植物基因組學

第一篇 總論
第1-1章 緒論
第一節(jié) 基因組及基因組學概念
一、基因組基本概念
二、基因組學及其技術概述
三、基因組學發(fā)展簡史
第二節(jié) 植物基因組測序歷史與特征
一、植物基因組測序歷史及其進展
二、植物基因組特征
第三節(jié) 植物基因組學展望
一、植物基因組學研究路線圖
二、植物基因組學面臨的挑戰(zhàn)與展望
第1-2章 植物基因組測序與拼裝
第一節(jié) 基因組概貌調(diào)查
一、細胞遺傳學分析
二、基因組調(diào)查測序與K-mer分析
第二節(jié) 植物基因組測序
一、目前主要測序技術
二、植物基因組測序策略
第三節(jié) 植物基因組拼接組裝
一、基因組拼接
二、染色體水平組裝
第1-3章 植物基因組構(gòu)成
第一節(jié) 植物基因組大小與基本結(jié)構(gòu)
一、植物基因組大小
二、植物基因組基本結(jié)構(gòu)
第二節(jié) 植物基因組主要構(gòu)成因子
一、蛋白質(zhì)編碼基因
二、非編碼基因
三、重復序列
第1-4章 植物基因組轉(zhuǎn)錄
第一節(jié) 植物基因組轉(zhuǎn)錄概述
一、轉(zhuǎn)錄組及其測定
二、基因轉(zhuǎn)錄水平分析
三、植物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控
第二節(jié) 植物基因組轉(zhuǎn)錄特征
一、植物轉(zhuǎn)錄本構(gòu)成及其數(shù)量
二、蛋白質(zhì)編碼基因轉(zhuǎn)錄水平與特征
三、發(fā)育和環(huán)境脅迫下編碼基因轉(zhuǎn)錄變化
四、發(fā)育和環(huán)境脅迫下非編碼基因轉(zhuǎn)錄變化
第1-5章 植物基因組表觀遺傳修飾
第一節(jié) 植物基因組甲基化
一、DNA甲基化及其測定
二、植物發(fā)育與脅迫過程DNA甲基化變化
第二節(jié) 植物基因組印記
一、基因組印記概述
二、植物基因組印記研究舉例
第1-6章 植物基因組進化
第一節(jié) 植物基因組起源與復制
一、植物基因組起源與進化
二、基因組復制
第二節(jié) 基因組突變、重組與轉(zhuǎn)座
一、DNA突變與修復
二、同源重組
三、轉(zhuǎn)座
第三節(jié) 基因組多倍化
一、基因組片段倍增
二、基因組多倍化方式
三、基因組多倍化后二倍化過程
第四節(jié) 其他基因組進化機制
一、橫向基因轉(zhuǎn)移
二、B染色體
第1-7章 植物群體基因組
第一節(jié) 群體基因組學概述
一、群體基因組變異檢測
二、群體基因組進化分析方法
三、基因組選擇信號檢測方法
四、泛基因組分析
第二節(jié) 自然群體基因組特征與自然選擇
一、自然群體基因組變異
二、群體起源和進化歷史
三、自然選擇位點及其特征
第三節(jié) 作物群體基因組特征與人工選擇
一、人工選擇對作物基因組的影響
二、作物群體結(jié)構(gòu)
三、作物基因組人工選擇位點
四、遺傳漸滲與環(huán)境適應
五、作物泛基因組
第1-8章 植物單細胞基因組
第一節(jié) 單細胞基因組學概述
一、單細胞及其基因組研究歷史
二、單細胞基因組學關鍵技術
第二節(jié) 植物單細胞基因組研究
一、植物單細胞基因組研究案例
二、植物單細胞基因組學展望
第1-9章 植物三維基因組
第一節(jié) 三維（3D）基因組學概述
一、三維基因組及其分析技術
二、三維基因組學應用領域
第二節(jié) 植物三維基因組研究
一、基于三維構(gòu)象的植物基因組組裝
二、植物基因組三維構(gòu)象與調(diào)控元件特征
第1-10章 植物合成基因組
第一節(jié) 合成生物學概述
一、合成生物學概念及其技術
二、植物合成基因組意義與展望
第二節(jié) 植物基因組設計與合成
一、植物次生代謝途徑人工合成
二、光合途徑與高光效植物創(chuàng)制
三、植物底盤基因組
第1-11章 葉綠體基因組
第一節(jié) 葉綠體基因組概述
一、葉綠體及其基因組測序進展
二、葉綠體基因組結(jié)構(gòu)與轉(zhuǎn)錄
第二節(jié) 葉綠體基因組特征與利用
一、葉綠體基因組進化緩慢
二、葉綠體基因組橫向轉(zhuǎn)移
三、葉綠體基因組利用
第1-12章 植物線粒體基因組
第一節(jié) 植物線粒體基因組概述
一、植物線粒體及其基因組測序進展
二、植物線粒體基因組結(jié)構(gòu)
第二節(jié) 植物線粒體基因組特征與利用
一、線粒體基因組大小跨度大
二、動植物線粒體基因組存在明顯差異
三、RNA編輯
四、植物線粒體基因組利用
第1-13章 植物功能基因組學
第一節(jié) 功能基因定位與關聯(lián)
一、數(shù)量性狀基因座定位
二、全基因組關聯(lián)分析
三、混池分離分析
第二節(jié) 突變體創(chuàng)制與分析
一、理化誘變
二、插入突變
第三節(jié) 基因功能分析技術
一、基因編輯
二、RNA干擾
三、植物表型組學技術
第1-14章 組學數(shù)據(jù)育種利用
第一節(jié) 組學數(shù)據(jù)與作物育種
一、作物育種過程及其遺傳本質(zhì)
二、作物組學數(shù)據(jù)育種利用途徑
第二節(jié) 作物育種選擇的基因組學解析
一、遺傳重組率圖譜
二、作物遺傳傳遞及其變異
三、雜種優(yōu)勢
第三節(jié) 組學相關育種技術
一、基因組選擇
二、大數(shù)據(jù)技術及其育種利用
第1-15章 植物基因組數(shù)據(jù)資源
第一節(jié) 綜合性基因組數(shù)據(jù)資源
一、國際公共基因組數(shù)據(jù)庫
二、植物綜合性基因組數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 植物轉(zhuǎn)錄與修飾相關數(shù)據(jù)資源
一、植物轉(zhuǎn)錄相關數(shù)據(jù)庫
二、植物表觀遺傳修飾相關數(shù)據(jù)庫
第二篇 各論
第2-1章 擬南芥基因組
第一節(jié) 擬南芥基因組概況
一、擬南芥及其系統(tǒng)發(fā)生關系
二、基因組測序歷史與進展
三、基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 擬南芥基因組特征與進化
一、首個植物基因組倍增證據(jù)
二、植物模式基因組構(gòu)成
三、植物自然群體基因組變異
第三節(jié) 擬南芥基因組轉(zhuǎn)錄與功能
一、擬南芥基因組轉(zhuǎn)錄與修飾
二、擬南芥功能基因及其基因組分布
第2-2章 水稻基因組
第一節(jié) 水稻基因組概況
一、稻屬系統(tǒng)發(fā)生關系與基因組大小
二、基因組測序歷史與進展
三、基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 水稻基因組特征與進化
一、古老多倍體
二、基因組提供秈稻與粳稻馴化起源的證據(jù)
三、栽培稻可能發(fā)生去馴化過程
第三節(jié) 水稻基因組轉(zhuǎn)錄與功能
一、基因組轉(zhuǎn)錄與修飾
二、重要農(nóng)藝性狀功能基因位點
第2-3章 玉米基因組
第一節(jié) 玉米基因組概況
一、玉蜀黍?qū)傧到y(tǒng)發(fā)生及其基因組測序進展
二、基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 玉米基因組進化與功能
一、基因組特征與進化
二、基因組轉(zhuǎn)錄與功能
第2-4章 小麥基因組
第一節(jié) 小麥基因組概況
一、小麥系統(tǒng)發(fā)生及其基因組測序情況
二、普通小麥基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 小麥基因組進化與功能
一、基因組特征與進化
二、基因組轉(zhuǎn)錄與功能
第2-5章 大豆基因組
第一節(jié) 大豆基因組概況
一、大豆系統(tǒng)發(fā)生及其基因組測序情況
二、基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 大豆基因組進化與功能
一、基因組特征與進化
二、基因組轉(zhuǎn)錄與功能
第2-6章 棉花基因組
第一節(jié) 棉花基因組概況
一、棉屬系統(tǒng)發(fā)生及其基因組測序進展
二、棉花基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 棉花基因組進化與功能
一、基因組特征與進化
二、基因組轉(zhuǎn)錄與功能
第2-7章 油菜基因組
第一節(jié) 油菜基因組概況
一、油菜基因組大小及其測序進展
二、油菜基因組基本構(gòu)成及其數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 油菜基因組進化與功能
一、甘藍型油菜基因組特征與進化
二、基因組轉(zhuǎn)錄與修飾
三、功能基因基因組關聯(lián)分析
第2-8章 蔬菜基因組
第一節(jié) 蔬菜基因組概述
一、蔬菜主要種類及其基因組測序情況
二、蔬菜基因組特征與進化
第二節(jié) 蔬菜基因組功能與利用
一、番茄果實發(fā)育相關功能基因
二、蔬菜瓜果風味功能基因
第2-9章 林果花卉基因組
第一節(jié) 林果花卉基因組概述
一、主要林果花卉種類及基因組大小
二、林果花卉基因組測序概況
三、林果花卉基因組特征與進化
第二節(jié) 林果花卉基因組功能與利用
一、風味和營養(yǎng)形成相關功能基因
二、花卉觀賞性狀相關基因
三、其他重要性狀基因位點鑒定
第2-10章 非維管束植物基因組
第一節(jié) 綠藻基因組
一、綠藻基因組概述
二、綠藻基因組特征及其進化
第二節(jié) 輪藻基因組
一、輪藻系統(tǒng)發(fā)生關系及其基因組
二、陸地植物遺產(chǎn)基因
第三節(jié) 苔蘚類植物
一、苔類基因組
二、蘚類基因組
主要參考文獻
附錄1 植物基因組測序物種清單
附錄2 主要中英文術語釋義