司馬德宗即位為晉安帝，改年號(hào)為隆安。司馬德宗授予司馬道子以太傅、揚(yáng)州牧、中書(shū)監(jiān)等職，加賜特殊的禮儀，其儀仗有黃鉞、羽葆、鼓吹等，又增賜衛(wèi)士一百人入殿。不久，朝廷內(nèi)外各種事務(wù)都必須首先經(jīng)過(guò)司馬道子之手。尚書(shū)仆射王國(guó)寶輕薄無(wú)德行，被道子當(dāng)作親信，他的權(quán)勢(shì)顯赫，震懾京城建業(yè)，竟然擅自把禁衛(wèi)東宮的士卒用來(lái)配備自己的私府。司馬道子任用王緒為輔國(guó)將軍、瑯邪內(nèi)史，又擅自兼并守衛(wèi)石頭城的軍隊(duì)，把他們屯駐在建業(yè)城。王緒還兼任他的從事中郎，在中樞部門(mén)主事，倍受寵幸而主持朝政。

　　司馬德宗屬下的兗州刺史王恭向來(lái)憎惡王國(guó)寶、王緒這一幫人擾亂朝政，就約荊州刺史殷仲堪到期同時(shí)舉事。王恭上奏表給司馬德宗說(shuō)：“王國(guó)寶犯有滔天大罪，我恭敬地向陛下陳述他的罪狀。前任荊州刺史王悅，是王國(guó)寶的同胞兄弟。王悅在西藩任上，不幸喪亡。國(guó)寶向陛下告假奔喪，卻遲遲不愿上路，御史臺(tái)對(duì)此事進(jìn)行糾察，他害怕獲罪黜免，就改換衣服冠帽，偽裝成婦人，與婢女同坐一車(chē)，到相王司馬道子那里求情。再則先帝暴崩之時(shí)，朝廷上下莫不驚哭，但國(guó)寶若無(wú)其事，絲毫不見(jiàn)悲哀之貌，并且潛入宮中，謀求施行奸計(jì)，想要詐稱(chēng)圣上遺詔，偽造皇帝璽印。事實(shí)昭著在外，上下莫不知曉。先前讒言離間王繤、王珉兄弟，使二者不和勝過(guò)仇敵；后又樹(shù)立私黨，遍及朝廷官府。侵吞軍隊(duì)物資儲(chǔ)備，據(jù)為私人財(cái)產(chǎn)；公然賣(mài)官鬻爵，威勢(shì)恣肆于天下。網(wǎng)羅不得志者，招集亡命之徒。輔國(guó)將軍王緒兇狂狡詐，為人所不齒，二人狼狽為奸，共同竊居要位。彼等自知惡貫滿盈，人鬼都為之怨憤，就圖謀背叛朝廷，廢毀天下。昔日趙鞅興晉陽(yáng)之甲，鏟除君側(cè)之惡，我雖拙笨愚劣，豈敢忘卻這個(gè)道理?！蓖豕У谋碚滤偷匠?，司馬道子得知以后就密謀要討伐王恭，任司馬元顯為征虜將軍，令內(nèi)外各路軍隊(duì)暗中嚴(yán)加防備。但王國(guó)寶惶恐畏懼，不知道怎么行事，就派出數(shù)百人守衛(wèi)竹里，夜晚遇到大風(fēng)大雨，將士各自奔散而回。王緒勸說(shuō)王國(guó)寶殺死王繤，然后出兵南征北伐，王國(guó)寶不聽(tīng)，反而向王繤征求對(duì)策。不久王國(guó)寶恐懼過(guò)度，就向朝廷上表請(qǐng)求免去自己的官職。沒(méi)過(guò)多久他又畏懼而反悔，就詐稱(chēng)司馬德宗有詔令其官?gòu)?fù)原職。司馬道子既不能抵抗王恭等人的軍隊(duì)，又想要借此而推卸自己的罪責(zé)，就把王國(guó)寶逮捕起來(lái)交付廷尉處死，又?jǐn)赝蹙w于市，以取悅于王恭等人。司徒左長(zhǎng)史王廣欽因?yàn)槟赣H亡故而在吳郡服喪，王恭就授予他吳國(guó)內(nèi)史之職。王廣欽就征集動(dòng)用吳興等各郡的兵卒。王國(guó)寶被處死之后，王恭要王廣欽仍回家服喪。王廣欽認(rèn)為這是一次極好的機(jī)遇，可以實(shí)現(xiàn)自己的意愿，于是就占據(jù)吳郡，派遣自己的子弟率兵攻擊王恭。王廣欽以女兒為真烈將軍，也設(shè)置各種文武官員，領(lǐng)兵自衛(wèi)。王恭派司馬劉牢之前往征討，平定了王廣欽。

　　司馬德宗屬下譙王司馬尚之兄弟又去游說(shuō)司馬道子，認(rèn)為當(dāng)前各地藩鎮(zhèn)勢(shì)力強(qiáng)盛，而朝廷宰相權(quán)勢(shì)薄弱，應(yīng)當(dāng)暗地里樹(shù)置朋黨，作為保衛(wèi)自己的屏障。司馬道子同意他們的看法，就分派自己的心腹之人，占據(jù)許多位置重要的州郡，從此內(nèi)外騷動(dòng)不得安寧。王恭深恐發(fā)生禍害，再次秘密相約殷仲堪、西中郎將庾楷、廣州刺史桓玄按期舉兵同會(huì)于京都建業(yè)。桓玄等人立即響應(yīng)。王恭向朝廷上表，向各地傳檄，以討伐江州刺史王愉、司馬尚之作為起兵的事由。殷仲堪派龍?bào)J將軍、南郡相楊亻全期率水師五千人從江陵進(jìn)發(fā)，桓玄向殷仲堪借兵，殷仲堪也借給他五千兵馬。于是，司馬德宗采取了嚴(yán)密的防衛(wèi)措施：給司馬道子加賜黃鉞；派右將軍謝琰領(lǐng)兵抵抗王恭等人；任司馬元顯為征討都督，率領(lǐng)眾軍作后續(xù)相繼進(jìn)發(fā)；令前軍王王旬率領(lǐng)中軍府的部隊(duì)駐扎在京都北郊；任司馬尚之為豫州刺史，率領(lǐng)其弟司馬恢之、司馬允之向西討伐庾楷等人。所有各部都令人舉著白虎幡走在前列。王恭派劉牢之為前鋒，駐扎在竹里。當(dāng)初，司馬道子圖謀除掉王恭，曾許以重賞收買(mǎi)了劉牢之，劉牢之就殺了王恭的別帥顏延和他的弟弟顏強(qiáng)，把兩個(gè)人的首級(jí)送給謝琰。謝琰與劉牢之同時(shí)襲擊王恭，王恭被打敗逃往曲阿，被湖浦軍尉拿獲，解送到建業(yè)。司馬尚之與庾楷之子庾鴻在牛渚交戰(zhàn)，斬殺了庾鴻的前鋒將領(lǐng)殷萬(wàn)，庾鴻只得逃回到歷陽(yáng)。司馬尚之還是不敢渡水作戰(zhàn)?；感钬槿诘韧蝗坏竭_(dá)橫江，司馬尚之引兵退走，司馬恢之所率領(lǐng)的軍隊(duì)全部覆沒(méi)?；感热藦街钡竭_(dá)石頭城，殷仲堪所部繼而進(jìn)到蕪湖，建業(yè)受到威脅，京城震駭。司馬道子在倪塘把王恭處斬。桓玄等人無(wú)心戀戰(zhàn)，于是退兵回到尋陽(yáng)。

　　這一年冬天，司馬德宗派遣使者來(lái)大魏朝貢，并請(qǐng)求派軍隊(duì)前去討伐姚興。第二年夏天，司馬德宗又派使者前來(lái)朝貢。

　　司馬德宗授任司馬元顯為揚(yáng)州刺史。司馬道子有病，元顯生怕自己不能承襲他的職位，就偽造旨意擅自就任，而道子卻毫無(wú)所知。等到他病愈之后，得知此事大怒，由于司馬元顯已受任，也就不再改正過(guò)來(lái)，從此朝廷內(nèi)外一切政事都由司馬元顯裁斷。司馬道子一向嗜酒，治理政務(wù)的時(shí)間非常少，到這時(shí)更是無(wú)事可做，就以白晝當(dāng)作夜晚，只顧飲酒。當(dāng)時(shí)人們都說(shuō)道子是東尚書(shū)，元顯是西尚書(shū)，西府門(mén)第車(chē)馬繁雜，東邊府第則門(mén)可羅雀。司馬元顯年輕氣盛，一時(shí)間位尊權(quán)重，更加驕奢淫暴，于是遠(yuǎn)近的人都背地里譏諷、指責(zé)他。

　　當(dāng)初，司馬德宗所屬新安太守孫泰因以旁門(mén)左道惑眾而被誅戮，他的侄子孫恩逃竄到東海島上，許多妖黨都追隨他，到這時(shí)孫恩就糾集妖眾，進(jìn)攻上虞，殺死縣令，率其部下一百人左右徑直奔向山陰。會(huì)稽內(nèi)史王凝之信奉五斗米道，孫恩將要到來(lái)，他沒(méi)有事先派軍隊(duì)抵抗，而是在道人所居之室跪拜禱告，口里不斷念著咒語(yǔ)，向空中指指劃劃，好像是在囑托什么事情。王凝之的下屬都勸他討伐孫恩，王凝之卻說(shuō)：“我已經(jīng)祈請(qǐng)大師發(fā)兵，凡是各處渡口要道都各有數(shù)萬(wàn)人馬?！敝钡綄O恩逼近，他才聽(tīng)從部屬意見(jiàn)派兵抵御。及至軍隊(duì)剛剛出動(dòng)，孫恩率人已經(jīng)到了跟前。王凝之戰(zhàn)敗，狼狽逃跑，過(guò)了一夜就被孫恩捕獲。十天之內(nèi)，孫恩聚集部眾數(shù)萬(wàn)人，自號(hào)平東將軍，強(qiáng)迫當(dāng)?shù)孛拷邮軅温殹Ｓ谑?，各郡的人被妖術(shù)蠱惑，一齊殺死太守縣令而響應(yīng)孫恩，一時(shí)間妖眾云集。吳國(guó)內(nèi)史桓謙逃走，吳興太守謝邈被害。

　　自從司馬德宗即位以來(lái)，其朝廷內(nèi)外乖迕叛逆，石頭城以外都被荊州、江州刺史把持，長(zhǎng)江以西的地方則受命于豫州刺史，京口以至長(zhǎng)江北部都被兗州刺史劉牢之等人所挾制，司馬德宗的政令，只有三吳之地可以推行而已。孫恩既然作亂，江南八郡全都淪為賊寇的地盤(pán)，直到丹陽(yáng)各縣，處處都是賊寇蜂起，建業(yè)城變得衰弱不堪。而且被妖術(shù)蠱惑之徒，大多潛伏在各個(gè)都邑，百姓人人危懼，常常擔(dān)心被妖眾竊據(jù)。于是各部軍隊(duì)嚴(yán)加防衛(wèi)，劉牢之聯(lián)合衛(wèi)將軍謝琰共同討伐賊寇。賊眾根本不執(zhí)行禁令，肆意搶劫殺戮，士民百姓被殺害的不計(jì)其數(shù)，有的縣令被賊人剁成肉醬強(qiáng)逼他的妻兒吃，不肯吃的人就被拿去肢解，賊寇的暴虐竟至如此。驃騎長(zhǎng)史王平之死后尚未埋葬，孫恩就打開(kāi)棺材把尸體燒掉，用他的頭骨當(dāng)作大小便的器具。劉牢之率軍征討把他們打敗。謝琰率軍將要到達(dá)吳興，賊徒聞風(fēng)逃走，驅(qū)趕強(qiáng)逼士民百姓，逃到山陰。被諸妖眾踐踏的家中，婦女受害尤甚，凡是沒(méi)有跟他們走的，就把她的嬰兒盛妝打扮投進(jìn)水中，并且說(shuō)：“祝賀你先登上仙堂，我不久就會(huì)來(lái)找你的?！辟\寇被驅(qū)趕走散之后，各地城邑房屋都被焚毀，只是在城外偶爾能見(jiàn)到人跡，過(guò)了一個(gè)多月才漸漸有人回來(lái)。謝琰屯兵留守烏程，派他的部將高素協(xié)助劉牢之。劉牢之率領(lǐng)眾軍渡過(guò)長(zhǎng)江。起初，孫恩聽(tīng)說(shuō)八郡的人都響應(yīng)他，就對(duì)他屬下的官員說(shuō)道：“天下從此不會(huì)再有什么事了，我當(dāng)與各位穿上朝服而進(jìn)入建業(yè)城?！焙髞?lái)聽(tīng)說(shuō)劉牢之的軍隊(duì)到達(dá)長(zhǎng)江，又對(duì)他們說(shuō)：“我割據(jù)浙江，也不失為做又一個(gè)勾踐?！辈痪玫弥?jiǎng)⒗沃呀?jīng)渡江，他就說(shuō)：“我并不以逃跑為恥?！庇谑蔷吞幼吡?。孫恩逃跑時(shí)令人沿路丟棄許多珍寶財(cái)物，劉牢之的將士見(jiàn)了就爭(zhēng)著拾取，不能窮追賊軍。

　　孫恩再次逃到了海上。起初，三吳之地困于賊寇肆虐作亂，都翹首盼望劉牢之、高素等人的軍隊(duì)到來(lái)。他們的軍隊(duì)來(lái)到之后，同樣放肆地?fù)屄邮┍傩斩即笫?，無(wú)不怨恨其荼毒。孫恩逃到海上，其部下又輾轉(zhuǎn)跟從于他。于是他率眾攻破永嘉、臨海，再次進(jìn)入山陰。謝琰迎戰(zhàn)身亡。于是建業(yè)大為震驚，派冠軍將軍、東海太守桓不才，輔國(guó)將軍孫無(wú)終，廣陵相高雅之等人向東征討孫恩。吳興太守庾恒懼怕妖黨再次興起，就大行誅戮，殺死男女?dāng)?shù)千人。孫恩又在余姚打敗了高雅之，高雅之?dāng)√踊氐缴疥?。司馬元顯在建業(yè)自封為后將軍、開(kāi)府儀同三司、都督十六州，原任的官職全都照舊；授予他的兒子司馬彥章為東海王，食邑吳興四萬(wàn)余戶，精心挑選文章博學(xué)之士作為臣僚，文武官員的設(shè)置如同一個(gè)小朝廷。孫恩渡海而來(lái)很快就到達(dá)京口，擁有戰(zhàn)士十萬(wàn)人，劉牢之在山陰阻截，眾軍畏懼不敢同他周旋，孫恩于是徑直向建業(yè)前進(jìn)。司馬德宗惶恐驚駭，立即征召豫州刺史司馬尚之。當(dāng)時(shí)建業(yè)內(nèi)外一片驚懼混亂，但司馬元顯卻設(shè)置盛大酒宴，司馬道子則只是每天在鐘山祈禱神明。孫恩之眾漸漸逼近，城中百姓驚恐萬(wàn)分。司馬尚之率領(lǐng)精銳騎兵迅速趕到，直接屯兵在積弩堂。孫恩當(dāng)時(shí)碰到逆風(fēng)，不能快速行進(jìn)，走了幾天才到達(dá)白石。孫恩原以為司馬氏諸軍分散，想要乘其不備進(jìn)行偷襲，但他聽(tīng)說(shuō)司馬尚之還在建業(yè)，又聽(tīng)說(shuō)劉牢之的軍隊(duì)沒(méi)有退走，不敢上前攻擊，就向郁州方向前進(jìn)。孫恩的別帥盧循攻陷廣陵，大肆擄掠而去。

　　桓玄聽(tīng)說(shuō)孫恩部眾逼近建業(yè)，就在軍前樹(shù)起大旗，采取措施嚴(yán)密防備，一面給朝廷上表請(qǐng)求發(fā)兵征討。當(dāng)時(shí)孫恩離建業(yè)并不遠(yuǎn)，桓玄請(qǐng)戰(zhàn)的表章又送到了，司馬元顯等人大為驚懼，急忙派人去制止桓玄。庾楷暗地里差遣使者私自與元顯勾結(jié)，說(shuō)桓玄已經(jīng)大失人心，部下都不愿替他賣(mài)力，如果朝廷派兵征伐桓玄，自己愿意充當(dāng)內(nèi)應(yīng)。司馬元顯見(jiàn)到庾楷的書(shū)信大喜，就派張法順前往與劉牢之謀劃，劉牢之答應(yīng)這樣做。于是司馬元顯就征集兵馬，裝配艦船，準(zhǔn)備向西征討桓玄。司馬德宗改年號(hào)為元興(402)，任命司馬元顯為大都督，率兵征討桓玄。及至桓玄軍到，司馬元顯不戰(zhàn)而敗，父子二人都被桓玄所殺。司馬德宗旋即又改年號(hào)為大亨。

　　魏天興六年(403)，司馬德宗派遣使者來(lái)朝朝貢。

　　司馬德宗封桓玄為楚王，桓玄不久就脅迫司馬德宗親自寫(xiě)下詔書(shū)禪位。司馬德宗出居永安宮?；感芏U即位之后，封司馬德宗為南康平固縣王，令他居住在尋陽(yáng)。天賜元年(404)，司馬德宗在姑熟，二月，他到達(dá)尋陽(yáng)。司馬德宗的彭城內(nèi)史劉裕殺了桓玄的徐州刺史桓..，與劉毅等人發(fā)兵討伐桓玄。桓玄失敗逃往尋陽(yáng)，又裹挾司馬德宗兄弟奔往江陵，接著又到了荊州。荊州別駕王康產(chǎn)、南郡相王騰之迎接司馬德宗進(jìn)入南郡府舍?；感痪帽粴ⅰ；感繉⒒刚裼謥?lái)襲擊江陵，殺了王康產(chǎn)和王騰之。他還準(zhǔn)備殺死司馬德宗，桓玄的揚(yáng)州刺史、新安王桓謙苦苦勸阻，才沒(méi)有下手。

　　當(dāng)時(shí)孫恩的舊部盧循捉拿了司馬德宗的廣州刺史吳隱之，自號(hào)平南將軍、廣州刺史，令他的同黨徐道覆占據(jù)始興，其余各郡都安排他的親信黨羽把持。

　　司馬德宗在江陵再次即位，改年號(hào)為義熙(405)。尚書(shū)陶夔前往迎接司馬德宗，到達(dá)板橋的時(shí)候，突然刮起大風(fēng)，龍舟沉沒(méi)在水里，死亡十余人。司馬德宗從江陵出發(fā)到了尋陽(yáng)，他的益州刺史毛璩、參軍譙縱反叛，進(jìn)攻涪城，并占領(lǐng)了它，于是就憑借益州反叛司馬德宗。司馬德宗又從姑熟出發(fā)，回到了建業(yè)。這一年六月，太祖派軍攻擊司馬德宗所屬巨鹿太守賀申，賀申舉城投降。

　　永興二年(410)，盧循又在嶺南東山再起，在石城殺了司馬德宗所屬江州刺史何無(wú)忌。眾人都想讓司馬德宗向北出走，后來(lái)得知盧循并沒(méi)有到來(lái)，才安定下來(lái)。劉裕令撫軍劉毅率兵討伐盧循，被盧循在桑落洲打敗，棄馬步行而還。劉裕的親信孟昶、諸葛長(zhǎng)民等人勸劉裕擁司馬德宗過(guò)長(zhǎng)江，劉裕不聽(tīng)。

　　神瑞二年(415)，司馬德宗派廣武將軍玄文、石齊前來(lái)朝貢。泰常初年(416)，劉裕發(fā)兵征討姚泓。二年，太宗派長(zhǎng)孫道生、娥清在石河打敗劉裕的部將朱超石，生擒騎將楊豐，斬首一千七百余級(jí)。

　　泰常三年(418)，司馬德宗去世，其弟司馬德文繼位。泰常四年(419)，將其年號(hào)改稱(chēng)元熙五年，司馬德文禪位給劉裕，劉裕封司馬德文為零陵王。司馬德文的皇后河南褚氏，她的哥哥褚季之、弟弟褚淡之雖說(shuō)是司馬德文的姻親，但他們都只為劉裕盡心盡力。司馬德文只要生了男孩，他們就令人找機(jī)會(huì)殺掉?；蛘哒T使宮內(nèi)的人，暗地里加以毒害，前后害死的孩子不止一個(gè)。及至司馬德文被劉裕廢除皇帝之位，囚禁在秣陵宮內(nèi)，他經(jīng)常害怕遭到他們殺害，雖然和褚氏共居在一間房屋內(nèi)，但他因害怕他們?cè)谑澄锢锓帕硕舅帲妥约涸谇懊嬷笫?。泰常六?421)，劉裕打算殺掉司馬德文，又不想派人去到宮內(nèi)，就叫褚談之兄弟去探視褚氏，等她出來(lái)去到別宮，派去的兵士就越墻而入，進(jìn)上毒藥給司馬德文。德文不肯飲服毒藥，說(shuō)：“佛教教規(guī)有言，自殺的人來(lái)生不再轉(zhuǎn)為人身?！庇谑蔷陀帽蛔影阉麗炈馈?br />
　　自從司馬睿在江南即位以來(lái)，直到司馬德文被殺死，國(guó)君勢(shì)弱而權(quán)臣勢(shì)強(qiáng)，不能牽制約束，一切賞罰號(hào)令，都出于權(quán)貴寵臣，國(guó)家的危亡，君主的廢奪，各種動(dòng)亂事故相繼發(fā)生，這就是人們所說(shuō)的夷狄之有君主，不如諸侯之亡國(guó)的道理。