植物內生菌名稱是經歷了幾十年的發(fā)展才逐漸形成的。雖然內生菌早在100多年前就已經被發(fā)現。但由于被感染的寄主植物不表現出癥狀,因此長期以來,內生菌的存在一直被忽略。直到20世紀30年代,發(fā)現給畜牧業(yè)帶來嚴重損失的牲畜中毒事件是由于牲畜食用了感染內生真菌的牧草所致,植物內生菌作為一種新的微生物資源才受到了廣泛的關注。1866年De Bary為了將生活在植物組織內部的微生物與那些生長在植物表面的表生菌(Epiphyte)相區(qū)別,首先提出了內生菌(Endophyte)的概念,認為凡是在植物體內的微生物均為內生菌。1992年Kleopper提出植物內生菌是從植物內部獲得的,對植物的表型特征和功能不造成實質性危害的微生物。根據這一定義,一些能在植物體內定殖的致病菌和菌根菌不應屬于內生菌。Pemni(1991)和Wilon(1995)則認為,一生或至少一生中的某個階段能進入活體植物組織內,并在植物組織內不引起明顯組織變化的真菌或細菌均為內生菌;按該定義,那些在生活史中某一階段能營造表生生活的表生菌、對寄主暫時沒有傷害的潛伏性病原菌(Latent pathogens)和菌根菌等均屬于內生菌的范疇。目前,Petrini和ilon的定義被大多數研究者所接受。