計算機輔助藥物分子設計

第一章 藥物研究及計算機輔助藥物分子設計 第一節(jié) 藥物研究和開發(fā)的歷史及現(xiàn)狀 第二節(jié) 現(xiàn)代藥物研究的四大技術(shù)支柱 第三節(jié) 計算機輔助藥物分子設計第二章 計算機學中的最優(yōu)化方法 第一節(jié) 引論 第二節(jié) 數(shù)值最優(yōu)化方法 第三章 計算機化學中的非數(shù)值最優(yōu)化方法 第一節(jié) 引論 第二節(jié) 模擬退火  第三節(jié) 遺傳算法 第四節(jié) 神經(jīng)網(wǎng)絡 第四章 分子力場和力場參數(shù)化 第一節(jié) 分子力場和勢函數(shù)形式 第二節(jié) 分子力場的分類 第三節(jié) 力場參數(shù)的擬合 第五章 構(gòu)象分析方法 第一節(jié) 小分子的構(gòu)象分析方法 第二節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的預測 第六章 分子動力學 第一節(jié) 積分方法 第二節(jié) 初如化 第三節(jié) 粒子受力的求算 第四節(jié) 邊界條件 第五節(jié) 非鍵相互作用能的處理 第六節(jié) 約束條件動力學 第七節(jié) 恒溫和恒壓分子動力學 第八節(jié) 分子動力學軌跡分析第七章 溶劑效應 第一節(jié) 顯示溶劑模型 第二節(jié) 連續(xù)介質(zhì)模型 第八章 結(jié)合自由能計算 第一節(jié) 引言 第二節(jié) 自由能微擾和熱力學積分方法 第三節(jié) 基于主方程的自由能計算方法 第四節(jié) 基于經(jīng)驗議程的自由能預測 第五節(jié) LIE方法第九章 定量構(gòu)效關系方法研究 第一節(jié) 二維定量構(gòu)效關系方法 第二節(jié) 建立定量構(gòu)效關系模型的統(tǒng)計方法 第三節(jié) 三維定量構(gòu)效關系方法 第四節(jié) QSAR的應用 第十章 藥效團模型方法 第一節(jié) 藥效團模型的表達 第二節(jié) 藥效團模型的識別 第三節(jié) 基于藥效團模型的數(shù)據(jù)庫搜索 第四節(jié) 藥效團識別系統(tǒng) 第五節(jié) 藥效團模型方法的應用第十一章 分子對接方法 第一節(jié) 分子對接的原理 第二節(jié) 幾種有代表性的分子對接方法 第三節(jié) 虛擬篩選的策略 第四節(jié) 分子對接在藥物設計中的應用 第十二章 從頭設計方法 第一節(jié) 從頭設計方法的分類 第二節(jié) 幾種重要的從頭設計方法 第三節(jié) 從頭設計在藥物開發(fā)中的應用第十三章 分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫和虛擬組合化學 第一節(jié) 三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 第二節(jié) 分子結(jié)構(gòu)的拓撲表和結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化 第三節(jié) 數(shù)據(jù)庫搜索技術(shù) 第四節(jié) 重要的三維結(jié)構(gòu)搜索系統(tǒng) 第五節(jié) 計算組合化學方法第十四章 藥代動力學特征和毒性的預測 第一節(jié) 藥代動力學特征的預測 第二節(jié) 分子毒性的預測 第十五章 EGF-R和抑制劑間的相互作用模式的研究 第一節(jié) 酪氨酸蛋白激酶 第二節(jié) 苯胺喹唑啉類抑制劑的三維構(gòu)效關系 第三節(jié) EGF-R和喹唑啉類抑制劑結(jié)合模式的預測 第十六章 HIV-1蛋白酶抑制劑的設計 第一節(jié) HIV-1病毒的結(jié)構(gòu)和侵襲靶細胞的機制 第二節(jié) 基于HIV蛋白酶的抑制劑設計