環(huán)境微生物學（第三版）

1緒論1
1.1環(huán)境微生物學的形成和發(fā)展1
1.2環(huán)境微生物學的研究對象和任務(wù)2
1.2.1環(huán)境微生物學的研究內(nèi)容2
1.2.2學習環(huán)境微生物學的意義3
1.3微生物的概述3
1.3.1微生物的定義3
1.3.2微生物的特點4
1.3.3微生物的分類6
1.3.4微生物的命名8
2病毒10
2.1病毒的特征和分類10
2.1.1病毒的特點10
2.1.2病毒的分類和命名10
2.2病毒的形態(tài)和結(jié)構(gòu)11
2.2.1病毒的形態(tài)和大小11
2.2.2病毒的化學組成和結(jié)構(gòu)12
2.2.3病毒的宿主13
2.3亞病毒和新興病毒14
2.3.1類病毒14
2.3.2擬病毒14
2.3.3朊病毒14
2.3.4新興病毒15
2.4病毒的增殖過程15
2.4.1病毒的增殖過程15
2.4.2毒性噬菌體和溫和噬菌體16
2.5病毒的培養(yǎng)和計數(shù)17
2.5.1病毒的培養(yǎng)特征17
2.5.2病毒的培養(yǎng)基17
2.5.3動物病毒的空斑實驗17
2.5.4噬菌體的培養(yǎng)和測定18
2.6環(huán)境因子對病毒的影響和病毒的存活18
2.6.1物理因素的影響18
2.6.2化學因素的影響19
2.6.3病毒的存活19
3原核微生物22
3.1細菌22
3.1.1細菌的個體形態(tài)和大小22
3.1.2細菌的細胞結(jié)構(gòu)23
3.1.3細菌的繁殖29
3.1.4細菌的培養(yǎng)特征29
3.1.5細菌的物理化學性質(zhì)31
3.1.6細菌的分類和鑒定33
3.2古菌38
3.2.1古菌的研究38
3.2.2古菌的特點38
3.2.3古菌的分類39
3.2.4古菌在生物界的特殊地位40
3.3放線菌41
3.3.1放線菌的形態(tài)和大小41
3.3.2放線菌的菌落形態(tài)41
3.3.3放線菌的生活史和繁殖42
3.3.4放線菌的主要類群42
3.3.5放線菌在自然界中的分布和在生產(chǎn)實際中的應(yīng)用43
3.4藍細菌43
3.4.1藍細菌的特點43
3.4.2藍細菌的分類43
3.4.3藍細菌的分布與生態(tài)44
3.5其他原核微生物44
3.5.1螺旋體44
3.5.2立克次體45
3.5.3衣原體45
3.5.4支原體45
4真核微生物48
4.1原生動物48
4.1.1原生動物的一般特征48
4.1.2原生動物的分類及各綱簡介49
4.2微型后生動物54
4.2.1輪蟲54
4.2.2線蟲54
4.2.3寡毛類55
4.2.4浮游甲殼動物55
4.3真核藻類55
4.3.1真核藻類的一般特征55
4.3.2藻類的分類及各門特征簡介56
4.3.3藻類與環(huán)境保護60
4.4真菌61
4.4.1真菌的一般特點61
4.4.2真菌的分類61
4.4.3酵母菌61
4.4.4霉菌62
4.4.5傘菌66
5微生物的生理68
5.1生物生命活動的催化劑——酶68
5.1.1酶的概念68
5.1.2酶的催化特性68
5.1.3酶的組成69
5.1.4酶蛋白的結(jié)構(gòu)70
5.1.5酶的活性中心和酶與底物結(jié)合的機理71
5.1.6酶的分類與命名72
5.1.7酶活力和影響酶活力的因素73
5.2微生物的營養(yǎng)76
5.2.1微生物的化學組成76
5.2.2微生物的營養(yǎng)物質(zhì)和營養(yǎng)類型77
5.2.3微生物的培養(yǎng)基79
5.2.4微生物對底物進行代謝的過程80
5.3微生物的能量代謝82
5.3.1生物氧化概述82
5.3.2生物氧化的類型83
5.3.3發(fā)光現(xiàn)象89
5.4微生物的合成代謝89
5.4.1合成代謝概述89
5.4.2產(chǎn)甲烷菌的合成代謝91
5.4.3化能自養(yǎng)微生物的合成代謝91
5.4.4光合作用91
5.4.5異養(yǎng)微生物的合成代謝93
5.4.6初級代謝與次級代謝93
6微生物的生長與環(huán)境因子的影響96
6.1微生物的生長96
6.1.1微生物生長繁殖的概念96
6.1.2微生物的培養(yǎng)方法和生長曲線96
6.1.3微生物生長曲線在廢水微生物處理中的應(yīng)用101
6.1.4微生物生長繁殖的測定102
6.1.5微生物的死亡及其測定103
6.2影響微生物生長的環(huán)境因子103
6.2.1溫度103
6.2.2pH106
6.2.3氧化還原電位107
6.2.4溶解氧107
6.2.5輻射109
6.2.6水的活度與滲透壓110
6.2.7重金屬111
6.2.8若干有機物111
6.2.9抗生素112
6.2.10其他因素113
7微生物的遺傳和變異116
7.1微生物的遺傳和變異現(xiàn)象和意義116
7.1.1微生物的遺傳和變異現(xiàn)象概述116
7.1.2遺傳和變異的意義117
7.2微生物的遺傳117
7.2.1遺傳和變異的物質(zhì)基礎(chǔ)——DNA117
7.2.2DNA的結(jié)構(gòu)與復制121
7.2.3DNA的變性和復性123
7.2.4RNA及其作用124
7.2.5微生物生長與蛋白質(zhì)合成126
7.2.6微生物的細胞分裂127
7.3微生物的變異127
7.3.1變異的實質(zhì)127
7.3.2基因突變的特點和類型127
7.3.3基因重組130
7.3.4基因工程及在環(huán)境保護中的應(yīng)用132
8微生物生態(tài)學137
8.1生態(tài)學原理137
8.1.1生態(tài)學的定義和研究內(nèi)容137
8.1.2種群和群落138
8.1.3生態(tài)系統(tǒng)139
8.1.4生態(tài)平衡141
8.1.5微生物生態(tài)系統(tǒng)與微生物生態(tài)學142
8.2土壤中的微生物142
8.2.1土壤的生態(tài)條件142
8.2.2微生物在土壤中的數(shù)量、種類和分布143
8.2.3土壤自凈和污染土壤微生物生態(tài)144
8.3空氣中的微生物145
8.3.1空氣的生態(tài)條件145
8.3.2空氣微生物的來源、特點和種類145
8.3.3空氣微生物的衛(wèi)生標準及生物潔凈技術(shù)146
8.4水體中的微生物148
8.4.1水體中的微生物群落148
8.4.2水體自凈和污染水體的微生物生態(tài)150
8.4.3水體富營養(yǎng)化155
8.5微生物之間及其與動物、植物之間的相互關(guān)系157
8.5.1微生物之間的相互關(guān)系157
8.5.2微生物與高等植物之間的相互關(guān)系158
8.5.3微生物與人類和動物之間的相互關(guān)系159
9微生物在環(huán)境物質(zhì)循環(huán)中的作用163
9.1自然界的物質(zhì)循環(huán)163
9.1.1物質(zhì)循環(huán)與生物163
9.1.2水循環(huán)是物質(zhì)循環(huán)的核心164
9.2微生物與碳循環(huán)164
9.2.1碳循環(huán)的過程164
9.2.2微生物在碳循環(huán)中的作用165
9.2.3微生物對主要含碳化合物的轉(zhuǎn)化和分解過程165
9.3微生物與氮循環(huán)170
9.3.1氮循環(huán)的過程170
9.3.2微生物在氮循環(huán)中的作用171
9.4微生物與硫循環(huán)174
9.4.1硫循環(huán)的過程174
9.4.2微生物在硫循環(huán)中的作用174
9.5微生物與磷循環(huán)176
9.5.1磷循環(huán)的過程176
9.5.2微生物在磷循環(huán)中的作用176
10微生物和環(huán)境污染控制與治理179
10.1廢水好氧生物處理中的微生物179
10.1.1好氧活性污泥法179
10.1.2好氧生物膜法185
10.1.3氧化塘186
10.2厭氧生物處理中的微生物187
10.2.1厭氧消化——甲烷發(fā)酵188
10.2.2光合細菌處理高濃度有機廢水189
10.2.3含硫酸鹽廢水的厭氧處理189
10.3廢水的脫氮和除磷190
10.3.1廢水脫氮和除磷的目的與意義190
10.3.2廢水生物脫氮原理及工藝190
10.3.3廢水生物除磷原理及工藝192
10.4有機固體廢物處理中的微生物194
10.4.1堆肥法194
10.4.2填埋法及滲濾液195
10.5廢氣生物處理中的微生物195
10.5.1廢氣的處理方法195
10.5.2含硫惡臭污染物及NH3、CO2的微生物處理196
10.6環(huán)境監(jiān)測與微生物197
10.6.1水體污染的生物檢驗197
10.6.2利用微生物檢測環(huán)境毒性的方法197
10.7環(huán)境生物修復技術(shù)與微生物198
10.7.1環(huán)境生物修復技術(shù)概述198
10.7.2環(huán)境生物修復技術(shù)的類型199
10.7.3環(huán)境生物修復中的微生物200
10.7.4環(huán)境生物修復的發(fā)展前景200
10.8微生物與大氣CO2固定201
10.8.1微生物固定CO2的機理201
10.8.2固定CO2的微生物種類202
10.8.3環(huán)境中的固碳微生物202
11微生物學新技術(shù)在環(huán)境科學領(lǐng)域中的應(yīng)用205
11.1固定化技術(shù)205
11.1.1固定化酶和固定化微生物的定義和特點205
11.1.2酶的分離提純206
11.1.3酶的固定化方法206
11.1.4細胞的固定化方法207
11.1.5固定化酶和固定化微生物在環(huán)境工程中的應(yīng)用207
11.2微生物絮凝劑207
11.2.1微生物絮凝劑的特點208
11.2.2微生物絮凝劑的結(jié)構(gòu)組成和化學本質(zhì)208
11.2.3微生物絮凝劑的絮凝機理209
11.2.4微生物絮凝劑的合成和應(yīng)用210
11.3分子生物技術(shù)在環(huán)境科學領(lǐng)域中的應(yīng)用211
11.3.1核酸探針和PCR技術(shù)211
11.3.216S rDNA序列及其同源性的分析212
11.3.3生物芯片212
11.3.4高通量測序技術(shù)213
11.4微生物非培養(yǎng)技術(shù)的原理與應(yīng)用214
11.4.1環(huán)境中微生物的多樣性和非培養(yǎng)微生物214
11.4.2微生物非培養(yǎng)技術(shù)的原理、特點214
11.4.3微生物非培養(yǎng)技術(shù)的應(yīng)用216
12環(huán)境微生物學實驗218
12.1實驗須知218
12.2光學顯微鏡的使用及原核微生物的個體形態(tài)觀察218
12.2.1實驗目的218
12.2.2實驗材料與器皿218
12.2.3普通光學顯微鏡的原理、結(jié)構(gòu)218
12.2.4顯微鏡的使用221
12.2.5實驗內(nèi)容221
12.2.6思考題221
12.3真核微生物的個體形態(tài)觀察221
12.3.1實驗目的221
12.3.2實驗原理222
12.3.3實驗材料與器皿222
12.3.4實驗方法與步驟222
12.3.5思考題222
12.4四大類微生物菌落形態(tài)的識別222
12.4.1實驗目的222
12.4.2實驗原理222
12.4.3實驗材料與器皿223
12.4.4實驗方法與步驟223
12.4.5思考題224
12.5微生物細胞的直接計數(shù)和細胞的顯微測量224
12.5.1實驗目的224
12.5.2實驗原理224
12.5.3實驗材料與器皿225
12.5.4實驗方法與步驟225
12.5.5思考題226
12.6細菌的簡單染色和革蘭染色226
12.6.1實驗目的226
12.6.2實驗原理226
12.6.3實驗材料與器皿226
12.6.4實驗方法與步驟226
12.6.5注意事項227
12.6.6思考題227
12.7培養(yǎng)基的配制與滅菌227
12.7.1實驗目的227
12.7.2實驗原理227
12.7.3實驗材料與器皿228
12.7.4實驗方法與步驟228
12.7.5思考題230
12.8活性污泥中細菌的純種分離和培養(yǎng)230
12.8.1實驗目的230
12.8.2實驗原理230
12.8.3實驗材料與器皿231
12.8.4實驗方法與步驟231
12.8.5思考題233
12.9純培養(yǎng)菌體和菌落形態(tài)的觀察233
12.9.1實驗目的233
12.9.2實驗材料與器皿233
12.9.3實驗方法與步驟233
12.9.4思考題234
12.10細菌淀粉酶的測定234
12.10.1實驗目的234
12.10.2實驗原理234
12.10.3實驗材料與器皿234
12.10.4實驗方法與步驟234
12.10.5思考題235
12.11細菌菌落總數(shù)的測定235
12.11.1實驗目的235
12.11.2實驗原理235
12.11.3實驗材料與器皿235
12.11.4實驗方法與步驟235
12.11.5思考題237
12.12總大腸菌群的檢測237
12.12.1實驗目的237
12.12.2實驗原理237
12.12.3實驗材料與器皿237
12.12.4實驗方法與步驟238
12.12.5思考題239
12.13耐熱大腸菌群的檢測239
12.13.1實驗目的239
12.13.2實驗原理239
12.13.3實驗材料與器皿240
12.13.4實驗方法與步驟240
12.13.5思考題241
12.14環(huán)境樣品中總DNA的提取241
12.14.1實驗目的241
12.14.2實驗原理241
12.14.3實驗材料與器皿242
12.14.4實驗方法與步驟242
12.14.5思考題243
12.15PCR擴增總DNA中16S rDNA基因片段及瓊脂糖凝膠電泳243
12.15.1實驗目的243
12.15.2實驗原理243
12.15.3實驗材料與器皿244
12.15.4實驗方法與步驟244
12.15.5思考題245
附錄246
附錄一教學常用染色液的配制246
附錄二常用染色方法247
附錄三教學用培養(yǎng)基248
附錄四總大腸菌群檢索表（MPN法）251
參考文獻254