RNA 折疊結構預測算法與計算復雜性

目錄
前言
第1章 緒論 1
1.1 背景 1
1.2 國內外研究現(xiàn)狀 3
1.3 算法與復雜性 9
1.4 P類、NP類及NPC類問題 10
1.5 NP難問題及其近似算法 11
1.6 多項式時間近似方案 13
1.7 NPC命題的證明 13
1.8 本書主要工作 16
參考文獻 16
第2章 RNA折疊結構與能量模型 19
2.1 RNA結構與堿基序列 19
2.2 RNA結構介紹 20
2.2.1 RNA二級結構 20
2.2.2 RNA三級結構 21
2.3 RNA二級結構預測方法 22
2.3.1 序列對比方法 24
2.3.2 親緣分析法 24
2.3.3 熱動力學最小自由能量方法 25
2.4 假結結構 26
2.5 自由能量模型 27
2.5.1 自由能量參數(shù) 27
2.5.2 最鄰近鄰居模型 28
參考文獻 28
第3章 典型的RNA結構預測算法簡介 33
3.1 引言 33
3.1.1 研究目標 33
3.1.2 擬解決的有關科學問題 34
3.2 MFOLD算法 34
3.3 最大基對數(shù)算法 36
3.4 包含假結的RNA折疊結構預測 37
3.5 Rivas算法與JR算法 37
3.5.1 Rivas算法 37
3.5.2 JR算法 39
3.6 Lyngso算法 39
3.7 優(yōu)化組合算法 40
3.8 Abrahams算法 41
參考文獻 42
第4章 包含假結的RNA折疊結構預測啟發(fā)式算法 44
4.1 引言 44
4.2 RNA折疊結構分析 46
4.3 計算最大堆疊的RNA二級結構預測算法 47
4.3.1 算法設計 47
4.3.2 算法思想 48
4.3.3 算法分析 49
4.3.4 實驗結果 50
4.3.5 實驗對比分析 52
4.3.6 結論 53
4.4 啟發(fā)式算法設計 53
4.5 算法復雜性分析 56
4.6 實驗結果 57
參考文獻 59
第5章 計算最大堆疊數(shù)的多項式時間近似方案 60
5.1 引言 60
5.2 RNA折疊結構中最大堆疊數(shù)問題的復雜性 63
5.3 計算最大堆疊數(shù)算法 64
5.4 基于莖區(qū)的計算最大堆疊數(shù)問題近似方案 64
參考文獻 66
第6章 帶假結的RNA折疊結構預測近似算法 67
6.1 引言 67
6.2 平面RNA二級結構的近似算法 69
6.3 一般RNA二級結構的近似算法 73
6.4 平面RNA結構中的NP完全性 75
6.4.1 RNA折疊結構序列構建 76
6.4.2 If-part的正確性 76
6.4.3 Only-ifpart的正確性 77
參考文獻 81
第7章 基于BHG的RNA折疊結構預測算法 83
7.1 基本概念 83
7.2 基于BHG的RNA折疊結構預測方案 83
參考文獻 88
第8章 RNA折疊結構與基因編輯技術 89
8.1 簡介 89
8.2 技術原理 92
8.2.1 基因編輯是DNA斷裂及修復機制的技術 92
8.2.2 重組核酸酶介導技術 93
8.3 技術應用 98
8.3.1 國際基因編輯技術進展 98
8.3.2 我國基因編輯技術進展 101
參考文獻 102
第9章 總結與展望 106
9.1 總結 106
9.2 展望 106
基本術語表 108