病毒學(xué)原理I：分子生物學(xué)

1基礎(chǔ)知識(shí)
1.1　Luria的信條　/001
1.2　我們?yōu)槭裁匆芯坎《尽?001
1.2.1　病毒無(wú)處不在　/001
1.2.2　病毒引起人類疾病　/002
1.2.3　病毒感染一切生物　/002
1.2.4　病毒能突破種間屏障　/002
1.2.5　我們自身含有病毒　/003
1.2.6　病毒是研究生物學(xué)的獨(dú)特而寶貴的工具　/003
1.2.7　病毒可用于生物學(xué)操作　/003
1.3　病毒學(xué)的史前時(shí)期　/004
1.3.1　古代的病毒感染　/004
1.3.2　最早的疫苗　/006
1.3.3　病原微生物　/007
1.4　病毒的發(fā)現(xiàn)　/009
1.5　病毒的特性　/011
1.5.1　病毒結(jié)構(gòu)的簡(jiǎn)單性　/011
1.5.2　病毒的胞內(nèi)寄生性　/013
1.6　病毒的界定　/016
1.7　動(dòng)物病毒的分類　/017
1.7.1　經(jīng)典系統(tǒng)　/018
1.7.2　根據(jù)基因組類型分類　/019
1.7.3　Baltimore分類系統(tǒng)　/020
1.8　病毒復(fù)制的一般策略　/020
1.9　展望　/021
2感染周期
2.1　引言　/023
2.2　感染周期　/023
2.3　細(xì)胞　/025
2.4　細(xì)胞表面的構(gòu)造　/025
2.4.1　胞外基質(zhì)： 組成成分和生物學(xué)重要性　/026
2.4.2　細(xì)胞膜的特性　/028
2.4.3　細(xì)胞膜蛋白　/030
2.5　進(jìn)入細(xì)胞　/030
2.6　病毒RNA復(fù)制　/031
2.7　合成病毒蛋白質(zhì)　/031
2.8　產(chǎn)生病毒基因組　/031
2.9　形成子代病毒粒子　/031
2.10　病毒致病機(jī)理　/032
2.11　克服宿主防御　/032
2.12　病毒的培養(yǎng)　/032
2.12.1　細(xì)胞培養(yǎng)　/032
2.12.2　雞胚　/035
2.12.3　實(shí)驗(yàn)動(dòng)物　/036
2.13　病毒的分析方法　/036
2.13.1　感染性單位的測(cè)定　/036
2.13.2　噬斑效率　/040
2.13.3　病毒顆粒及其成分的測(cè)定　/041
2.14　病毒的生長(zhǎng)：裂解理論　/044
2.15　一步生長(zhǎng)周期　/045
2.15.1　最初的概念　/045
2.15.2　一步生長(zhǎng)分析： 研究動(dòng)物病毒的一個(gè)有價(jià)值的工具　/046
2.16　展望　/048
3基因組和遺傳學(xué)
3.1　引言　/050
3.2　基因組原理及巴爾的摩
分類系統(tǒng)　/051
3.3　病毒基因組的結(jié)構(gòu)及其復(fù)雜性　/051
3.3.1　DNA基因組　/052
3.3.2　RNA基因組　/056
3.4　病毒基因組是什么樣的？　/060
3.5　編碼策略　/062
3.6　病毒序列告訴我們什么？　/062
3.7　病毒基因組起源　/062
3.8　病毒基因組的“大與小”：尺寸真的重要嗎？　/064
3.9　病毒的遺傳分析　/065
3.9.1　經(jīng)典遺傳學(xué)方法　/065
3.9.2　用基因工程將突變引入病毒基因組　/068
3.9.3　用雙鏈RNA進(jìn)行遺傳干擾　/074
3.9.4　病毒基因組的工程改造：病毒載體　/074
3.10　展望　/079
4結(jié)構(gòu)
4.1　引言　/081
4.1.1　病毒粒子的功能　/081
4.1.2　命名　/083
4.1.3　研究病毒結(jié)構(gòu)的方法　/083
4.2　構(gòu)建保護(hù)性衣殼　/088
4.2.1　螺旋形的結(jié)構(gòu)　/088
4.2.2　二十面體對(duì)稱的衣殼或核衣殼　/091
4.3　包裝核酸基因組　/107
4.3.1　基因組和蛋白外殼的直接
接觸　/108
4.3.2　通過(guò)特化的病毒粒子蛋白包裝　/109
4.3.3　通過(guò)細(xì)胞蛋白包裝　/112
4.4　囊膜病毒　/112
4.4.1　病毒囊膜成分　/113
4.4.2　簡(jiǎn)單的囊膜病毒： 與外部蛋白及衣殼或核衣殼直接接觸　/115
4.4.3　帶有附加蛋白層的囊膜病毒　/115
4.5　復(fù)雜的病毒　/117
4.5.1　T4噬菌體　/117
4.5.2　皰疹病毒　/118
4.5.3　痘病毒　/120
4.6　病毒粒子其他組分　/121
4.6.1　病毒粒子酶　/121
4.6.2　其他的病毒蛋白質(zhì)　/122
4.6.3　非基因組病毒核酸　/122
4.6.4　細(xì)胞大分子　/122
4.7　展望　/123
5吸附與侵入
5.1　引言　/125
5.2　病毒吸附細(xì)胞　/126
5.2.1　一般原理　/126
5.2.2　鑒定病毒的細(xì)胞受體　/127
5.2.3　細(xì)胞受體舉例　/129
5.2.4　病毒粒子如何吸附受體　/134
5.3　細(xì)胞內(nèi)吞病毒粒子　/138
5.4　膜融合　/139
5.5　病毒粒子及亞病毒顆粒在細(xì)胞內(nèi)的運(yùn)動(dòng)　/143
5.6　病毒通過(guò)受體誘導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)　/144
5.7　脫衣殼機(jī)制　/145
5.7.1　病毒在細(xì)胞質(zhì)膜上脫衣殼　/146
5.7.2　在內(nèi)吞過(guò)程中脫衣殼　/148
5.7.3　在溶酶體內(nèi)脫衣殼　/155
5.8　病毒基因組進(jìn)入細(xì)胞核　/157
5.8.1　核定位信號(hào)　/157
5.8.2　核孔復(fù)合物　/158
5.8.3　入核途徑　/158
5.8.4　流感病毒RNP的入核　/160
5.8.5　DNA基因組的入核　/160
5.8.6　逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組的入核　/161
5.9　展望　/161
6以RNA為模板合成RNA
6.1　引言　/164
6.2　RNA模板的性質(zhì)　/166
6.2.1　病毒RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)　/166
6.2.2　裸露RNA及核衣殼RNA　/167
6.3　RNA合成裝置　/167
6.3.1　RNA依賴的RNA聚合酶的
識(shí)別　/167
6.3.2　RNA聚合酶與序列的關(guān)系　/168
6.3.3　RNA依賴的RNA聚合酶的三級(jí)結(jié)構(gòu)　/170
6.4　RNA合成機(jī)制　/172
6.4.1　起始　/172
6.4.2　延伸　/176
6.4.3　模板特異性　/176
6.4.4　RNA模板的解旋　/177
6.4.5　細(xì)胞蛋白的作用　/178
6.4.6　為什么有不等量的正鏈和負(fù)鏈RNA　/179
6.4.7　（+）鏈RNA上核糖體與病毒聚合酶相遇的問(wèn)題　/179
6.4.8　poly(A)的合成　/180
6.5　從mRNA產(chǎn)物到基因組RNA合成的轉(zhuǎn)變　/181
6.5.1　mRNA合成和基因組復(fù)制由不同的聚合酶完成　/181
6.5.2　 核衣殼蛋白抑制基因內(nèi)的終止-起始反應(yīng)　/182
6.5.3　莖-環(huán)結(jié)構(gòu)誘導(dǎo)的抑制終止　/185
6.5.4 　mRNA合成和基因組復(fù)制用的不同模板　/185
6.5.5　抑制多聚腺苷化　/187
6.5.6　mRNA合成和基因組復(fù)制所用的相同模板　/190
6.6　病毒RNA合成的細(xì)胞位點(diǎn)　/191
6.7　RNA病毒基因組多樣性的起源　/191
6.7.1　核苷酸的錯(cuò)誤插入　/191
6.7.2　基因節(jié)段重配和RNA重組　/193
6.7.3　RNA編輯　/195
6.8　展望　/196
7逆轉(zhuǎn)錄與整合
7.1　逆轉(zhuǎn)錄病毒的逆轉(zhuǎn)錄　/199
7.1.1　發(fā)現(xiàn)　/199
7.1.2　影響　/201
7.1.3　逆轉(zhuǎn)錄途徑　/201
7.1.4　逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶的基本特征和結(jié)構(gòu)　/208
7.1.5　其他逆轉(zhuǎn)錄例子　/212
7.2　逆轉(zhuǎn)錄病毒DNA整合是一個(gè)獨(dú)特的過(guò)程　/214
7.2.1　在整合過(guò)程中整合酶 （IN）催化的步驟　/215
7.2.2　整合酶結(jié)構(gòu)和機(jī)制　/219
7.3　嗜肝DNA病毒逆轉(zhuǎn)錄　/224
7.3.1　一個(gè)具有逆轉(zhuǎn)錄酶的DNA病毒？　/224
7.3.2　逆轉(zhuǎn)錄途徑　/226
7.4　展望 　/231
8轉(zhuǎn)錄 策 略：D N A 模 板
8.1　引言　/235
8.1.1　轉(zhuǎn)錄病毒DNA的細(xì)胞RNA聚合酶特性　/236
8.1.2　一些病毒的基因組必須轉(zhuǎn)變成模板才能轉(zhuǎn)錄　/237
8.2　RNA聚合酶Ⅱ的轉(zhuǎn)錄　/238
8.2.1　RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)　/243
8.2.2　調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的蛋白共性　/248
8.3　只由細(xì)胞裝置轉(zhuǎn)錄的病毒DNA模板　/250
8.4　調(diào)節(jié)RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的病毒蛋白　/251
8.4.1　調(diào)節(jié)模式　/251
8.4.2　人免疫缺陷病毒1型Tat蛋白的自我調(diào)控轉(zhuǎn)錄　/252
8.4.3　DNA病毒的轉(zhuǎn)錄級(jí)聯(lián)反應(yīng)　/259
8.4.4　進(jìn)入兩種選擇性轉(zhuǎn)錄程序之一　/272
8.5　通過(guò)RNA聚合酶Ⅲ轉(zhuǎn)錄的病毒基因　/276
8.5.1　RNA聚合酶Ⅲ轉(zhuǎn)錄腺病毒VA-RNA
基因　/276
8.6　在病毒感染的細(xì)胞內(nèi)抑制細(xì)胞轉(zhuǎn)錄裝置　/277
8.7　細(xì)胞轉(zhuǎn)錄成分的特殊功能　/278
8.8　一種病毒DNA依賴的RNA聚合酶　/278
8.9　展望　/279
9基因組復(fù)制策略：DNA病毒
9.1　引言　/282
9.2　通過(guò)細(xì)胞復(fù)制裝置合成
D N A ：S V 4 0 的 啟示　/284
9.2.1　真核復(fù)制子　/284
9.2.2　SV40 DNA合成期間細(xì)胞復(fù)制蛋白及其功能　/287
9.3　病毒DNA合成機(jī)制　/292
9.3.1　引發(fā)和延伸　/292
9.3.2　病毒復(fù)制起點(diǎn)特征　/296
9.3.3　病毒復(fù)制起點(diǎn)的識(shí)別　/297
9.3.4　病毒DNA合成裝置　/304
9.3.5　病毒復(fù)制產(chǎn)物的解離和加工　/305
9.4　指數(shù)增長(zhǎng)病毒DNA復(fù)制機(jī)制　/308
9.4.1　病毒蛋白可以誘導(dǎo)細(xì)胞復(fù)制蛋白的合成　/308
9.4.2　病毒復(fù)制裝置以及輔助酶的合成　/311
9.4.3　不依賴細(xì)胞蛋白的病毒DNA復(fù)制　/312
9.4.4　病毒結(jié)構(gòu)蛋白的延遲合成阻止DNA模板的未成熟組裝　/312
9.4.5　細(xì)胞DNA合成的抑制　/312
9.4.6　病毒DNA在特殊的細(xì)胞區(qū)室中合成　/312
9.5　病毒DNA的有限復(fù)制　/314
9.5.1　整合的細(xì)小病毒DNA作為細(xì)胞基因組的一部分進(jìn)行復(fù)制　/314
9.5.2　通過(guò)不同起點(diǎn)調(diào)控病毒的復(fù)制:Epstein-Barr病毒 （EB病毒）　/315
9.5.3　從單一起點(diǎn)開(kāi)始的可控的指數(shù)性復(fù)制： 乳頭瘤病毒　/317
9.6　DNA病毒遺傳多樣性的起源　/319
9.6.1　病毒DNA聚合酶復(fù)制保真性　/319
9.6.2　雙鏈DNA缺口修復(fù)的抑制　/320
9.6.3　病毒基因組的重組　/320
9.7　展望　/322
10病毒前體mRNA的加工
10.1　引言　/326
10.2　 病毒Pre-mRNA加工時(shí)的共價(jià)修飾　/328
10.2.1　病毒mRNA 5′端加帽　/328
10.2.2　 病毒mRNA 3′-poly(A)節(jié)段的合成　/332
10.2.3　病毒前體mRNA的剪接　/335
10.2.4　 病毒前體mRNA的選擇型剪接　/341
10.2.5　病毒mRNA的編輯　/344
10.3　RNA從細(xì)胞核中輸出　/348
10.3.1　細(xì)胞輸出裝置　/348
10.3.2　病毒mRNA的輸出　/348
10.4　 病毒蛋白對(duì)病毒或細(xì)胞基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控　/354
10.4.1　病毒基因表達(dá)時(shí)序控制　/354
10.4.2　 病毒蛋白質(zhì)可抑制細(xì)胞mRNA的產(chǎn)生　/356
10.5　 調(diào)控病毒和細(xì)胞mRNA在細(xì)胞質(zhì)中的周轉(zhuǎn)（turnover）　/358
10.5.1　 病毒蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)mRNA的穩(wěn)定性　/359
10.5.2　 在轉(zhuǎn)化時(shí)對(duì)mRNA穩(wěn)定性的調(diào)控　/359
10.6　 抑制基因表達(dá)的小RNAs的產(chǎn)生及其功能　/360
10.6.1　 小干擾RNAs、 小RNA及其合成　/360
10.6.2　病毒miRNAs　/362
10.6.3　 阻斷RNA干擾的病毒基因產(chǎn)物　/363
10.7　展望　/363
11翻譯的控制
11.1　引言　/366
11.2　真核蛋白質(zhì)合成機(jī)制　/367
11.2.1　真核mRNA的一般結(jié)構(gòu)　/367
11.2.2　翻譯裝置　/368
11.2.3　起始　/370
11.2.4　延伸和終止　/381
11.3　病毒翻譯策略的多樣性　/384
11.3.1　多聚蛋白的合成　/385
11.3.2　遺漏掃描 （leaky scanning）　/386
11.3.3　再起始　/387
11.3.4　抑制終止　/387
11.3.5　核糖體移碼 （frameshifting）　/388
11.3.6　雙順?lè)醋觤RNA　/389
11.4　病毒感染期間翻譯的調(diào)控　/389
11.4.1　病毒感染后翻譯起始的抑制　/390
11.4.2　eIF4F的調(diào)控　/394
11.4.3　poly(A)結(jié)合蛋白活性的調(diào)控　/396
11.4.4　eIF3的調(diào)控　/397
11.4.5　miRNA的調(diào)控　/397
11.5　展望　/398
12細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸
12.1　引言　/402
12.2　細(xì)胞核內(nèi)組裝　/404
病毒蛋白入核組裝　/404
12.3　細(xì)胞質(zhì)膜上的組裝　/406
12.3.1　轉(zhuǎn)運(yùn)病毒膜蛋白到細(xì)胞質(zhì)膜　/406
12.3.2　 在極性 （polarized） 細(xì)胞內(nèi)分類運(yùn)輸病毒蛋白　/424
12.3.3　 在病毒感染的細(xì)胞中分泌途徑被破壞　/428
12.3.4　 病毒蛋白以非依賴性信號(hào)序列的方式被轉(zhuǎn)運(yùn)到質(zhì)膜　/429
12.4　與內(nèi)部細(xì)胞膜相互作用　/432
12.4.1　 病毒蛋白在分泌途徑細(xì)胞區(qū)室的定位　/434
12.4.2　病毒蛋白定位于核膜上　/434
12.5　病毒基因組轉(zhuǎn)運(yùn)到組裝位點(diǎn)　/435
12.5.1　 從細(xì)胞核到細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)基因組和前基因組RNA　/435
12.5.2　 基因組從細(xì)胞質(zhì)到質(zhì)膜的轉(zhuǎn)運(yùn)　/435
12.6　展望　/438
13組裝 、釋 放 和 成 熟13.1　引言　/441
13.2　研究病毒組裝和釋放的方法　/442
13.2.1　病毒粒子的結(jié)構(gòu)研究　/442
13.2.2　 通過(guò)顯微鏡觀察組裝和 釋放　/442
13.2.3　 組裝中間體的生化和 遺傳分析　/443
13.2.4　基于重組DNA技術(shù)的方法　/443
13.3　蛋白衣殼的組裝　/445
13.3.1　結(jié)構(gòu)單位的形成　/445
13.3.2　衣殼和核衣殼的組裝　/449
13.3.3　自我組裝和輔助組裝反應(yīng)　/450
13.4　 病毒基因組和其他粒子成分的 選擇性包裝　/454
13.4.1　同時(shí)組裝或順序組裝　/454
13.4.2　核酸基因組的識(shí)別與包裝　/456
13.4.3　 病毒粒子酶類和其他非結(jié)構(gòu)蛋白整合到病毒粒子中　/466
13.5　囊膜的獲得　/466
13.5.1　 內(nèi)部成分的有序組裝以及從細(xì)胞膜上出芽　/466
13.5.2　 內(nèi)部結(jié)構(gòu)的組裝與囊膜的獲得協(xié)同進(jìn)行　/467
13.6　病毒粒子的釋放　/468
13.6.1　無(wú)囊膜病毒的釋放　/468
13.6.2　 在細(xì)胞質(zhì)膜的組裝： 病毒粒子的出芽　/469
13.6.3　 在內(nèi)膜上的組裝： 胞吐的問(wèn)題　/472
13.7　子代病毒粒子的成熟　/479
13.7.1　病毒粒子蛋白水解加工　/479
13.7.2　其他成熟反應(yīng)　/482
13.8　細(xì)胞到細(xì)胞的傳播　/482
13.9　展望　/486
附錄　結(jié)構(gòu)、基因組結(jié)構(gòu)與感染周期
腺病毒　/489
嗜肝DNA病毒　/492
皰疹病毒　/494
正黏病毒　/498
細(xì)小病毒　/500
微RNA病毒　/504
多瘤病毒　/506
痘病毒　/508
呼腸孤病毒　/511
逆轉(zhuǎn)錄病毒　/513
彈狀病毒　/516
披膜病毒　/518
術(shù)語(yǔ)
索引