生物芯片技術與應用詳解

定　價：￥38.00

作　者：	（美）G.哈德曼
出版社：	化學工業(yè)出版社
叢編項：	生物實驗室系列
標　簽：	生物科學

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ISBN：	9787502589196	出版時間：	2006-09-01	包裝：	平裝
開本：	16	頁數(shù)：	236	字數(shù)：

內容簡介

　　最近幾年應用生物芯片技術進行基因表達譜分析已成為常用的分子生物學技術。全基因組序列信息的公布和技術的進步，促使生物芯片技術能在基因組等更廣范圍上進行應用，使分析生物轉錄組中大部分基因的表達譜成為可能。記得當我第一次看到真實的芯片時是如此的激動。這是發(fā)生在1995年，Synteni公司在Palo Alto的DNAX中心演示生物芯片技術，我當時是一名博士后。1998年，作為在上游技術領域的科研人員，我終于有機會成為這一研究領域中的一員。那時，DNA微陣列技術已發(fā)展得相當成熟，芯片制備技術和數(shù)據分析方法也變得更復雜。寫作本書的動機源于2002年3月由我在加利福尼亞大學San Diego Bioscience Extension組織的一門稱為“微陣列技術總論”的課程。這提供了一個重要的論壇來探討生物芯片技術的最新進展和發(fā)展趨勢。該課程提供了微陣列和基因芯片技術的詳細介紹，不斷發(fā)展的生物芯片研究、微流路技術、設備、點印和檢測方法以及成功進行基因表達譜和SNP分析所需方法和試劑等的技術標準。這已成為年度大事，并出版了2003年度會議總結。本書是一部指導生物芯片研究人員進行實驗室操作的技術手冊。主要包括四個方面的內容：主要的生物芯片技帶；生物芯片實驗室與相關儀器設備；生物芯片數(shù)據統(tǒng)計分析和數(shù)據管理的知識；生物芯片的應用，書中包含大量生物芯片技術的技術細節(jié)和實踐技巧，并重點提示了如何制備高質量的生物芯片。本書適用于生物芯片研究的技術人員，同時也可供相關專業(yè)的研究生參考。

作者簡介

　　Gary Hardiman是美國加利福尼亞大學圣地亞哥分校（UCSD）生物醫(yī)學基因組學微陣列芯片實驗室（BIOGEM）的負責人。BIOGEM是美國加利福尼亞大學圣地亞哥分校一個有組織的研究單位和中心實驗室，致力于生物芯片技術和生物信息學等高通量基因組學方法的研究。他講授的一門課程是“從基因到生物學功能概述”，這是該大學（生物科學）藥物發(fā)現(xiàn)和開發(fā)職業(yè)強化證書[Extension（Bioscience）Drug Discovery and Development Professional Certifieate]的選修課程。Gary Hardiman博士于2002年3月13～15日組織了UCSD生物芯片技術會議。他畢業(yè)于愛爾蘭（Gal—way）國立大學，獲得微生物學博士學位，他的研究方向是用基因組學方法去闡明疾病的分子機制。聯(lián)系地址：Gary Hardiman，Ph．D．BioMedical Genomics Microarray FacilityDivision of BiologyUniversity of California San Diego2234 Bonner Hall9500 Giiman DriveLa Jolla CA 92093—0

圖書目錄

1生物芯片技術簡介陳忠斌王艷華譯1
11引言2
12DNA微陣列芯片的發(fā)展過程2
13DNA微陣列和基因芯片3
14基于啟動子的DNA微陣列芯片5
15生物芯片操作中遇到的問題6
16芯片檢測方法6
17結論7
參考文獻7
2微陣列生物芯片操作的實驗室自動化馬卓婭湯華譯9
21為什么要實現(xiàn)實驗室的自動化操作？10
22定制微陣列芯片的制作10
23雜交系統(tǒng)的自動化13
24芯片數(shù)據的讀取——掃描儀13
25實驗室的常規(guī)自動化16
26總結18
參考文獻18
3DNA芯片與生物芯片中心實驗室劉全俊潘品良譯19
31引言20
32點樣芯片——寡核苷酸或PCR擴增子？21
33DNA的高通量擴增21
34小鼠單基因微陣列的制備25
35RNA的確定和熒光靶標的標記26
36標記靶標的評價28
37微陣列芯片的預掃描28
38雜交和掃描29
39點制芯片的質量控制30
310芯片點樣儀和掃描儀31
311數(shù)據分析——克隆跟蹤、芯片尋點(spotfinding)以及數(shù)據發(fā)掘32
312結論35
參考文獻39
4生物芯片的納米顆粒標記劉全俊陸祖宏潘品良譯40
41引言41
42RLS粒子作為超靈敏檢測標記物的基本原理41
43光散射理論和選擇便于超靈敏檢測的顆粒大小組分42
44儀器50
45蛋白質、DNA探針及配體與RSL顆粒的交聯(lián)51
46RLS顆粒在固相檢測分析中的檢測靈敏度和檢測范圍51
47應用52
致謝58
參考文獻59
5如何評估生物芯片掃描儀潘品良劉全俊譯60
51引言61
52掃描儀的校準61
53總結67
參考文獻69
6全基因組水平mRNA表達譜分析在農業(yè)基因組學研究中的
應用周鑫徐文英譯70
61引言71
62基因轉錄譜分析芯片72
63對未測序植物的可選方法73
64農業(yè)研究中的應用范圍73
65整合互補的基因組數(shù)據74
66結論75
參考文獻76
7生物芯片技術在藥物靶標確證和新藥發(fā)現(xiàn)中的應用文思遠王升啟譯80
71基因組學和藥物發(fā)現(xiàn)81
72單核苷酸多態(tài)性和Crohn病82
73微陣列技術和精神分裂癥83
參考文獻85
8蛋白質芯片在蛋白質組學中的應用周華蕾馬玉媛呂茂民譯
章金剛校87
81引言88
82芯片構造與表面化學88
83結合蛋白的檢測91
84蛋白質芯片的應用93
85結論94
致謝94
參考文獻95
9SpanscriptＴＭ：快速獲取非冗余cDNA3′端文庫用于制備微陣列芯片的
方法仇華吉劉麗玲譯97
91引言98
92Spanscript方法學99
93用于微陣列芯片的３′ cDNA文庫（探針庫）制備102
94Spanscript技術應用實例102
95基本原理103
96Spanscript軟件104
97討論105
參考文獻107
10生物芯片數(shù)據管理陸祖宏劉全俊潘品良譯108
101引言109
102微陣列數(shù)據庫的分析模塊110
103微陣列數(shù)據分析中的噪聲采樣115
104數(shù)據共享和查詢120
105微陣列芯片實驗室信息管理系統(tǒng)121
106GeneDirector自定義121
107總結121
參考文獻122
11用LFC模型從芯片數(shù)據中鑒定差異表達基因仇華吉李娜譯123
111引言124
112將LFC模型應用于實驗數(shù)據集125
113結論129
參考文獻130
12應用50mer寡核苷酸芯片分析線蟲基因表達高志賢張蕾劉楠譯
陳忠斌校131
121引言132
122結果133
123討論142
124方法144
致謝146
參考文獻146
13生物芯片技術檢測大鼠體內藥物誘導氧化酶P450 mRNA及其他藥物代謝
相關基因表達水平:在藥物篩選與開發(fā)中的應用馬卓婭湯華譯
陳忠斌校148
131引言149
132材料和方法149
133結果151
134討論154
致謝158
參考文獻158
14寡核苷酸芯片技術在突變分析中的開發(fā)與應用文思遠王升啟譯159
141引言160
142寡核苷酸制備161
143點樣過程163
144樣品制備165
145雜交和洗滌169
146芯片掃描和數(shù)據分析171
致謝172
參考文獻172
15生物芯片技術比較、統(tǒng)計分析和實驗設計付俊杰蘇震譯174
151引言175
152芯片基因表達平臺175
153芯片偏差的統(tǒng)計分析178
154偏差來源179
155統(tǒng)計學定義179
156芯片功效分析181
157跨平臺數(shù)據185
158樣點形態(tài)185
159功能質量控制187
1510芯片質量控制：對照探針188
1511芯片質量控制：檢測探針190
1512應用CodeLink Mouse Uniset Ⅰ芯片的生物實驗190
1513公共基因表達數(shù)據193
1514可供搜索的公共基因表達數(shù)據庫和通用數(shù)據格式193
1515基因表達譜：差減雜交與微陣列芯片194
1516討論196
參考文獻208
16INFINITITM系統(tǒng)：臨床實驗室的自動化多功能芯片平臺
周華蕾姚站馨呂茂民譯章金剛校212
161引言213
162BioFilmChipTM微陣列芯片214
163INFINITITM分析儀215
164QmaticTM操作軟件216
165IntellipacTM試劑管理模塊217
166INFINＩTITM系統(tǒng)的應用實例：實驗過程及結果分析218
167結論220
致謝220
參考文獻221
附錄Ⅰ高志賢張蕾劉楠譯陳忠斌校222
1RNA的分離222
2熒光標記靶基因225
3分光光度法定量檢測Cydye標記的靶標231
4用Amersham GENⅢ Microarrayer在氨基硅烷玻片上點制微陣列芯片232
5芯片手工雜交操作程序233
6芯片掃描234
附錄Ⅱ高志賢張蕾劉楠譯陳忠斌校235
1 寡核苷酸探針與擴增子探針235
2 芯片表面235