生物數(shù)據(jù)整合與挖掘

第1章　背景知識(shí)
　1.1　生物信息學(xué)
　　1.1.1　基本概念
　　1.1.2　研究?jī)?nèi)容
　　1.1.3　研究方法
　　1.1.4　研究機(jī)構(gòu)
　1.2　數(shù)據(jù)整合
　　1.2.1　數(shù)據(jù)資源
　　1.2.2　數(shù)據(jù)整合的動(dòng)因
　　1.2.3　數(shù)據(jù)整合的概念
　　1.2.4　數(shù)據(jù)整合的內(nèi)容
　1.3　數(shù)據(jù)挖掘
　　1.3.1　數(shù)據(jù)挖掘的定義
　　1.3.2　數(shù)據(jù)挖掘的任務(wù)
　　1.3.3　數(shù)據(jù)挖掘的類型
　　1.3.4　相關(guān)技術(shù)的差異
第2章　數(shù)據(jù)整合與數(shù)據(jù)挖掘方法
　2.1　數(shù)據(jù)整合的方法
　　2.1.1　數(shù)據(jù)整合的方式
　　2.1.2　數(shù)據(jù)整合的步驟
　2.2　數(shù)據(jù)挖掘的方法
　　2.2.1　數(shù)據(jù)挖掘過(guò)程示例
　　2.2.2　數(shù)據(jù)挖掘過(guò)程模型
　　2.2.3　數(shù)據(jù)挖掘應(yīng)用方式
　2.3　數(shù)據(jù)清潔技術(shù)
　　2.3.1　數(shù)據(jù)的質(zhì)量問(wèn)題
　　2.3.2　數(shù)據(jù)清潔的主要工作
　2.4　數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)技術(shù)
　　2.4.1　數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)的概念
　　2.4.2　數(shù)據(jù)組織
　　2.4.3　主題設(shè)計(jì)
　　2.4.4　數(shù)據(jù)加載
　　2.4.5　數(shù)據(jù)規(guī)約
　2.5　小結(jié)
第3章　生物數(shù)據(jù)源
　3.1　生物數(shù)據(jù)
　　3.1.1　生物序列數(shù)據(jù)
　　3.1.2　生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)
　　3.1.3　芯片及基因表達(dá)數(shù)據(jù)
　　3.1.4　生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)
　3.2　生物數(shù)據(jù)組織
　　3.2.1　生物數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)組織形式
　　3.2.2　生物數(shù)據(jù)的互聯(lián)網(wǎng)組織形式
　3.3　生物數(shù)據(jù)庫(kù)
　　3.3.1　生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)
　　3.3.2　基因組數(shù)據(jù)庫(kù)
　　3.3.3　結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)
　　3.3.4　芯片和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)
　　3.3.5　生物文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)
　3.4　生物數(shù)據(jù)源的特征
　3.5　小結(jié)
第4章　復(fù)雜生物數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)抽取
　4.1　生物數(shù)據(jù)抽取
　　4.1.1　生物數(shù)據(jù)抽取面臨的問(wèn)題
　　4.1.2　包裝器的要素
　　4.1.3　抽取算法
　　4.1.4　元數(shù)據(jù)生成與包裝器生成工具
　4.2　包裝器的設(shè)計(jì)
　　4.2.1　基于實(shí)例切分的抽取算法
　　4.2.2　基于定位器多結(jié)點(diǎn)共享的數(shù)據(jù)抽取模型
　　4.2.3　數(shù)據(jù)抽取模型描述
　　4.2.4　元數(shù)據(jù)的生成和維護(hù)
　　4.2.5　數(shù)據(jù)抽取模型表達(dá)能力
　4.3　包裝器解決方案
　　4.3.1　面向無(wú)噪聲復(fù)雜數(shù)據(jù)源的解決方案
　　4.3.2　面向含噪聲復(fù)雜數(shù)據(jù)源的解決方案
　　4.3.3　ReDE和L-樹(shù)包裝器生成工具的架構(gòu)
　　4.3.4　ReDE和L-樹(shù)包裝器生成工具的實(shí)現(xiàn)技術(shù)
　4.4　L-樹(shù)匹配：面向復(fù)雜數(shù)據(jù)源的數(shù)據(jù)抽取算法
　　4.4.1　L-樹(shù)上的數(shù)據(jù)映射機(jī)制
　　4.4.2　L-樹(shù)匹配算法的相關(guān)概念
　　4.4.3　L-樹(shù)匹配算法
　　4.4.4　L-樹(shù)匹配算法舉例
　4.5　基于L-樹(shù)的包裝器生成工具
　　4.5.1　將ERE擴(kuò)充成數(shù)據(jù)抽取腳本語(yǔ)言
　　4.5.2　可視化編輯調(diào)試環(huán)境
　　4.5.3　ERE的可視化構(gòu)建
　　4.5.4　ERE的邏輯檢查
　　4.5.5　抽取結(jié)果的可視化評(píng)價(jià)
　　4.5.6　以XML格式輸出抽取結(jié)果
　4.6　小結(jié)
第5章　生物數(shù)據(jù)整合案例
　5.1　生物數(shù)據(jù)整合系統(tǒng)的設(shè)計(jì)
　　5.1.1　生物數(shù)據(jù)整合的關(guān)鍵問(wèn)題分析
　　5.1.2　生物數(shù)據(jù)整合目標(biāo)的確立
　　5.1.3　生物數(shù)據(jù)整合方式和技術(shù)的設(shè)計(jì)
　5.2　基于GO的數(shù)據(jù)整合
　　5.2.1　GO簡(jiǎn)介
　　5.2.2　DB2GO表
　　5.2.3　語(yǔ)義相似數(shù)據(jù)庫(kù)表
　　5.2.4　以GO統(tǒng)一數(shù)據(jù)的邏輯和語(yǔ)義
　5.3　數(shù)據(jù)抽取和增量更新
　　5.3.1　數(shù)據(jù)抽取
　　5.3.2　數(shù)據(jù)的增量更新
　5.4　基于GO的查詢技術(shù)
　　5.4.1　異構(gòu)生物數(shù)據(jù)庫(kù)的語(yǔ)義查詢
　　5.4.2　BioDW中語(yǔ)義查詢的體系結(jié)構(gòu)
　　5.4.3　GO語(yǔ)義相似性度量方法
　　5.4.4　語(yǔ)義相似性查詢
　5.5　BioDW系統(tǒng)
　　5.5.1　BioDW的系統(tǒng)結(jié)構(gòu)
　　5.5.2　BioDW的系統(tǒng)的數(shù)據(jù)規(guī)模
　　5.5.3　BioDW的數(shù)據(jù)查詢
　5.6　小結(jié)
第6章　生物序列數(shù)據(jù)挖掘進(jìn)展
　6.1　生物序列數(shù)據(jù)挖掘的基本概念和內(nèi)容
　　6.1.1　生物序列相似性
　　6.1.2　生物序列模式挖掘
　　6.1.3　生物序列聚類分析
　　6.1.4　生物序列分類分析
　　6.1.5　生物序列關(guān)聯(lián)分析
　　6.1.6　生物序列異常分析
　6.2　生物序列數(shù)據(jù)挖掘的研究階段
　　6.2.1　基于統(tǒng)計(jì)技術(shù)的數(shù)據(jù)挖掘方法的應(yīng)用階段
　　6.2.2　一般化數(shù)據(jù)挖掘方法的應(yīng)用階段
　　6.2.3　專門(mén)數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)的設(shè)計(jì)階段
　6.3　生物序列數(shù)據(jù)挖掘研究與應(yīng)用現(xiàn)狀
　　6.3.1　生物序列模式挖掘方面
　　6.3.2　生物序列聚類分析方面
　　6.3.3　生物序列分類分析方面
　　6.3.4　生物序列關(guān)聯(lián)分析方面
　　6.3.5　生物序列異常分析方面
　6.4　生物序列數(shù)據(jù)挖掘研究趨勢(shì)
　6.5　小結(jié)
第7章　生物序列數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)
　7.1　序列數(shù)據(jù)源
　7.2　生物序列模式挖掘
　　7.2.1　生物序列模式挖掘問(wèn)題
　　7.2.2　基于多支持度的生物序列模式挖掘框架
　　7.2.3　基于多支持度的生物序列模式挖掘算法
　7.3　生物序列聚類分析
　　7.3.1　生物序列聚類問(wèn)題分析
　　7.3.2　蛋白質(zhì)序列聚類
　　7.3.3　基因序列聚類
　7.4　生物序列分類分析
　　7.4.1　生物序列分類問(wèn)題分析
　　7.4.2　轉(zhuǎn)錄因子分類
　　7.4.3　基于支持向量機(jī)的轉(zhuǎn)錄因子分類算法
　7.5　小結(jié)
第8章　基因芯片數(shù)據(jù)挖掘
　8.1　基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)挖掘
　　8.1.1　基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析
　　8.1.2　基因表達(dá)相似性分析
　　8.1.3　基因表達(dá)共發(fā)生分析
　　8.1.4　基因表達(dá)路徑分析
　　8.1.5　特殊表達(dá)基因分析
　8.2　基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)
　　8.2.1　基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)
　　8.2.2　基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)的難點(diǎn)
　　8.2.3　數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)
　　8.2.4　數(shù)據(jù)加載與數(shù)據(jù)管理
　　8.2.5　自動(dòng)導(dǎo)入數(shù)據(jù)
　8.3　基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)
　　8.3.1　數(shù)據(jù)挖掘框架
　　8.3.2　BDMAPA架構(gòu)擴(kuò)展
　　8.3.3　基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)
　8.4　小結(jié)
第9章　轉(zhuǎn)錄因子、順式調(diào)控元件挖掘系統(tǒng)
　9.1　轉(zhuǎn)錄因子、順式調(diào)控元件挖掘原理
　　9.1.1　轉(zhuǎn)錄因子、順式調(diào)控元件挖掘原理
　　9.1.2　順式調(diào)控元件文本挖掘原理
　9.2　轉(zhuǎn)錄因子、順式調(diào)控元件挖掘系統(tǒng)設(shè)計(jì)
　　9.2.1　數(shù)據(jù)挖掘軟件
　　9.2.2　數(shù)據(jù)分析服務(wù)
　　9.2.3　綜合的轉(zhuǎn)錄因子、順式調(diào)控元件數(shù)據(jù)庫(kù)
　9.3　小結(jié)
第10章　生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)
　10.1　生物數(shù)據(jù)處理面臨的問(wèn)題
　　10.1.1　生物數(shù)據(jù)存儲(chǔ)方式
　　10.1.2　生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢需求
　10.2　生物序列數(shù)據(jù)模型BioSeg
　　10.2.1　數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
　　10.2.2　代數(shù)操作
　　10.2.3　Open BUILTIN函數(shù)
　　10.2.4　等價(jià)規(guī)則
　　10.2.5　BioSeg模型的特點(diǎn)
　10.3　生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)的設(shè)計(jì)
　　10.3.1　代數(shù)查詢實(shí)例
　　10.3.2　查詢語(yǔ)言
　　10.3.3　體系結(jié)構(gòu)
　10.4　小結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝