常用計算機輔助藥物設計軟件教程

第一章 同源模建法預測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
第一節(jié) 同源模建概述
第二節(jié) 同源模建
第二章 分子對接預測結(jié)合位點
第一節(jié) 利用AutoDock進行分子對接
第二節(jié) 利用D0CK進行分子對接
第三節(jié) 利用Surflex-Dock進行分子對接
第四節(jié) 利用GOLD進行分子對接
第三章 蛋白質(zhì)與核酸的分子動力學模擬
第一節(jié) 分子動力學概述
第二節(jié) 利用GROMACS進行純蛋白分子動力學模擬
第三節(jié) 蛋白與小分子復合物的動力學模擬
第四節(jié) 核酸分子動力學模擬
第四章 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選
第一節(jié) 軟件簡介
第二節(jié) 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選
第五章 定量構(gòu)效關系分析
第一節(jié) CoMFA&CoMSIA
第二節(jié) HQsAR
第六章 藥效團
第一節(jié) 藥效團介紹
第二節(jié) 利用Discovery Studio進行藥效團模型構(gòu)建
第七章 全新藥物設計
第一節(jié) 概述
第二節(jié) 利用LigBuilder進行全新藥物設計
第八章 作圖軟件PyMOL的應用
第一節(jié) PyMOL簡介
第二節(jié) PyMOL基本操作
第九章 藥物設計實例
第一節(jié) 利用OpenEye發(fā)現(xiàn)F．tularensis烯?；d體蛋白還原酶FabI抑制劑
第二節(jié) 基于模建結(jié)構(gòu)的虛擬篩選發(fā)現(xiàn)對蝦黃頭病毒蛋白酶抑制劑
第三節(jié) 基于藥效團建模和分子對接的虛擬篩選發(fā)現(xiàn)？-分泌酶抑制劑
參考文獻
彩圖