基因組學概論

譯者序
第二版前言
第一版前言
第二版概述
第二版新內(nèi)容
第1章基因組學概論
1.1人類基因組
1.2人類基因組的內(nèi)容
1.3編碼蛋白質組的基因
1.4基因組結構種類
1.4.1染色體、細胞器和質粒
1.4.2基因
1.4.3基因組的動態(tài)組成
1.5基因組測序計劃
1.6種群內(nèi)和種群間的差異
1.7人類基因組測序
1.8人類基因組和醫(yī)學
1.8.1疾病的預防
1.8.2檢測和精確診斷
1.8.3有效治療手段的發(fā)現(xiàn)和實施
1.8.4衛(wèi)生保健服務
1.9數(shù)據(jù)庫的進化和發(fā)展
1.9.1數(shù)據(jù)庫的進化和發(fā)展（evo—deVo）
1.9.2基因組瀏覽器
1.10蛋白質進化：物種內(nèi)和物種間序列及結構的分歧
1.11倫理、法律和社會問題
1.12推薦閱讀
1.13練習、問題和網(wǎng)絡問題
第2章基因組是生物學的集線器（Hub）
2.1個體、群體、生物圈：過去、現(xiàn)在和未來
2.2中心法則和周邊規(guī)則
2.3表達模式
2.3.1基因表達的調控
2.3.2蛋白質組學
2.3.3基因組學和發(fā)育生物學
2.3.4基因和思維：神經(jīng)基因組學
2.4群體
2.4.1單核苷酸多態(tài)性和單體型
2.4.2臨床上重要的單體型：主要組織相容性復合物
2.4.3突變和疾病
2.5遺傳性疾病的誘因及其治療的病例
2.5.1血紅蛋白病是由異常血紅蛋白引發(fā)的分子疾病
2.5.2苯丙酮尿癥
2.5.3阿爾茨海默病
2.5.4SNP和癌癥
2.6物種
2.7生物圈
2.7.1物種滅絕
2.7.2袋狼的滅絕
2.7.3麋鹿的幸存
2.8推薦閱讀
2.9練習、問題和網(wǎng)絡問題
第3章圖譜、測序、注釋和數(shù)據(jù)庫
3.1經(jīng)典遺傳學背景
3.2圖譜和旅行指南
3.2.1遺傳圖譜
3.2.2連鎖
3.2.3連鎖不平衡
3.2.4染色體帶型圖
3.2.5直接基于DNA序列的高分辨率圖譜
3.2.6限制性酶切圖譜
3.3DNA結構的發(fā)現(xiàn)
3.4DNA測序
3.4.1FrederickSanger和DNA測序的發(fā)展
3.4.2Maxam—Gilbert化學裂解法
3.4.3DNA自動化測序
3.5組織大規(guī)模測序計劃
3.5.1產(chǎn)生克隆：分層或“BACtoBAC”基因組測序
3.5.2全基因組鳥槍法測序
3.5.3高通量測序
3.5.4生命科學技術的快速發(fā)展（lifeinthefastlane）
3.6分子生物學數(shù)據(jù)庫
3.6.1核酸序列數(shù)據(jù)庫
3.6.2蛋白質序列數(shù)據(jù)庫
3.6.3遺傳性疾病數(shù)據(jù)庫：OMIM和OMIA
3.6.4結構數(shù)據(jù)庫
3.6.5蛋白質結構的分類
3.6.6專業(yè)或精品（boutique）數(shù)據(jù)庫
3.6.7表達和蛋白質組學數(shù)據(jù)庫
3.6.8代謝路徑數(shù)據(jù)庫
3.6.9文獻數(shù)據(jù)庫
3.6.10分子生物學數(shù)據(jù)庫和服務器概觀
3.7推薦閱讀
3.8練習、問題、網(wǎng)絡問題
第4章比較基因組學
4.1引言
4.2生命的一致性和多樣性
4.3基因組的大小和結構
4.4病毒基因組
4.4.1重組病毒
4.4.2流感：過去和當前的威脅
4.5原核生物的基因組結構
4.5.1復制和轉錄
4.5.2基因轉移
4.6真核生物基因組結構
4.7如何區(qū)別基因組
4.7.1單核苷酸水平的多樣性
4.7.2復制
4.7.3染色體水平上的比較：共線性
4.8是什么讓我們成為人類？
4.8.1比較基因組學
4.8.2結合的方法：OXP2基因
4.9黑猩猩和人類基因組
4.10小鼠和大鼠基因組
4.11研究人類疾病的模式生物
4.11.1秀麗隱桿線蟲基因組
4.11.2黑腹果蠅基因組
4.11.3人類、線蟲和果蠅的同源基因
4.12DNA元件百科全書計劃
4.13推薦閱讀
4.14練習、問題和網(wǎng)絡問題
第5章進化和基因組變化
5.1進化是探索
5.2生物系統(tǒng)學
5.2.1生物學命名
5.2.2生物學相似性和差異性的測定
5.3同源性和家族
5.4模式匹配——生物信息學的基本工具
5.4.1序列比對
5.4.2最佳比對的定義
5.4.3快速掃描數(shù)據(jù)庫的近似方法
5.4.4三維結構的匹配模式
5.5蛋白質序列、結構及功能的進化
5.5.1單個點突變的影響
5.5.2蛋白質結構和功能的進化
5.6系統(tǒng)發(fā)育
5.6.1系統(tǒng)進化樹
5.6.2聚類法
5.6.3分支法
5.6.4進化率變化的問題
5.6.5貝葉斯法
5.7快速進化：遺傳工程
5.8推薦閱讀
5.9練習、問題及網(wǎng)絡問題
第6章原核生物基因組
6.1原核生物進化與系統(tǒng)發(fā)育的關系
6.1.1原核生物的主要類型
6.1.2是否了解生命系統(tǒng)發(fā)生樹的根源？
6.2古細菌
6.2.1甲烷球菌基因組
6.2.2極端溫度下的生命
6.2.3超嗜熱古菌比較基因組學：熱球菌和火球菌
6.3細菌
6.3.1致病菌基因組
6.3.2基因組學和疫苗的研發(fā)
6.4宏基因組學：同一個環(huán)境樣品中收集的全部基因組
6.5推薦閱讀
6.6練習、問題和網(wǎng)絡問題
……
第7章真核生物基因組
第8章基因組學和人類生物學
第9章芯片和轉錄組學
第10章蛋白質組學
第11章系統(tǒng)生物學
索引
后記