微生物功能基因組學(xué)

第1章　基因組學(xué)
　1.1　引言
　1.2　定義和分類
　1.3　基因組學(xué)的歷史回顧
　1.4　研究功能基因組學(xué)的挑戰(zhàn)
　1.5　范圍和一般方法
　1.6　微生物功能基因組學(xué)在真核生物研究中的重要性
　1.7　總結(jié)
　推薦讀物
第2章　微生物多樣性與基因組學(xué)
　2.1　引言
　2.2　生物化學(xué)多樣性
　2.3　基因多樣性
　2.4　描述原核生物多樣性的挑戰(zhàn)
　2.5　微生物基因組多樣性和全基因組測(cè)序
　2.6　總結(jié)
　推薦讀物
第3章　計(jì)算基因組注釋
　3.1　引言
　3.2　編碼蛋白質(zhì)基因的預(yù)測(cè)
　3.3　編碼RNA基因的預(yù)測(cè)
　3.4　鑒定啟動(dòng)子
　3.5　操縱子的鑒定
　3.6　基因的功能類別
　3.7　基因組中其他性質(zhì)的特性描述
　3.8　基因組尺度的基因作圖
　3.9　現(xiàn)有的基因組注釋系統(tǒng)
　3.10　總結(jié)
　推薦讀物
第4章　微生物進(jìn)化的基因組學(xué)
　4.1　引言
　4.2　直向進(jìn)化同源基因的鑒定
　4.3　基因組中的分子鐘
　4.4　水平基因轉(zhuǎn)移的基因組
　4.5　基因重復(fù)、基因缺失和其他進(jìn)化過(guò)程的基因組學(xué)
　4.6　系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
　4.7　最小基因組
　4.8　基于生活方式進(jìn)化的基因組學(xué)觀點(diǎn)
　4.9　基因組學(xué)有關(guān)線粒體進(jìn)化的觀點(diǎn)
　4.10　總結(jié)
　推薦讀物
第5章　基因功能預(yù)測(cè)的計(jì)算方法
　5.1　引言
　5.2　基因功能推斷的方法
　5.3　從基因序列到功能
　5.4　序列基序的鑒定
　5.5　以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的功能預(yù)測(cè)
　5.6　非同源的方法進(jìn)行功能推斷
　5.7　在系統(tǒng)水平上的功能推斷
　5.8　總結(jié)
　推薦讀物
第6章　DNA微陣列技術(shù)
　6.1　引言
　6.2　微陣列的種類和優(yōu)點(diǎn)
　6.3　微陣列制造
　6.4　微陣列雜交和檢測(cè)
　6.5　微陣列圖像處理
　6.6　用微陣列技術(shù)去監(jiān)測(cè)基因表達(dá)
　6.7　總結(jié)
　推薦讀物
第7章　微陣列基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析
　7.1　引言
　7.2　微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)的歸一化
　7.3　數(shù)據(jù)分析
　7.4　差異表達(dá)基因的識(shí)別
　7.5　共表達(dá)基因的識(shí)別
　7.6　基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析在途徑推理的應(yīng)用
　7.7　總結(jié)
　推薦讀物
第8章　誘變
　8.1　引言
　8.2　轉(zhuǎn)座子誘變
　8.3　通過(guò)等位基因交換進(jìn)行定向突變
　8.4　反義mRNA分子導(dǎo)致基因沉默
　8.5　總結(jié)
　推薦讀物
第9章　質(zhì)譜
　9.1　引言
　9.2　質(zhì)譜的基本原理
　9.3　蛋白質(zhì)和肽的質(zhì)譜基礎(chǔ)
　9.4　蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)組鑒定中的質(zhì)譜
　9.5　總結(jié)
　推薦讀物
第10章　蛋白質(zhì)配體相互作用的鑒定
　10.1　引言
　10.2　可讀框的高通量克隆
　10.3　酵母雙雜交選擇系統(tǒng)
　10.4　使用噬菌體展示來(lái)檢測(cè)蛋白質(zhì)配體的相互作用
　10.5　在蛋白片段互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)中檢測(cè)相互作用
　10.6　利用質(zhì)譜儀研究蛋白質(zhì)蛋白相互作用的圖譜
　10.7　蛋白表達(dá)譜以及相互作用中的蛋白質(zhì)陣列
　10.8　表面細(xì)胞質(zhì)基因組共振生物傳感器分析
　10.9　總結(jié)
　推薦讀物
第11章　模式生物的功能基因組學(xué)：從新的視角看老問(wèn)題
　11.1　引言
　11.2　大腸桿菌：模式真細(xì)菌
　11.3　枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis）：革蘭陽(yáng)性菌的典范
　11.4　釀酒酵母：高等真核生物的模型
　11.5　模式真核生物的比較基因組學(xué)
　11.6　總結(jié)
　推薦讀物
第12章　病原菌與環(huán)境中重要微生物的功能基因組分析
　12.1　引言
　12.2　通過(guò)基因組序列與功能注釋研究細(xì)菌的致病機(jī)理
　12.3　比較基因組學(xué)：研究細(xì)菌致病性的線索
　12.4　用信號(hào)物標(biāo)記突變來(lái)發(fā)現(xiàn)新的感染相關(guān)基因
　12.5　應(yīng)用微陣列描繪基因的功能和相互作用
　12.6　病原菌的蛋白質(zhì)組學(xué)
　12.7　環(huán)境中重要微生物的基因組測(cè)序以及功能分析
　12.8　總結(jié)
　推薦讀物
第13章　基因組學(xué)對(duì)抗菌藥物發(fā)現(xiàn)及毒理學(xué)的影響
　13.1　引言
　13.2　抗生素藥物的發(fā)現(xiàn)：歷史回顧
　13.3　新藥開(kāi)發(fā)所遇到的挑戰(zhàn)
　13.4　微生物基因組學(xué)和藥物靶點(diǎn)的篩選
　13.5　確定治療用途：藥物靶點(diǎn)篩選和驗(yàn)證
　13.6　基因組學(xué)和毒理學(xué)：毒物基因組學(xué)的產(chǎn)生
　13.7　總結(jié)
　推薦讀物
第14章　微陣列基因組技術(shù)在突變分析和微生物檢測(cè)中的應(yīng)用
　14.1　引言
　14.2　寡核苷酸微陣列用于突變分析
　14.3　微陣列用于自然環(huán)境中微生物的檢測(cè)
　14.4　總結(jié)
　推薦讀物
第15章　展望未來(lái)：基因組學(xué)將超越單細(xì)胞學(xué)
　15.1　引言
　15.2　微生物學(xué)的信息基礎(chǔ)：基因組序列
　15.3　基因功能和表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
　15.4　生態(tài)學(xué)和進(jìn)化
　15.5　系統(tǒng)水平理解微生物群落動(dòng)力學(xué)
　15.6　總結(jié)
　推薦讀物