動植物育種遺傳數(shù)據(jù)分析

目錄
第1章 ASReml軟件介紹 1
1.1 摘要 1
1.2 為何選用ASReml？ 1
1.3 ASReml分析流程 2
1.4 ConTEXT編輯器的設(shè)置 2
1.5 ASReml入門 4
1.6 運行ASReml程序 15
1.7 ASReml輸出文件 16
1.8 制表 23
1.9 預(yù)測 24
1.10 單一程序多個模型 25
1.11 方差分量的線性組合 31
第2章 線性混合模型概述 34
2.1 摘要 34
2.2 混合模型與傳統(tǒng)方差分析的比較 34
2.3 不平衡數(shù)據(jù) 45
2.4 混合模型概述 49
2.5 多個固定效應(yīng)的模型可估性 57
2.6 估計的標(biāo)準(zhǔn)誤差和準(zhǔn)確性 59
2.7 REML法簡介 60
第3章 ASReml方差建模 62
3.1 摘要 62
3.2 方差模型規(guī)則 62
3.3 初始值 75
第4章 育種值 79
4.1 摘要 79
4.2 家系選擇 79
4.3 理論方差分量和相似性 80
4.4 GCA(家系)模型 84
4.5 使用GCA模型分析半同胞子代數(shù)據(jù) 85
4.6 個體(動物)模型 92
4.7 在模型中考慮遺傳組效應(yīng) 102
4.8 自交對方差分量的影響 106
第5章 遺傳值 108
5.1 摘要 108
5.2 特殊配合力和遺傳值 108
5.3 雙列雜交設(shè)計 109
5.4 因子交配設(shè)計 121
5.5 無性系子代測定的數(shù)據(jù)分析 123
第6章 多變量模型 128
6.1 摘要 128
6.2 簡介 128
6.3 基礎(chǔ)理論 129
6.4 玉米RIL多變量模型 132
6.5 個體模型的多變量分析 150
第7章 空間分析 157
7.1 摘要 157
7.2 基礎(chǔ)理論 157
7.3 空間效應(yīng)建模 157
7.4 田間試驗的空間分析示例 162
7.5 空間模型的遺傳力 170
第8章 多環(huán)境試驗分析 175
8.1 摘要 175
8.2 簡介 175
8.3 統(tǒng)計模型 177
8.4 松樹混合授粉MET數(shù)據(jù)分析示例 183
8.5 FA模型的遺傳預(yù)測 197
8.6 FA模型的遺傳力和可靠性的估算 201
第9章 標(biāo)記數(shù)據(jù)的探索性分析 210
9.1 摘要 210
9.2 標(biāo)記數(shù)據(jù)和一些概念 210
9.3 處理標(biāo)記數(shù)據(jù)的軟件和工具 216
9.4 數(shù)據(jù)匯總和可視化 225
第10章 缺失基因型的填補(bǔ) 229
10.1 摘要 229
10.2 簡介 229
10.3 填補(bǔ)的理念 230
10.4 免譜系的填補(bǔ) 232
10.5 利用高密度基因分型的參考模板對低密度基因分型的個體進(jìn)行填補(bǔ) 233
10.6 無參考模板的填補(bǔ) 239
10.7 用Synbreed包進(jìn)行填補(bǔ) 241
第11章 基因組關(guān)系與GBLUP 243
11.1 摘要 243
11.2 現(xiàn)實基因組關(guān)系 243
11.3 基因組BLUP 254
11.4 交叉驗證 265
11.5 混合遺傳關(guān)系 277
第12章 基因組選擇 282
12.1 摘要 282
12.2 基因組預(yù)測的回歸模型 282
12.3 BGLR包的貝葉斯回歸實例 288
參考文獻(xiàn) 306