噬菌體藥理學及其實驗方法

緒論：噬菌體群體治療藥理學方法和框架1

第1部分基礎(chǔ)噬菌體學23
1水和土壤中噬菌體的富集25
2環(huán)境樣品中噬菌體的分離方法31
3溶原誘導(dǎo)法分離噬菌體39
4氯化鐵絮凝回收海水中的噬菌體46
5陰離子交換色譜法純化噬菌體52
6噬菌體計數(shù)——雙層平板法60
7噬菌體計數(shù)——直接涂板法66
8噬菌體的計數(shù)——微量滴定板法69
9噬菌體的電鏡觀察72
10噬菌體宿主范圍和裂解率的測定82
11噬菌體對細胞吸附率的測定88
12一步生長曲線測定92
13利用純化受體測定噬菌體的失活動力學97
14噬菌體突變株的構(gòu)建100
15裂解性噬菌體的普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)110
16噬菌體的高通量篩選119
17家蠶幼蟲模型在噬菌體治療實驗中的應(yīng)用123
18大蠟螟幼蟲替代動物作為感染模型分析病原菌致病力的應(yīng)用130
19果蠅感染模型和評價噬菌體抗菌效果的應(yīng)用137
20浮萍和紫苜蓿作為細菌感染模型系統(tǒng)的應(yīng)用143
21雞胚致死試驗評估噬菌體治療效果的應(yīng)用149
22噬菌體-生物膜相互作用的評價技術(shù)154
23使用噬菌體FISH法檢測單細胞水平的噬菌體感染161
24酶譜分析噬菌體裂解蛋白的肽聚糖水解活性177
25即食食品中噬菌體效果的定量測定183

第2部分噬菌體生物信息學189
26噬菌體的分類與命名191
27病毒組研究方法194
28常見細菌的噬菌體201
29噬菌體研究的網(wǎng)絡(luò)資源219
30噬菌體表征的必要步驟：生物學、分類學和基因組分析224
31使用RAST對噬菌體基因組注釋238
32噬菌體基因組數(shù)據(jù)的可視化分析：比較基因組學和作圖244
33噬菌體裂解物的制備和DNA純化260
34脈沖場凝膠電泳（PFGE）測定噬菌體基因組大小266
35噬菌體基因組末端的高通量測序分析271
36通過分析有尾噬菌體基因組的末端確定DNA包裝策略290
37來自單一噬菌斑的雙鏈DNA噬菌體的基因組測序304
38利用感染裂解性噬菌體的細胞構(gòu)建cDNA文庫以使用RNA-Seq進行轉(zhuǎn)錄組分析308
39熒光定量PCR測定宿主菌和噬菌體mRNA的表達315
40噬菌體的純化以及噬菌體結(jié)構(gòu)蛋白的SDS-PAGE分析324
41噬菌體蛋白質(zhì)組學：質(zhì)譜的應(yīng)用332

第3部分噬菌體應(yīng)用341
42噬菌體治療343
43使用Strep-tagⅡ純化分析噬菌體-宿主的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用349
44用于分枝桿菌藥物敏感性試驗的熒光桿菌噬菌體363
45工程噬菌體生物傳感器370
46將噬菌體基因組導(dǎo)入大腸埃希菌的電穿孔法379
47枯草芽孢桿菌噬菌體SPO1的定點突變384
48電穿孔DNA噬菌體重組技術(shù)（BRED）在裂解性噬菌體基因操作中的應(yīng)用391
49用親和層析法分離競爭性噬菌體修飾展示的T4噬菌體401
50用于檢測和生物防控的噬菌體及其蛋白質(zhì)的固定化407
51銅綠假單胞菌噬菌體中編碼生長抑制性O(shè)RFan的篩選420
52噬菌體展示技術(shù)432