《金陵全書》收錄的南京文獻,分為方志、史料、檔案和文獻四大類?!督鹆耆珪钒瓷鲜鏊拇箢惙竹R甲、乙、丙、丁四編,以不同的封面顏色加以區(qū)分;每編酌分細類,原則上以成書時代為序分為若幹冊,依次編列序號。《金陵全書》收錄南京文獻的地域範圍,包括了清代江寧府所轄上元、江寧、句容、溧水、高淳、江浦、六合?!督鹆耆珪肥珍浀哪暇┪墨I,其成書年代的下限為一九四九年。《金陵全書》收錄方志、史料和文獻,盡量選用善本為底本?!督鹆耆珪肥珍浀臋n案以學術價值和實用價值較高為原則,一般選用延續(xù)時間較長、相對比較完整的檔案全宗。