物中的作用403 184 mRNA翻譯在RNAi機制中的作用404  1841 siRNA與多聚核糖體相互作用404  1842 RNAi與mRNA翻譯的偶聯(lián)：一種模型405  1843 翻譯依賴和非翻譯依賴RNAi機制405 185 錐蟲中RNAi的遺傳學分析406  1851 RNAi對生存是非必需的406  1852 Argonaute家族基因是錐蟲RNAi必需的406 186 總結407"