孔皀字德璋，會(huì)稽山陰人。祖父孔道隆，位居侍中。父親孔靈產(chǎn)，泰始年間(465～471)，任晉安太守，有隱遁之志。在禹井山建立了一座館舍，侍奉道規(guī)非常精心。吉日在安靜的屋子里朝四個(gè)方向朝拜，淚流不止。一次東出路過(guò)錢(qián)塘城北面，便在舟中遙拜杜子恭墓。從這里直到都城，他面朝東坐著，不敢背對(duì)或側(cè)對(duì)。元徽年間(473～477)，為中散大夫，很懂得星文，喜歡術(shù)數(shù)。齊高帝輔政，沈攸之起兵，孔靈產(chǎn)告訴高帝說(shuō)：“沈攸之的兵眾雖然很強(qiáng)，但是以天時(shí)運(yùn)數(shù)來(lái)看，沒(méi)有什么作為?！备叩垓?yàn)證了他的話(huà)，提拔他做光祿大夫，用竹箱盛著孔靈產(chǎn)抬上靈臺(tái)，讓他占候吉兇。贈(zèng)給孔靈產(chǎn)白羽扇、白幾案，說(shuō)：“您有古人之風(fēng)，所以贈(zèng)給您古人的衣服。”當(dāng)時(shí)的人都認(rèn)為十分榮耀。

　　孔皀少年時(shí)在學(xué)問(wèn)的涉獵上有很好的聲譽(yù)，太守王僧虔見(jiàn)到后非常重視，任用他為主簿。后來(lái)舉為秀才，又升遷為殿中郎。高帝做了驃騎，取他為記室參軍，與江淹一齊掌管辭筆。擔(dān)任尚書(shū)左丞，遇到了父親的喪事離職。和他的哥哥孔仲智回到了他們父親的山舍居住。孔仲智的妾李氏驕妒無(wú)禮，孔皀告訴了太守王敬則把她殺掉。

　　永明年間(483～493)，歷任黃門(mén)郎，太子中庶子，廷尉。江東繼續(xù)使用晉朝時(shí)候的張、杜律二十卷，武帝留心法令，多次審訊囚徒，詔令獄官詳細(xì)地訂正舊注。在此以前尚書(shū)刪定了郎官王植撰寫(xiě)訂正的法律，上奏后，刪削其中的煩瑣有害的條文，采錄其中允當(dāng)合理的部分，吸取張裴的注七百三十一條，杜預(yù)的注七百九十一條，或者二家兩種解釋意義才完備的，又取了一百零七條，他們的注解相同者取了一百零三條，集結(jié)為一本書(shū)，共一千七百三十二條，為二十卷?？装n請(qǐng)求交付外界詳細(xì)校訂，挑出其中不合理的地方。詔令采納了他的意見(jiàn)。于是公卿八座參議，考正舊注，有可輕可重的地方，竟陵王蕭子良的意見(jiàn)大多使它從輕。其中朝官們議論不能斷定的，則按皇上的意見(jiàn)裁決。到了永明九年，孔皀奏表呈上《律文》二十卷，《錄序》一卷，又設(shè)置了律學(xué)助教，依照《五經(jīng)》的例子，詔令答復(fù)依照他的意見(jiàn)執(zhí)行，事情終于沒(méi)有落實(shí)。轉(zhuǎn)為御史中丞。

　　建武初年，他做平西長(zhǎng)史、南郡太守?？装n因?yàn)槲撼B續(xù)南侵，百姓死傷，便上表陳述了通和的策略，明帝不聽(tīng)從。征調(diào)為侍中，沒(méi)有上任，留在本來(lái)的職位上。

　　孔皀風(fēng)韻清疏，喜好文章和吟詠，飲酒七八斗。和他的表兄張融情趣相合，又和瑯笽的王思遠(yuǎn)、廬江的何點(diǎn)、何點(diǎn)的弟弟何胤都很要好，不喜歡世俗事務(wù)。居住的宅院里營(yíng)建了許多山水，在小桌前獨(dú)自飲酒，別無(wú)雜事。門(mén)庭以?xún)?nèi)，雜草不剪。當(dāng)中有青蛙的叫聲，有人問(wèn)他說(shuō)：“想做陳蕃嗎？”孔皀笑著回答說(shuō)：“我拿這可以當(dāng)作兩部樂(lè)隊(duì)，何必效法陳蕃！”王晏曾經(jīng)奏著樂(lè)等候他，聽(tīng)到了群蛙亂叫，說(shuō)：“這叫聲很聒人耳朵?！笨装n說(shuō)：“我聽(tīng)樂(lè)隊(duì)，還不如這?！蓖蹶痰哪樕浅M愧。

　　永元元年(499)，他擔(dān)任都官尚書(shū)，調(diào)為太子詹事，加任散騎常侍。三年，孔皀得病，東昏侯將他排除，用床把他抬走，因此病情加重，于是死去。贈(zèng)他為金紫光祿大夫。