《醫(yī)碥》是何夢瑤的代表作,分為七卷。卷一包括臟腑說、三焦說等中醫(yī)基本理論的闡述和各種“雜癥”的闡述,卷二至卷四均為各種病癥闡述;卷五為“四診”,卷六為“諸方目”,卷七為“諸方目錄”?!夺t(yī)碥》對于中醫(yī)基礎理論作了簡易介紹,并提出了其個人見解?!夺t(yī)碥》所論諸癥,可以歸納為以下方面:論熱、論脈、論痰、論濕、論氣血、論虛、論厥逆、論瘟疫、山嵐瘴氣等方面。此外,何夢瑤重視中醫(yī)基本功,第五卷的《四診》就是何夢瑤做思恩知縣時,教縣里醫(yī)生的教材,編入《四診》極有助于初學者入門。雖然何夢瑤的《醫(yī)碥》以《證治準繩》為藍本,進行了大量引用參照,但是《醫(yī)碥》的重大意義在于:首先,反映了《證治準繩》在清代廣東地區(qū)的傳播及重要影響;其次,在中醫(yī)理論和各種病癥的治療方面有何夢瑤的獨到之處;第三,《醫(yī)碥》對前人成果的繼承,也是清代醫(yī)學進一步傳播和學習的重要手段:像《證治準繩》這樣的大部頭書籍,普通平民難以購買;《醫(yī)碥》的印行,利于醫(yī)學經典的傳播和學習,也促進了嶺南醫(yī)學水準的提升。