放線菌系統(tǒng)分類技術(shù)

第1章放線菌系統(tǒng)分類學概論1
1.1放線菌分類學的發(fā)展1
1.2放線菌的多相分類10
1.3如何使用現(xiàn)代技術(shù)對放線菌分類19
1.4放線菌新種的命名22
參考文獻33
第2章放線菌的形態(tài)特征與現(xiàn)代分類基本技術(shù)39
2.1放線菌顯微觀察技術(shù)39
2.2放線菌菌種純化技術(shù)52
2.3放線菌的培養(yǎng)技術(shù)54
2.4放線菌細胞大小的測定技術(shù)55
2.5放線菌的基本形態(tài)58
2.6放線菌的培養(yǎng)特征62
2.7放線菌性別判定技術(shù)65
2.8放線菌的分離技術(shù)66
參考文獻68
第3章放線菌生理生化特性分類技術(shù)70
3.1生理生化分類技術(shù)70
3.2API細菌鑒定系統(tǒng)82
3.3Biolog全自動微生物鑒定系統(tǒng)89
參考文獻90
第4章化學分類技術(shù)91
4.1細胞壁化學類型91
4.2全細胞水解糖分類技術(shù)93
4.3枝菌酸分類技術(shù)97
4.4醌組分分類技術(shù)102
4.5磷酸類脂分類技術(shù)104
4.6脂肪酸組分分類技術(shù)108
4.7肽聚糖型分類技術(shù)112
參考文獻115
第5章基因型分類技術(shù)117
5.1放線菌基因組DNA提取117
5.2PCR反應與產(chǎn)物純化技術(shù)118
5.3基因克隆121
5.4凝膠電泳技術(shù)123
5.5現(xiàn)代測序技術(shù)126
5.616S rRNA基因序列分析130
5.7DNA(G+C)含量測定技術(shù)130
5.8DNA雜交技術(shù)137
5.9引物設計與菌株的快速鑒別141
5.10多位點序列分析技術(shù)152
參考文獻157
第6章生物軟件在放線菌分類中的應用技術(shù)160
6.1序列拼接技術(shù)160
6.2Clustal X多序列比對技術(shù)175
6.3系統(tǒng)進化樹構(gòu)建技術(shù)182
6.4Sequin軟件提交序列技術(shù)221
參考文獻227
第7章放線菌基因組分類技術(shù)228
7.1放線菌基因組的特點228
7.2基因組時代放線菌系統(tǒng)分類研究的現(xiàn)狀230
7.3新型的用于系統(tǒng)發(fā)育分析的基因組特征序列232
7.4Signature Indels和Signature Proteins在放線菌系統(tǒng)發(fā)育研究中的應用233
7.5放線菌基因組分類學的展望238
參考文獻239
第8章網(wǎng)絡在線分類技術(shù)242
8.1NCBI 及BLAST的使用242
8.2RDP數(shù)據(jù)庫使用介紹247
8.3EzBioCloud數(shù)據(jù)庫使用介紹251
8.4LPSN網(wǎng)站介紹257
8.5WDCM網(wǎng)站介紹260
8.6BankIt在線提交核酸序列261
參考文獻266