計算化學：從理論化學到分子模擬

序
前言
符號說明
緒言
參考文獻
基本原理篇
　第1章 體系的經(jīng)典力學描述
　 1.1 基本概念
　 1.2 經(jīng)典力學
　　　1.2.1 最小作用量原理和Lagrange方程
　　　1.2.2 Hamilton E則方程
　　　1.2.3 最小作用量原理與：Hamilton正則方程
　　　1.2.4 Hamilton—Jacobi方程
參考文獻
　第2章 勢能面
　 2.1 Hohenberg-Kohn第一定理
　 2.2 分子結(jié)構(gòu)文件表達方法
　　　2.2.1 直角坐標表達法
　　　2.2.2 內(nèi)坐標法
　 2.3 勢能面及其特征
　 2.4 力場方法
　　　2.4.1 力場方法的勢能表達形式
　　　2.4.2 力場方法的本質(zhì)和改進
　 2.5 能量極小化
　　　2.5.1 單純形法
　　　2.5.2 最速下降法
　　　2.5.3 共軛梯度法
　　　2.5.4 Newton-Raphson法
　2.6 尋找過渡態(tài)
　　　2.6.1 過渡態(tài)附近的勢能面特征
　　　2.6.2 勢能梯度的模方
參考文獻
　第3章 分子動力學方法
　 3.1　初等分子動力學原理
　　　3.1.1　Verlet法
　　　3.1.2　蛙跳法
　　　3.1.3　速度Verlet法
　　　3.1.4　位置Verlet法
　　　3.1.5　Beeman法
　　　3.1.6　Gear法.
　3.2　隨機動力學模擬
　　　3 2.1 Langovin方程及其形式解
　　　3.2.2　隨機動力學中的蛙跳法
　3.3　限制性和約束性分子動力學模擬
　　　3.3.1　限制性分子動力學模擬.
　　　3.3.2　約束性分子動力學模擬——SHAKE法
　3.4　恒壓體系的模擬
　　　3.4.1　標度變換恒壓法
　　　3.4.2 (NpH)系綜的恒壓擴展法(Andersen法）
　　　3.4.3 晶胞可變的(NpH)系綜的模擬——Parrinello-Rahman法
　3.5　恒溫體系的模擬
　　　3.5.1 Woodcock變標度恒溫法
　　　3.5.2 Berendsen變標度恒溫法.
　　　3.5.3 Andersen熱浴法
　　　3.5.4　恒溫擴展法——Nose動力學
　　　3.5.5　Hoover動力學
　3.6　經(jīng)典力學及其算符方法
　　　3.6.1　概率密度分布函數(shù)、Liouville方程
　　　3.6.2　經(jīng)典Liouville算符、力學量的時間演化
　　　3.6.3　經(jīng)典演化算符、時間反演對稱性
　　　3.6.4　Trotter定理和經(jīng)典演化算符的因子化
　 3.7　多重時間尺度積分的分子動力學模擬
　 3.8　Hamilton體系的辛算法
　　　3.8.1　Hamilton力學的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.2　正則變換的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.3　線性Hamilton體系
　　　3.8.4 線性Hamilton體系的基于Pade逼近的辛格式
　　　3.8.5　非線性Hamilton體系的Euler中點辛格式
　　　3.8.6　辛算法實例
　3.9　Poincae回歸定理與分子動力學模擬
　　　3.9.1　Poincare回歸定理
　　……
　第4章 Monte Carlo模擬
　第5章 相關(guān)函數(shù)
　第6章 近平衡態(tài)的量子統(tǒng)計理論
應用篇
　第7章 熱化學
　第8章 輸運性質(zhì)
　第9章 分子光譜的模擬
　第10章 固體材料
　第11章 統(tǒng)計數(shù)學在藥物、材料設(shè)計上的應用
附錄
索引