調控基因組：發(fā)育與演化中的基因調控網(wǎng)絡（導讀版）

前言
第一章 動物發(fā)育中的“調控基因組”
基本構架
DNA編碼的調控裝置
基因組、基因與基因組中的“間隔”
調控結構概述
基因調控網(wǎng)絡
發(fā)育中的調控需求
發(fā)育特化中調控信息的解讀與產生
基因表達的空間特異性
從區(qū)域特化到終末分化
演化、發(fā)育與調控基因組
第二章 順式調控模塊。調控邏輯的結構／功能基礎
通用性規(guī)則
基因組順式調控單位的基本特征--模塊化
順式調控模塊內部的邏輯加工與輸入／輸出關系
順式調控邏輯處理器：實例
靶位點結合率與轉錄輸出
順式調控邏輯編碼的聯(lián)合性
順式調控設計
空間輸入信息在順式調控水平的整合
抑制性調控與順式調控設計的多樣性
順式調控設計與發(fā)育中空間表達復雜性的產生
由相隔較遠的順式調控元件之間序列特異性相互作用產生的調控
發(fā)育與BTA的特異性
序列特異性的，基因內和基因間的染色體環(huán)化的調控功能
第三章 發(fā)育是一個調控狀態(tài)特化的過程
原腸胚之前的發(fā)育過程
胚胎發(fā)生的單向性
體軸極性的母源性各向異性與外源因子誘導
空間調控的復雜性與卵裂球間的信號傳遞
區(qū)域化
胚胎發(fā)育與其背后的基因調控網(wǎng)絡結構的比較研究
1型胚胎較簡單的基因調控網(wǎng)絡
更復雜的胚胎發(fā)育形式
成體結構建成中的調控狀態(tài)與網(wǎng)絡線路
胚后發(fā)育過程的步驟
前體域的概念
前體域調控狀態(tài)的再分
軀體構型的發(fā)育與生物演化
第四章 發(fā)育中的基因調控網(wǎng)絡：它們是什么，如何工作以及它們意味著什么
發(fā)育基因調控網(wǎng)絡的一般性結構特征
網(wǎng)絡的基本結構
從不同層次看基因調控網(wǎng)絡：從支路到流程圖
網(wǎng)絡組件的質的多樣性
擴展
胚胎發(fā)育中的基因調控網(wǎng)絡
海膽的內中胚層調控網(wǎng)絡
爪蟾胚胎中胚層特化中的基因調控網(wǎng)絡
果蠅胚胎背腹軸區(qū)域特化中的基因調控網(wǎng)絡
成體結構建成的網(wǎng)絡調控
胰腺8細胞特化的調控網(wǎng)絡
線蟲味覺神經元終末分化調控網(wǎng)絡中由小RNA介導的細胞命運排除
結論
第五章 基因調控網(wǎng)絡：動物演化的因果性與多樣性之根源
基因調控網(wǎng)絡的結構與功能對于演化的啟示
基因調控網(wǎng)絡的構件與演化變異的性質
基因調控網(wǎng)絡的改變可以引起林奈分類系統(tǒng)中不同層次的演化后果
兩側對稱動物基因調控網(wǎng)絡的核心單元，預測的與實際的情形
說明與一點提醒
兩側對稱動物神經系統(tǒng)的區(qū)域特化
兩側對稱動物的消化道
兩側對稱動物心臟前體域特化過程中可能存在一個共有的調控核心
核心單元的分布
兩側對稱動物軀體構型的種系內演化：hox基因作為可變的網(wǎng)絡輸入／輸出開關
hox基因表達的多種功能性后果
幾個例子：區(qū)域性抑制與圖式化信息的輸出及軀體結構多樣性的演化
hox基因次級網(wǎng)絡與空間演化
后生動物的起源與核心元出現(xiàn)之前的基因網(wǎng)絡
按時間解析兩側對稱動物的基因調控網(wǎng)絡
結論與回顧：動物發(fā)育與演化的原理
參考文獻
圖版出處
索引