藥物研究中的蛋白質組學

譯者序
序
前言
第一篇 簡介
1 優(yōu)化蛋白質組網(wǎng)絡管理，促進藥物開發(fā)
1.1 引言
1.2 管理的任務和目標
1.3 網(wǎng)絡
1.4 生物標記物的評估
1.5 藥物開發(fā)中蛋白質組網(wǎng)絡的建設
1.6 管理網(wǎng)絡的實現(xiàn)：腦蛋白質組計劃
1.6.1 國立基因組研究網(wǎng)絡：人腦蛋白質組計劃
1.6.2 人類蛋白質組組織：國際腦蛋白質組計劃
2 蛋白質組數(shù)據(jù)的標準化、存儲和交換
2.1 引言
2.2 蛋白質分析工具
2.2.1 UniProt
2.2.2 InterPro
2.2.3 Proteome-Analysis I）atabase
2.2.4 Inteinational Protein Index
2.2.5 Reactome
2.3 數(shù)據(jù)的存儲和提取
2.4 蛋白質組學標準化預案
2.5 通用蛋白質組學標準（GPS）
2.6 質譜分析
2.7 分子間的相互作用
2.8 總結
第二篇 蛋白質組技術
3 差異凝膠電泳（DIGE）：臨床研究的新一代二維凝膠電泳
3.1 引言
3.2 差異凝膠電泳（新一代蛋白質2-DE檢測技術）
3.2.1 DIGE CyDye最小量熒光標記的應用（CyDye最小量熒光的最小量標記）
3.2.2 DIGE CyDye飽和量熒光標記的應用
3.2.3 DIGE蛋白質組分析中統(tǒng)計學的應用
4 生物質譜：基礎研究及藥物研發(fā)相關技術
4.1 引言
4.2 電離理論
4.2.1 基質輔助激光解吸電離（MALDI）
4.2.2 電極噴射電離
4.3 質譜設備介紹
4.4 蛋白質鑒定方法
4.5 用于比較和功能蛋白質組學的定量質譜
4.6 代謝標記法
4.6.1 N標記
4.6.2 細胞培養(yǎng)中含有穩(wěn)定同位素的氨基酸標記（SILAC）
4.7 化學標記法
4.7.1 蛋白質水平的化學法同位素標記
4.7.2 肽段水平的穩(wěn)定同位素標記
4.8 定量MS：解密蛋白質-蛋白質相互作用
4.9 總結
5 蛋白質組學中的多維液相柱色譜——我們身在何處？
5.1 引言
5.2 為何需要MD-LC／MS？
5.3 MD-LC／MS方法的基本內容
5.3.1 概述
5.3.2 需要考慮的問題
5.3.3 樣品的純化
5.3.4 MD-LC的多相系統(tǒng)選擇
5.3.5 操作部分
5.3.6 尖端技術 含酶解技術
5.4 MD-LC在蛋白質組學中的應用——現(xiàn)狀簡介
5.5 樣品的純化：克服蛋白質組學分析“瓶頸”的方法
5.6 總結
6 多肽組學技術及其在藥物研究中的應用
6.1 引言
6.2 藥物研究中的肽
6.2.1 肽的研究歷史
6.2.2 多肽的簡易生化特性
6.2.3 多肽藥物
6.2.4 多肽生物標記物
6.2.5 臨床多肽組學
6.3 多肽組學技術的發(fā)展
6.3.1 多肽分析方法進展
6.3.2 多肽組學概論
6.3.3 對內源性多肽的Top-Down鑒定
6.4 差異多肽組學的應用
6.4.1 藥物開發(fā)中的多肽組學
6.4.2 多肽組學在體內實驗中的應用
6.5 展望
7 蛋白質生物芯片在蛋白質組學中的應用
7.1 引言
7.2 技術概況
7.2.1 蛋白質的固定和表面化學
7.2.2 蛋白質的轉印和檢測
7.2.3 芯片內含物
7.3 蛋白質芯片的應用
7.4 對藥物研究和開發(fā)的貢獻
8 體外鑒定蛋白質相互作用的研究進展
8.1 引言
8.2 cAMP-依賴性蛋白激酶模型系統(tǒng)
8.3 用SPR生物傳感器實時監(jiān)控相互作用
8.4 藥物設計中的ITC
8.5 高通量篩選工具一熒光極化
8.6 Alpha篩選在藥物篩選上的應用
8.7 總結
9 完整細胞和組織中的分子網(wǎng)絡——生物學和藥物開發(fā)中的機遇
9.1 引言
9.2 一個關于細胞的比喻
9.3 分子調控網(wǎng)絡圖：理論基礎
9.4 設想會騎車的機器人
9.5 以分子網(wǎng)絡模塊標準化為幾何目標
9.6 獲取功能信息：展望藥物研發(fā)
第三篇 應用
10 從靶標到先導化合物
10.1 引言
10.2 材料和方法
10.2.1 細胞和培養(yǎng)條件
10.2.2 體外活性檢測
10.2.3 親和色譜
10.2.4 電泳和蛋白質鑒定
10.2.5 BIAcore分析
10.2.6 ?；杌锏暮铣?br />10.3 結果
10.4 討論
11 藥物研究中的差異磷酸化蛋白質組分析法
11.1 引言
11.2 人類血小板的磷酸化蛋白質組學
11.2.1 皮層肌動蛋白
11.2.2 調節(jié)性肌球蛋白輕鏈
11.2.3 蛋白質二硫鍵異構酶
11.3 鑒定人體血小板中cAMp-和cGMP-依賴性蛋白質激酶的底物
11.4 分析野生型和基因敲除型小鼠的磷酸化蛋白質組差異，鑒定抗炎治療的新型治療靶點
11.5 總結
12 血清學與蛋白質組學技術在腎細胞癌生物標記物開發(fā)中的應用
12.1 引言
12.1.1 腎細胞癌
12.2 開發(fā)生物標記物的方法
12.3 采用不同蛋白質組學技術鑒定生物標記物的優(yōu)點
12.4 生物標記物的類型
12.5 腎細胞癌細胞系和活組織切片的蛋白質組分析
12.6 鑒定有差異表達的蛋白質
12.7 總結
13 細胞器蛋白質組學在抗藥性研究中的應用
13.1 引言
13.1.1 臨床問題及蛋白質組學對策
13.2 實驗目的和實驗設計
13.2.1 細胞系
13.2.2 細胞器分離
13.2.3 蛋白質組分分離和鑒定
13.2.4 蛋白質豐度的定量比較
13.3 二羥葸二酮耐受型MC卜7細胞中膜蛋白質和核蛋白質的變化
14 人體體液的臨床神經(jīng)蛋白質組學：癡呆早期和鑒別診斷中的腦脊液和血液分析
14.1 引言
14.2 阿爾茨海默癥的神經(jīng)化學標記物
14.2.1 p淀粉樣蛋白質前體（p_APP）：代謝和對AD診斷的影響
14.2.2 Tau蛋白質及其磷酸化形式
14.2.3 ApoE的基因型
14.2.4 其他可能的因子
14.2.5 CST參數(shù)的綜合分析
14.2.6 展望：尋找生物標記物的新技術——質譜（MS）、二維熒光差異凝膠電泳（DIGE）及多路技術（multiplexing）
14.3 總結
15 蛋白質組學在阿爾茨海默癥中的應用
15.1 引言
15.2 蛋白質組學分析
15.2.1 樣品制備
15.2.2 二維電泳
15.2.3 蛋白質定量
15.2.4 基質輔助激光解吸／電離飛行時間質譜
15.3 在AD中發(fā)生表達下調和修飾的蛋白質
15.3.1 突觸蛋白
15.3.2 導向蛋白
15.3.3 信號傳導蛋白質
15.3.4 氧化蛋白
15.3.5 熱激蛋白
15.3.6 在淀粉樣斑中富集的蛋白質
15.4 不足之處
16 心臟蛋白質組學
16.1 心臟蛋白質組學
16.1.1 心臟2一D蛋白質數(shù)據(jù)庫
16.1.2 擴張型心肌病
16.1.3 心臟病的動物模型
16.1.4 心臟亞蛋白質組學
16.1.5 人工培養(yǎng)心肌細胞的蛋白質組學
16.1.6 心臟疾病和移植后心臟抗原的蛋白質組學特性
16.1.7 急性移植排斥反應的標記物
16.2 血管蛋白質組
16.2.1 血管的蛋白質組學
16.2.2 血管細胞的蛋白質組學
16.2.3 激光捕獲顯微分離（LCM）
16.3 總結
第四篇 市場
17 創(chuàng)新過程
17.1 引言
17.2 創(chuàng)新過程評價標準
17.3 計劃
17.4 市場吸引力
17.5 市場競爭地位
17.6 技術競爭地位
17.7 加強契合性
17.8 收益
17.9 風險
17.10 創(chuàng)新過程各個階段的應交付成1
17.11 篩選式過程
17.11.1 確立評估項目（EvP）
17.11.2 晉升為探索性項目（EP）
17.11.3 發(fā)展為進展型項目（PP）
17.11.4 進入入市準備階段
17.12 總結
索引
圖版