ChemOffice 2008實用教程：化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖、分子模擬、數(shù)據(jù)整合

第1章 ChemOffice基礎(chǔ)知識 1
1.1 什么是ChemOffice 1
1.2 發(fā)展歷史 1
1.3 應(yīng)用領(lǐng)域 2
1.4 組件 2
1.4.1 ChemDraw 2
1.4.2 Chem3D 3
1.4.3 ChemFinder 4
1.5 新增功能 4
1.6 如何獲得幫助 5
1.7 安裝與啟動 5
1.7.1 系統(tǒng)配置要求 5
1.7.2 系統(tǒng)的安裝、啟動與退出 6
1.8 其他化學(xué)繪圖軟件 8
第2章 ChemDraw操作基礎(chǔ) 10
2.1 ChemDraw的工作環(huán)境 10
2.1.1 工作界面 10
2.1.2 標題欄 11
2.1.3 菜單欄 12
2.1.4 工具欄 13
2.1.5 圖形工具箱 14
2.1.6 編輯/繪圖區(qū) 15
2.2 文件基本操作 15
2.3 繪圖操作基礎(chǔ) 17
2.3.1 圖形基本操作 17
2.3.2 “Undo”和“Redo”命令 19
2.3.3 插入對象 19
2.4 自定義ChemDraw的工作界面 20
2.4.1 頁面參數(shù)的設(shè)置 20
2.4.2 文檔的設(shè)置 24
2.4.3 工具條的顯示與隱藏 28
第3章 利用ChemDraw繪制圖形 33
3.1 繪圖工具 33
3.1.1 鍵工具簡介 33
3.1.2 繪圖工具的使用 38
3.1.3 繪圖實例 39
3.2 文本的操作 40
3.2.1 文本的輸入 40
3.2.2 文本的編輯 41
3.2.3 原子標記 42
3.3 繪制箭頭、弧及其他圖形 45
3.4 繪制結(jié)構(gòu)式 48
3.4.1 繪制普通化學(xué)結(jié)構(gòu)式 48
3.4.2 繪制反應(yīng)中間體 50
3.4.3 繪制復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu) 52
3.4.4 繪制Fischer投影式 54
3.4.5 繪制透視圖 55
3.4.6 繪制Newman投影式 57
3.4.7 繪制立體化學(xué)結(jié)構(gòu)式 59
3.5 繪制反應(yīng)式 60
3.5.1 繪制反應(yīng)方程式 60
3.5.2 繪制反應(yīng)歷程 67
3.6 軌道和化學(xué)符號 69
3.6.1 軌道工具簡介 69
3.6.2 軌道工具繪圖實例 69
3.6.3 化學(xué)符號工具簡介 71
3.7 繪制生物分子 73
3.7.1 生物分子模板工具簡介 74
3.7.2 繪制DNA/RNA分子圖像 74
3.7.3 繪制β-麥芽糖酶（β-Maltose）結(jié)構(gòu) 75
3.7.4 繪制DNA雙螺旋結(jié)構(gòu) 76
3.8 繪制簡單的反應(yīng)設(shè)備 79
3.9 繪制TLC圖形 81
3.10 化學(xué)查詢工具 82
3.10.1 化學(xué)查詢工具簡介 82
3.10.2 化學(xué)查詢工具的使用 83
3.11 高級繪圖技巧 85
3.11.1 結(jié)構(gòu)展開與調(diào)整 85
3.11.2 名稱與結(jié)構(gòu)之間的轉(zhuǎn)化 87
3.11.3 俗名的使用 87
3.11.4 多中心結(jié)構(gòu)與多連接標記 89
3.11.5 圖形顏色調(diào)整 90
3.11.6 獲取結(jié)構(gòu)式的3D圖形 91
3.12 綜合實例 92
3.12.1 苯親電取代反應(yīng)進程－位能變化曲線圖的繪制 92
3.12.2 立體化學(xué)反應(yīng)歷程的繪制 95
第4章 ChemDraw的擴展功能 99
4.1 顯示分析信息 99
4.2 顯示物理性質(zhì) 101
4.3 顯示元素周期表 102
4.4 預(yù)測NMR譜 103
4.4.1 1H-NMR譜預(yù)測 104
4.4.2 13C-NMR譜預(yù)測 105
4.5 結(jié)構(gòu)式與命名互相轉(zhuǎn)換 106
4.5.1 由結(jié)構(gòu)式給出IUPAC標準命名 107
4.5.2 由IUPAC標準命名給出結(jié)構(gòu)式 107
4.6 ChemDraw與Word及Chem3D關(guān)聯(lián) 109
4.6.1 ChemDraw與Word關(guān)聯(lián) 109
4.6.2 ChemDraw與Chem3D關(guān)聯(lián) 110
4.7 ChenDraw的在線工具 111
4.7.1 在線查找 111
4.7.2 在線瀏覽 113
4.7.3 在線注冊 113
第5章 Chem3D操作基礎(chǔ) 114
5.1 Chem3D的工作環(huán)境 114
5.1.1 工作界面 114
5.1.2 標題欄 115
5.1.3 菜單欄 115
5.1.4 工具欄 125
5.1.5 3D圖形顯示區(qū) 126
5.1.6 消息顯示窗口 126
5.1.7 動畫工具欄 127
5.2 文件基本操作 127
5.3 圖形基本操作 128
5.4 自定義Chem3D的工作界面 129
5.4.1 頁面參數(shù)設(shè)置 129
5.4.2 文檔的設(shè)置 132
5.4.3 工具條的顯示與隱藏 135
第6章 Chem3D模型的建立及操作 136
6.1 3D模型的建立 136
6.1.1 從已有文件中導(dǎo)入 136
6.1.2 從ChemDraw中導(dǎo)入 137
6.1.3 使用鍵工具繪制 139
6.1.4 使用文本工具繪制 143
6.1.5 使用繪圖模板繪制 145
6.2 對模型的操作 149
6.2.1 平移及旋轉(zhuǎn) 150
6.2.2 軸的顯示及隱藏 153
6.2.3 模型的放大及縮小 153
6.2.4 顯示原子符號、編號及背景顏色 153
6.2.5 模型顯示模式 155
6.3 利用Chem3D進行分析 155
6.3.1 相關(guān)數(shù)據(jù)的顯示 156
6.3.2 結(jié)構(gòu)調(diào)整 159
6.4 2D圖形與3D圖形的轉(zhuǎn)換 159
6.4.1 2D圖形與3D圖形之間的立體關(guān)系 159
6.4.2 2D圖形轉(zhuǎn)化為3D圖形 160
6.4.3 3D圖形轉(zhuǎn)化為2D圖形 161
第7章 化學(xué)計算 163
7.1 MM2計算 164
7.1.1 能量最低計算 164
7.1.2 分子動力學(xué)計算 165
7.2 GAMESS計算 168
7.2.1 Minimize Energy計算 169
7.2.2 Optimize to Transition State計算 170
7.2.3 Compute Properties計算 171
7.2.4 Run Frequency計算 173
7.2.5 預(yù)測IR/Raman光譜 176
7.2.6 預(yù)測NMR 譜 178
7.3 Gaussian計算 179
7.4 Jaguar計算 179
7.5 MMFF94計算 180
7.5.1 原子類型和電荷 180
7.5.2 最小能量計算 180
7.5.3 勢能計算 182
7.6 MOPAC計算 182
7.6.1 Minimize (Energy/Geometry)計算 183
7.6.2 Optimize to Transition State計算 184
7.6.3 Compute Properties計算 187
7.6.4 預(yù)測光譜 190
第8章 Chem3D綜合實例 192
8.1 實例一：預(yù)測紅外光譜 192
8.2 實例二：預(yù)測核磁共振譜 197
8.3 實例三：計算過渡態(tài)能量 200
第9章 ChemFinder操作基礎(chǔ) 203
9.1 ChemFinder的工作環(huán)境 204
9.1.1 對窗體和數(shù)據(jù)庫的理解 204
9.1.2 使用ChemFinder數(shù)據(jù)庫 205
9.1.3 工作界面 205
9.1.4 工具欄 207
9.1.5 狀態(tài)欄 208
9.2 窗體 209
9.2.1 創(chuàng)建及保存窗體 209
9.2.2 編輯窗體 211
9.2.3 窗體安全性 216
9.3 數(shù)據(jù)庫 219
9.3.1 創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫 219
9.3.2 打開數(shù)據(jù)庫 227
9.3.3 數(shù)據(jù)庫檢索 230
9.4 創(chuàng)建個性化的數(shù)據(jù)庫 250
9.4.1 在窗體中關(guān)聯(lián)已有數(shù)據(jù)庫 250
9.4.2 增加記錄 253
9.4.3 BioViz組件 258
9.4.4 設(shè)置子窗體 271
9.4.5 化合物剖面圖 275