計算機(jī)輔助藥物設(shè)計理論及應(yīng)用

目錄
第一章 緒論（1）
第一節(jié) 新藥開發(fā)的基本途徑和方法（1）
第二節(jié) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的常用研究方法（10）
第三節(jié) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的常用軟件（14）
第四節(jié) 近年來CADD在藥物設(shè)計中的應(yīng)用實例（19）
參考文獻(xiàn)（21）
第二章 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的相關(guān)基礎(chǔ)（23）
第一節(jié) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的生命科學(xué)基礎(chǔ)（23）
第二節(jié) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的藥學(xué)基礎(chǔ)（40）
第三節(jié) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的Linux基礎(chǔ)（48）
參考文獻(xiàn)（62）
第三章 常用數(shù)據(jù)庫和基礎(chǔ)軟件的使用（64）
第一節(jié) 藥物設(shè)計常用數(shù)據(jù)庫（64）
第二節(jié) 藥物和靶點的三維結(jié)構(gòu)顯示及繪制軟件（79）
第三節(jié) EndNote文獻(xiàn)管理（85）
參考文獻(xiàn)（91）
第四章 基于配體的藥物分子設(shè)計（92）
第一節(jié) 定量構(gòu)效關(guān)系（QSAR）（92）
第二節(jié) 藥效團(tuán)模型（119）
參考文獻(xiàn)（125）
第五章 基于受體的藥物分子設(shè)計（129）
第一節(jié) 分子對接的原理和分類（129）
第二節(jié) 分子對接的搜索算法（130）
第三節(jié) 分子對接的打分函數(shù)（134）
第四節(jié) 分子對接的操作流程（138）
第五節(jié) 分子對接實例（144）
第六節(jié) 虛擬篩選實例（147）
參考文獻(xiàn)（153）
第六章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測及全新藥物設(shè)計（158）
第一節(jié) 同源建模（158）
第二節(jié) 同源模建實例（171）
第三節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)合位點預(yù)測（178）
第四節(jié) 全新藥物設(shè)計方法（182）
參考文獻(xiàn)（186）
第七章 分子動力學(xué)模擬（190）
第一節(jié) 分子動力學(xué)模擬的原理（190）
第二節(jié) 恒溫恒壓分子動力學(xué)模擬與溶劑模型（196）
第三節(jié) 分子動力學(xué)模擬的主要步驟（201）
第四節(jié) 分子動力學(xué)模擬應(yīng)用實例（210）
參考文獻(xiàn)（231）
第八章 結(jié)合自由能的計算（234）
第一節(jié) 生物大分子體系結(jié)合自由能研究的背景及意義（234）
第二節(jié) 結(jié)合自由能計算方法（238）
第三節(jié) 基于MM/PBSA自由能算法的操作實例（241）
第四節(jié) 自由能計算實例（247）
參考文獻(xiàn)（258）
第九章 藥物靶點的構(gòu)象分析（260）
第一節(jié) 藥物靶點基礎(chǔ)（260）
第二節(jié) 粗粒化模型（262）
第三節(jié) 自由能曲面（275）
第四節(jié) 聚類分析（279）
第五節(jié) 自由能曲面和聚類分析實例（282）
第六節(jié) ProDy使用（286）
參考文獻(xiàn)（291）
第十章 藥物設(shè)計常用的數(shù)值分析（295）
第一節(jié) 相關(guān)和回歸分析（295）
第二節(jié) ROC曲線（305）
第三節(jié) 基于貝葉斯分類的類藥性預(yù)測（313）
第四節(jié) Matlab在藥物設(shè)計中的應(yīng)用（322）
參考文獻(xiàn)（337）
附錄 常用Linux計算軟件的安裝（339）
中英文對照索引（347）
附圖（363）