馬士英，貴陽(yáng)人。萬(wàn)歷四十四年(1616)，他與懷寧人阮大鋮一同考中會(huì)試。又過(guò)了三年，士英成為進(jìn)士，被授予南京戶部主事。天啟時(shí)期，他升為郎中，歷任嚴(yán)州、河南、大同三府知府。崇禎三年(1630)，升任山西陽(yáng)和道副使。五年，升為右僉都御史，巡撫宣府。他到任才一個(gè)月，便傳檄調(diào)取公家數(shù)千兩黃金，賄賂朝中顯貴，被鎮(zhèn)守太監(jiān)王坤所揭發(fā)，被判遣戍。不久他流寓南京，當(dāng)時(shí)阮大鋮名入逆案中，早被撤職，因避流賊也到了南京，兩人相交甚歡。
阮大鋮機(jī)敏狡猾，有才氣。天啟初年，他由行人升為給事中，因親喪回家。同鄉(xiāng)的左光斗任御史，有名聲，阮大鋮很倚重他。四年(1624)春，吏科給事中出缺，阮大鋮依次應(yīng)當(dāng)升任，左光斗引薦他。而趙南星、高攀龍、楊漣等人因?yàn)槔艨票O(jiān)察重要部門(mén)，阮大鋮輕浮不可用，想用魏大中。阮大鋮到后，被補(bǔ)任工科給事中。阮大鋮心中怨恨，暗中勾結(jié)宦官壓下推舉魏大中的奏疏。吏部不得已，便換上阮大鋮的名字，即得到批準(zhǔn)。阮大鋮從此依附于魏忠賢，與霍維華、楊維垣、倪文煥結(jié)為死友，制作《百官圖》，通過(guò)倪文煥送達(dá)魏忠賢手中。但他害怕東林黨攻擊自己，不到一個(gè)月就趕緊請(qǐng)求回家。而魏大中掌管吏科，阮大鋮非常憤恨，私下對(duì)所親善的人說(shuō)：“我還得以善歸，不知道左氏將怎么樣。”后來(lái)?xiàng)顫i、左光斗等人死于獄中，阮大鋮對(duì)客人得意地自我夸耀。不久他被召任太常寺少卿。他到京都后，侍奉魏忠賢極為恭謹(jǐn)，但暗中擔(dān)心他不足以依靠，每次去拜見(jiàn)，總是厚賄魏忠賢的守門(mén)人，交還他的名片。幾個(gè)月之后，他又請(qǐng)求回家。魏忠賢被誅后，阮大鋮裝上兩封奏疏馳送給楊維垣看，其中一篇專門(mén)彈劾崔呈秀和魏忠賢；另一篇將前后七年的事合起來(lái)算，他說(shuō)從天啟四年(1624)以后，亂政的是魏忠賢，而呈秀是助手，四年以前，亂政的是王安，而東林黨是羽翼。他告訴楊維垣，如果時(shí)局大變，就將彈劾崔、魏的奏疏上呈，如果局勢(shì)未定，則將合算疏上呈。正值楊維垣正一并指責(zé)東林、崔、魏為邪黨，與編修倪元璐相互詆毀，得到阮大鋮的奏疏后，非常高興，為他投上合算疏，以幫助他自己。崇禎元年(1628)，起用他為光祿寺卿。御史毛羽健彈劾他袒護(hù)邪黨，他被罷免而去。第二年定逆案，阮大鋮被判徒刑，準(zhǔn)自贖為民。終莊烈帝一世，他被廢斥十七年，郁郁不得志。
流寇逼近安徽，阮大鋮避居南京，頗招納游俠來(lái)談兵說(shuō)劍，希望以邊將之才被召用。無(wú)錫顧杲、吳縣楊廷樞、蕪湖沈士柱、余姚黃宗羲、鄞縣萬(wàn)泰等人，都是復(fù)社中的名士，他們正聚集在南京講學(xué)，非常厭惡阮大鋮，做《留都防亂揭》來(lái)驅(qū)逐他。阮大鋮害怕了，便閉門(mén)謝客，只與士英深相勾結(jié)。周延儒被召入閣，阮大鋮載上金錢(qián)去賄求維揚(yáng)，企圖洗清前罪。周延儒說(shuō)：“我此行，誤為東林黨所推。你的名字在逆案中，能行嗎？”阮大鋮沉吟良久，說(shuō)：“瑤草怎么樣？”瑤草，是馬士英的別字。周延儒答應(yīng)了。十五年(1642)六月，鳳陽(yáng)總督高斗光因失陷五城被逮捕治罪。禮部侍郎王錫兗推薦士英有才，周延儒從中做主，于是起用士英為兵部右侍郎兼右僉都御史，總督廬州、鳳陽(yáng)等處軍事。
永城人劉超，天啟年間以征伐安邦彥之功，累升到四川遵義總兵官，后因犯罪被罷免，多次營(yíng)求復(fù)官而不得。李自成包圍開(kāi)封時(shí)，劉超請(qǐng)招募土寇協(xié)助擊賊，于是起用他為保定總兵官，令他率兵援救開(kāi)封。劉超害怕而不敢行，宿留家中，以私怨殺掉御史魏景琦等三家，然后據(jù)城反叛。巡撫王漢討伐他，被殺?；噬嫌谑敲坑①赏O(jiān)盧九德、河南總兵官陳永福進(jìn)兵討伐。第二年四月，包圍其城，接連作戰(zhàn)，賊人屢次被打敗，官軍遂筑起長(zhǎng)圍圍困他們。劉超在貴州為官時(shí)，與士英相識(shí)，便提起舊好請(qǐng)求投降。士英假意答應(yīng)了，劉超出來(lái)相見(jiàn)時(shí)，不肯解掉佩刀。士英笑道“：你既歸附朝廷，還用那玩藝兒干什么？”他親手給劉超解下了刀。過(guò)后，又暗中去掉他的親信，劉超遂就擒。士英把他當(dāng)俘虜獻(xiàn)給朝廷，將他肢解。當(dāng)時(shí)流寇充斥，士英率兵捍御，多次立功。
十七年(1644)三月，京師失陷，皇上駕崩。南京諸大臣得知這一消息，倉(cāng)猝之間議立新君。而福王朱由嵩、潞王朱常芳都因避賊到了淮安，依親疏順序應(yīng)當(dāng)立福王。各大臣們擔(dān)心福王一立，可能會(huì)追怨“妖書(shū)”和“梃擊”、“移宮”等案，而如果立潞王，則沒(méi)有后患，而且還可以邀功。暗中做主的，是被廢籍禮部侍郎錢(qián)謙益，極力支持這一意見(jiàn)的是兵部侍郎呂大器，而右都御史張慎言、詹事姜曰廣都同意。前山東按察使僉事雷演祚、禮部員外郎周鑣往來(lái)游說(shuō)。當(dāng)時(shí)士英正在廬州、鳳陽(yáng)督師，獨(dú)認(rèn)為不可，秘密與操江誠(chéng)意伯劉孔昭，總兵高杰、劉澤清、黃得功、劉良佐等人勾結(jié)，一同致書(shū)給參贊?rùn)C(jī)務(wù)兵部尚書(shū)史可法，說(shuō)依倫常之序，論親論賢，莫如福王。史可法主意未定。后來(lái)廷臣集中商議，吏科給事中李沾探到馬士英的旨意，當(dāng)面駁斥呂大器。士英也從廬州、鳳陽(yáng)擁兵迎福王到江上，大臣們才不敢說(shuō)話。福王之得以登基，全仗了士英的支持。
當(dāng)福王監(jiān)國(guó)時(shí)，朝廷公推閣臣，劉孔昭振臂想爭(zhēng)得其位，史可法以勛臣沒(méi)有入閣的先例進(jìn)行反對(duì)。劉孔昭于是爭(zhēng)道“：我不行，士英為什么不行？”于是進(jìn)升士英為東閣大學(xué)士兼兵部尚書(shū)、都察院右副都御史，與史可法和戶部尚書(shū)高弘圖一同受命，士英仍到鳳陽(yáng)督師。士英非常惱怒，令高杰、劉澤清等人上疏催促史可法到淮安、揚(yáng)州督師，而士英留下輔政，仍掌兵部，權(quán)震內(nèi)外。不久，論定策之功，加封士英為太子太師，庇蔭錦衣衛(wèi)指揮僉事。九月，評(píng)江北歷年戰(zhàn)績(jī)，加封他為少傅兼太子太師、建極殿大學(xué)士，仍如前庇蔭兒子一職。十二月，進(jìn)封他為少師。第二年，進(jìn)封為太保。當(dāng)時(shí)，中原郡縣全部失陷，高杰死于睢州，各鎮(zhèn)權(quán)都沒(méi)有統(tǒng)屬。左良玉在長(zhǎng)江上游擁兵，驕橫跋扈有異志。而士英為人貪婪粗鄙沒(méi)有遠(yuǎn)略，又引用阮大鋮，每天專事報(bào)復(fù)，攬權(quán)逐利，直到滅亡。
當(dāng)初，史可法、高弘圖和姜曰廣、張慎言等人都是宿德在位掌權(quán)，并將逐漸引用海內(nèi)有名望之人，而士英卻一定要起用阮大鋮。有詔書(shū)說(shuō)要廣羅人才，但說(shuō)逆案中人不可輕易討論。士英令劉孔昭和侯爵湯國(guó)祚、伯爵趙之龍等人攻擊張慎言而逐走他，推薦阮大鋮懂得軍事。
當(dāng)初，阮大鋮在南京時(shí)，與守備太監(jiān)韓贊周關(guān)系親密。京師失陷后，顯貴的宦官都南奔，阮大鋮通過(guò)韓贊周都與他們結(jié)交上了，他對(duì)群閹談東林黨當(dāng)年之所以傾危貴妃、福王的原因，希望他們對(duì)福王提起，借以排擠史可法等人。群閹更極口稱贊阮大鋮有才華，士英也說(shuō)阮大鋮從山中投書(shū)與他，制定謀策，還為他辯白，說(shuō)他實(shí)沒(méi)有依附大..魏忠賢，為其策劃。于是福王命阮大鋮冠帶朝見(jiàn)。阮大鋮于是獻(xiàn)上守江之策，上陳三要、二合、十四隙奏疏，并自述自己孤忠被陷害，痛詆孫慎行、魏大中、左光斗，而且指責(zé)魏大中為大逆。于是大學(xué)士姜曰廣、侍郎呂大器、懷遠(yuǎn)侯常延齡等人都說(shuō)阮大鋮是逆案巨魁，不可召用。士英為阮大鋮上奏辯解，極力攻擊姜曰廣、呂大器，還拉上宗室朱統(tǒng)翷、建安珠統(tǒng)鏤之輩，接連上疏攻擊。士英還認(rèn)為大學(xué)士高弘圖為御史時(shí)曾詆毀東林黨，一定會(huì)支持他，便說(shuō)“弘圖一定知道臣的為人”。高弘圖卻說(shuō)先帝欽定逆案一書(shū)，不可擅改。士英與他爭(zhēng)辯，高弘圖遂請(qǐng)罷免。士英心意稍稍受挫，遲疑了一個(gè)多月，用安遠(yuǎn)侯柳祚昌的推薦，發(fā)中旨起用阮大鋮為兵部添注右侍郎。左都御史劉宗周說(shuō)“：殺魏大中的是魏閹，阮大鋮是其主使。即使他才能果然足以使用，臣擔(dān)心這種黨邪害正之才，終會(huì)貽害世道。阮大鋮此番進(jìn)退，實(shí)關(guān)系江左的興亡，乞請(qǐng)停罷這一成命?！庇惺ブ紘?yán)厲斥責(zé)他。不久，阮大鋮兼任右僉都御史，巡閱長(zhǎng)江防線。不久轉(zhuǎn)為左侍郎。第二年二月進(jìn)升為本部尚書(shū)兼右副都御史，仍巡閱長(zhǎng)江防線。
呂大器、姜曰廣、劉宗周、高弘圖、徐石麒都與士英有矛盾，先后被罷免回家。士英獨(dú)握大權(quán)，內(nèi)倚宦官田成之輩，外結(jié)勛臣劉孔昭、朱國(guó)弼、柳祚昌、鎮(zhèn)將劉澤清、劉良佐等人，而專聽(tīng)阮大鋮之計(jì)。他盡起逆案中的楊維垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晉、虞大復(fù)、徐復(fù)陽(yáng)、陳以瑞、吳孔嘉；已死的人都給贈(zèng)官和撫恤，而與張捷、唐世濟(jì)等人比同；像張孫振、袁弘勛、劉光斗都在先朝時(shí)得罪，這時(shí)又把他們安置在言路，作為爪牙。朝政混亂，賄賂公行。四方警報(bào)不斷傳來(lái)，士英身掌中樞大權(quán)，一無(wú)籌劃，每天專以鏟除正人引進(jìn)兇黨為務(wù)。
當(dāng)初，舉朝以逆案攻擊阮大鋮，阮大鋮非常憤恨。后來(lái)見(jiàn)到北都依從為逆的諸臣中有附會(huì)清流的人，他便倡言道：“他們攻擊逆案，我就造順案與他們相對(duì)?！边@是因?yàn)槔钭猿傻膫螄?guó)號(hào)叫順。士英隨即上疏彈劾從逆的光時(shí)亨等人。光時(shí)亨屬于東林黨，所以從重彈劾他。阮大鋮又誣陷并逮捕顧杲和左光斗的弟弟光先下獄，彈劾并殺了周鑣、雷演祚。當(dāng)時(shí)有個(gè)狂僧叫大悲，出語(yǔ)不類，被總督京營(yíng)戎政趙之龍逮捕，阮大鋮想誅殺東林黨以及與他素不相合的人，便造十八羅漢、五十三參之名目，寫(xiě)上史可法、高弘圖、姜曰廣等人的姓名，塞進(jìn)大悲的袖中，海內(nèi)有名望之士，無(wú)不羅列其中。錢(qián)謙益先已上疏歌頌士英，而且還為阮大鋮訴冤修好了，但阮大鋮恨猶未消，也把他列入，將要究治他的事。獄詞詭秘，朝士人人自危。而士英不想造大案，于是判大悲犯妖言之罪斬首而止。
張縉彥以本部之兵首先從賊，賊寇失敗后，張縉彥竄回河南，自稱要收集義勇收復(fù)各城，即被授予原官，總督河北、山西、河南軍務(wù)，準(zhǔn)許相機(jī)行事。其他投降賊人的大官，一送入賄賂，即得恢復(fù)原官。那些白丁、隸役只要輸入重賄，立即可升為大帥。京都百姓為此說(shuō)道“：職方賤如狗，都督滿街走?！毙藤p倒亂竟達(dá)如此地步。大清兵抵達(dá)宿遷、邳州，不久引兵北還。史可法上報(bào)朝廷，士英大笑不止，坐中客楊士聰問(wèn)原因。士英說(shuō)：“君以為真的有此事嗎？此乃是史公妙用。已到了歲末，防河的將吏應(yīng)該敘功了，耗費(fèi)的軍資也應(yīng)核算了，此舉是特為敘功、核算打下伏筆而已?！笔讨v衛(wèi)胤文兼給事中，監(jiān)督高杰部隊(duì)。高杰死，衛(wèi)胤文窺伺士英旨意，彈劾史可法督師無(wú)用。士英即提拔衛(wèi)胤文為兵部右侍郎，總督高杰營(yíng)的將士以分史可法之權(quán)，史可法更無(wú)法施為。
原先，左良玉接到監(jiān)國(guó)所發(fā)的詔書(shū)，不肯拜，袁繼咸勉強(qiáng)他，這才依禮開(kāi)讀詔書(shū)。而他囑咐承天守備何志孔、巡按御史黃澍入朝拜賀，暗中窺伺朝廷動(dòng)靜。黃澍挾左良玉之勢(shì)，拜見(jiàn)福王時(shí)，當(dāng)面歷數(shù)士英奸貪不法之事，并且說(shuō)他曾接受張獻(xiàn)忠偽兵部尚書(shū)周文江的重賄，為周文江請(qǐng)授為參將，其罪當(dāng)斬。何志孔也彈劾士英騙上營(yíng)私等罪。司禮監(jiān)太監(jiān)韓贊周將何志孔叱退，士英跪下請(qǐng)求處分。黃澍舉笏直擊士英之背，說(shuō)：“愿與奸臣同死。”士英大聲號(hào)呼，福王搖頭，良久不語(yǔ)。韓贊周即抓住何志孔待命。福王因?yàn)轫n贊周的話，心意頗動(dòng)，當(dāng)晚諭告韓贊周，想令士英避位。士英假裝稱病辭職，而賄賂福王邸的舊閹田成等人，讓他們向王爺哭訴道“：皇上沒(méi)有馬公便不能即位，現(xiàn)在逐出馬公，天下將會(huì)說(shuō)皇上背恩。而且馬公一去，還有誰(shuí)為皇上著想？”福王默然，即安慰挽留士英。士英也害怕左良玉，請(qǐng)釋放何志孔，而命黃澍速回湖廣。原執(zhí)掌錦衣衛(wèi)的都督劉僑，曾被遣戍，通過(guò)周文江賄賂張獻(xiàn)忠，接受偽命，被任為錦衣衛(wèi)指揮使。到左良玉收復(fù)蘄州、黃州后，劉僑削發(fā)逃走，黃澍追捕他很急。而士英接受劉僑的賄賂，令他攻擊黃澍，遂給他恢復(fù)原官，削去黃澍的官職。不久以楚府中尉的意見(jiàn)，逮捕黃澍。左良玉令部將群起喧鬧，想下南京索要軍餉，借此保救黃澍。袁繼咸為他上疏代黃澍申理，士英不得已，便免于逮捕，黃澍遂躲在左良玉軍中。左良玉與士英由此產(chǎn)生了矛盾。到偽太子一案發(fā)生，左良玉遂以此為起兵的借口。
太子來(lái)時(shí)，認(rèn)識(shí)的人指出他是假的，而都城百姓卻嘩然說(shuō)是真的。當(dāng)時(shí)還有一個(gè)姓童的，自稱是王妃，也被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄。督撫、鎮(zhèn)將紛紛上書(shū)爭(zhēng)論太子和童妃之事。福王急忙出示獄詞，向中外人士宣示，人們更加議論紛紛，說(shuō)是士英等人朋比為奸，想引導(dǎo)王爺滅絕倫理。黃澍在左良玉軍中，日夜說(shuō)太子冤枉，請(qǐng)左良玉出兵清除君王身邊的惡人。左良玉也上疏請(qǐng)保全太子，斥責(zé)士英等人為奸臣。他又因士英裁減他的軍餉，大恨，傳檄遠(yuǎn)近各地，聲討士英之罪。他又上疏說(shuō)“：自從先帝之變后，士英利用專權(quán)，事事為難。逆案是先帝親手判定，士英卻為其翻案。《要典》是先帝親手焚毀，士英卻進(jìn)行重修。越其杰因貪婪被遣戍邊，士英卻濫授予他節(jié)鉞。張孫振因貪污被判絞刑，士英卻實(shí)然授他京卿。其他如袁弘勛、楊文驄、劉泌、王燧、黃鼎等人，有的行同豬狗，有的罪等叛逆，都被用來(lái)當(dāng)?shù)馈Ｗ约鹤鍪纵o，又用心腹阮大鋮為添注尚書(shū)。
“他還招募死士埋伏在皇城，詭名為禁軍，動(dòng)輒便說(shuō)廢立由我決定。陛下即位之初，恭敬儉樸，明察仁斷，士英千方百計(jì)進(jìn)行迷惑，進(jìn)獻(xiàn)優(yōu)童艷女，傷損圣德。還引用阮大鋮，以睚眥之怨殺人，像雷演祚、周鑣等人，被嚴(yán)刑拷打，株連蔓引。尤其過(guò)分的，是他代理三案為題，凡是他生平所不快意的人，一網(wǎng)打盡。天下士民，因此而重足而立，喪魂落魄。如今皇太子到，授受分明。阮大鋮一手握定，抹殺認(rèn)識(shí)太子的方拱乾，而相信朋比為謀的劉正宗，忍心將十七歲的嗣君，關(guān)進(jìn)監(jiān)獄，凡有血?dú)庵?，都想寸磔士英、大鋮等人，以謝先帝。乞請(qǐng)將他們處死，陳尸于市場(chǎng)，傳首各地，以抒民憤。”奏疏上呈后，他便引兵東下。
士英害怕了，便派阮大鋮、朱大典、黃得功、劉孔昭等人抵御左良玉，而撤回江北劉良佐的軍隊(duì)，隨他西上。當(dāng)時(shí)大清兵南下推進(jìn)，大理寺少卿姚思孝，御史喬可聘、成友謙請(qǐng)不要撤江北兵，從速守衛(wèi)淮安、揚(yáng)州。士英厲聲叱道：“你們這幫東林黨，還借口防江，你們想放左逆入京犯上嗎？北兵到了，還可以和談。左逆一到，則你們這幫人得高官，而我君臣卻要死了?！彼ε乓λ夹⒌热说囊庖?jiàn)，淮、揚(yáng)的防御更弱了。正值左良玉死，他的兒子左夢(mèng)庚接連攻陷郡縣，率兵到達(dá)采石。黃得功等人與他相持不下，阮大鋮、劉孔昭卻虛張捷報(bào)，以邀封賞，而大清兵已經(jīng)攻破揚(yáng)州，逼近京城。五月三日，福王出走太平，奔向黃得功軍。劉孔昭斬關(guān)逃走。第二天，士英帶上王母妃，以四百名黔兵護(hù)衛(wèi)，逃向浙江。經(jīng)過(guò)廣德州時(shí)，知州趙景和懷疑有詐，閉門(mén)拒守。士英攻破州城，抓住趙景和并殺了他，大肆搶掠而去。跑到杭州后，守臣以總兵府做母妃的行宮。沒(méi)過(guò)幾天，阮大鋮、朱大典、方國(guó)安也都倉(cāng)皇到來(lái)，得知黃得功已兵敗而死，福王被擒。第二天，請(qǐng)潞王監(jiān)國(guó)，潞王不接受。不久，大兵到來(lái)，潞王率眾投降，不久同母妃北去。潞王就是呂大器等人所議要建立為帝的人。
杭州投降后，士英想拜謁監(jiān)國(guó)的魯王，魯王諸臣極力反對(duì)他。阮大鋮到金華投靠朱大典，也被士民所逐，朱大典于是把他送入嚴(yán)州總兵方國(guó)安軍中。士英與方國(guó)安是同鄉(xiāng)，先已在他軍中。阮大鋮到后掀髯指掌，每天談兵，方國(guó)安很高興。而士英認(rèn)為南渡之壞，一半由于阮大鋮，自己卻背上惡名，所以頗為恨他。后來(lái)，我軍擊敗士英、方國(guó)安。不久，士英、方國(guó)安率眾渡過(guò)錢(qián)塘江，窺視杭州，大兵將其擊敗，溺江而死者無(wú)數(shù)。士英擁殘兵想進(jìn)入福建，唐王因他罪大不準(zhǔn)許。第二年，大兵清剿湖賊，士英與長(zhǎng)興伯吳日生都被擒獲，詔令將他們斬首。事見(jiàn)國(guó)史。阮大鋮偕同謝三賓、宋之晉、蘇壯等人赴江岸乞請(qǐng)投降，隨從大兵攻打仙霞關(guān)，阮大鋮僵仆石上而死。而野史記載士英逃到臺(tái)州山寺為僧，被我兵搜獲；阮大鋮、方國(guó)安先后投降。不久唐王逃到順昌。我大兵追到，搜查龍扛，獲得士英、阮大鋮、方國(guó)安父子請(qǐng)王爺出關(guān)做內(nèi)應(yīng)的奏疏，遂將他斬殺于延平城下。當(dāng)時(shí)阮大鋮正在游山，自觸石頭而死，于是將他戮尸。
阮大鋮機(jī)敏狡猾，有才氣。天啟初年，他由行人升為給事中，因親喪回家。同鄉(xiāng)的左光斗任御史，有名聲，阮大鋮很倚重他。四年(1624)春，吏科給事中出缺，阮大鋮依次應(yīng)當(dāng)升任，左光斗引薦他。而趙南星、高攀龍、楊漣等人因?yàn)槔艨票O(jiān)察重要部門(mén)，阮大鋮輕浮不可用，想用魏大中。阮大鋮到后，被補(bǔ)任工科給事中。阮大鋮心中怨恨，暗中勾結(jié)宦官壓下推舉魏大中的奏疏。吏部不得已，便換上阮大鋮的名字，即得到批準(zhǔn)。阮大鋮從此依附于魏忠賢，與霍維華、楊維垣、倪文煥結(jié)為死友，制作《百官圖》，通過(guò)倪文煥送達(dá)魏忠賢手中。但他害怕東林黨攻擊自己，不到一個(gè)月就趕緊請(qǐng)求回家。而魏大中掌管吏科，阮大鋮非常憤恨，私下對(duì)所親善的人說(shuō)：“我還得以善歸，不知道左氏將怎么樣。”后來(lái)?xiàng)顫i、左光斗等人死于獄中，阮大鋮對(duì)客人得意地自我夸耀。不久他被召任太常寺少卿。他到京都后，侍奉魏忠賢極為恭謹(jǐn)，但暗中擔(dān)心他不足以依靠，每次去拜見(jiàn)，總是厚賄魏忠賢的守門(mén)人，交還他的名片。幾個(gè)月之后，他又請(qǐng)求回家。魏忠賢被誅后，阮大鋮裝上兩封奏疏馳送給楊維垣看，其中一篇專門(mén)彈劾崔呈秀和魏忠賢；另一篇將前后七年的事合起來(lái)算，他說(shuō)從天啟四年(1624)以后，亂政的是魏忠賢，而呈秀是助手，四年以前，亂政的是王安，而東林黨是羽翼。他告訴楊維垣，如果時(shí)局大變，就將彈劾崔、魏的奏疏上呈，如果局勢(shì)未定，則將合算疏上呈。正值楊維垣正一并指責(zé)東林、崔、魏為邪黨，與編修倪元璐相互詆毀，得到阮大鋮的奏疏后，非常高興，為他投上合算疏，以幫助他自己。崇禎元年(1628)，起用他為光祿寺卿。御史毛羽健彈劾他袒護(hù)邪黨，他被罷免而去。第二年定逆案，阮大鋮被判徒刑，準(zhǔn)自贖為民。終莊烈帝一世，他被廢斥十七年，郁郁不得志。
流寇逼近安徽，阮大鋮避居南京，頗招納游俠來(lái)談兵說(shuō)劍，希望以邊將之才被召用。無(wú)錫顧杲、吳縣楊廷樞、蕪湖沈士柱、余姚黃宗羲、鄞縣萬(wàn)泰等人，都是復(fù)社中的名士，他們正聚集在南京講學(xué)，非常厭惡阮大鋮，做《留都防亂揭》來(lái)驅(qū)逐他。阮大鋮害怕了，便閉門(mén)謝客，只與士英深相勾結(jié)。周延儒被召入閣，阮大鋮載上金錢(qián)去賄求維揚(yáng)，企圖洗清前罪。周延儒說(shuō)：“我此行，誤為東林黨所推。你的名字在逆案中，能行嗎？”阮大鋮沉吟良久，說(shuō)：“瑤草怎么樣？”瑤草，是馬士英的別字。周延儒答應(yīng)了。十五年(1642)六月，鳳陽(yáng)總督高斗光因失陷五城被逮捕治罪。禮部侍郎王錫兗推薦士英有才，周延儒從中做主，于是起用士英為兵部右侍郎兼右僉都御史，總督廬州、鳳陽(yáng)等處軍事。
永城人劉超，天啟年間以征伐安邦彥之功，累升到四川遵義總兵官，后因犯罪被罷免，多次營(yíng)求復(fù)官而不得。李自成包圍開(kāi)封時(shí)，劉超請(qǐng)招募土寇協(xié)助擊賊，于是起用他為保定總兵官，令他率兵援救開(kāi)封。劉超害怕而不敢行，宿留家中，以私怨殺掉御史魏景琦等三家，然后據(jù)城反叛。巡撫王漢討伐他，被殺?；噬嫌谑敲坑①赏O(jiān)盧九德、河南總兵官陳永福進(jìn)兵討伐。第二年四月，包圍其城，接連作戰(zhàn)，賊人屢次被打敗，官軍遂筑起長(zhǎng)圍圍困他們。劉超在貴州為官時(shí)，與士英相識(shí)，便提起舊好請(qǐng)求投降。士英假意答應(yīng)了，劉超出來(lái)相見(jiàn)時(shí)，不肯解掉佩刀。士英笑道“：你既歸附朝廷，還用那玩藝兒干什么？”他親手給劉超解下了刀。過(guò)后，又暗中去掉他的親信，劉超遂就擒。士英把他當(dāng)俘虜獻(xiàn)給朝廷，將他肢解。當(dāng)時(shí)流寇充斥，士英率兵捍御，多次立功。
十七年(1644)三月，京師失陷，皇上駕崩。南京諸大臣得知這一消息，倉(cāng)猝之間議立新君。而福王朱由嵩、潞王朱常芳都因避賊到了淮安，依親疏順序應(yīng)當(dāng)立福王。各大臣們擔(dān)心福王一立，可能會(huì)追怨“妖書(shū)”和“梃擊”、“移宮”等案，而如果立潞王，則沒(méi)有后患，而且還可以邀功。暗中做主的，是被廢籍禮部侍郎錢(qián)謙益，極力支持這一意見(jiàn)的是兵部侍郎呂大器，而右都御史張慎言、詹事姜曰廣都同意。前山東按察使僉事雷演祚、禮部員外郎周鑣往來(lái)游說(shuō)。當(dāng)時(shí)士英正在廬州、鳳陽(yáng)督師，獨(dú)認(rèn)為不可，秘密與操江誠(chéng)意伯劉孔昭，總兵高杰、劉澤清、黃得功、劉良佐等人勾結(jié)，一同致書(shū)給參贊?rùn)C(jī)務(wù)兵部尚書(shū)史可法，說(shuō)依倫常之序，論親論賢，莫如福王。史可法主意未定。后來(lái)廷臣集中商議，吏科給事中李沾探到馬士英的旨意，當(dāng)面駁斥呂大器。士英也從廬州、鳳陽(yáng)擁兵迎福王到江上，大臣們才不敢說(shuō)話。福王之得以登基，全仗了士英的支持。
當(dāng)福王監(jiān)國(guó)時(shí)，朝廷公推閣臣，劉孔昭振臂想爭(zhēng)得其位，史可法以勛臣沒(méi)有入閣的先例進(jìn)行反對(duì)。劉孔昭于是爭(zhēng)道“：我不行，士英為什么不行？”于是進(jìn)升士英為東閣大學(xué)士兼兵部尚書(shū)、都察院右副都御史，與史可法和戶部尚書(shū)高弘圖一同受命，士英仍到鳳陽(yáng)督師。士英非常惱怒，令高杰、劉澤清等人上疏催促史可法到淮安、揚(yáng)州督師，而士英留下輔政，仍掌兵部，權(quán)震內(nèi)外。不久，論定策之功，加封士英為太子太師，庇蔭錦衣衛(wèi)指揮僉事。九月，評(píng)江北歷年戰(zhàn)績(jī)，加封他為少傅兼太子太師、建極殿大學(xué)士，仍如前庇蔭兒子一職。十二月，進(jìn)封他為少師。第二年，進(jìn)封為太保。當(dāng)時(shí)，中原郡縣全部失陷，高杰死于睢州，各鎮(zhèn)權(quán)都沒(méi)有統(tǒng)屬。左良玉在長(zhǎng)江上游擁兵，驕橫跋扈有異志。而士英為人貪婪粗鄙沒(méi)有遠(yuǎn)略，又引用阮大鋮，每天專事報(bào)復(fù)，攬權(quán)逐利，直到滅亡。
當(dāng)初，史可法、高弘圖和姜曰廣、張慎言等人都是宿德在位掌權(quán)，并將逐漸引用海內(nèi)有名望之人，而士英卻一定要起用阮大鋮。有詔書(shū)說(shuō)要廣羅人才，但說(shuō)逆案中人不可輕易討論。士英令劉孔昭和侯爵湯國(guó)祚、伯爵趙之龍等人攻擊張慎言而逐走他，推薦阮大鋮懂得軍事。
當(dāng)初，阮大鋮在南京時(shí)，與守備太監(jiān)韓贊周關(guān)系親密。京師失陷后，顯貴的宦官都南奔，阮大鋮通過(guò)韓贊周都與他們結(jié)交上了，他對(duì)群閹談東林黨當(dāng)年之所以傾危貴妃、福王的原因，希望他們對(duì)福王提起，借以排擠史可法等人。群閹更極口稱贊阮大鋮有才華，士英也說(shuō)阮大鋮從山中投書(shū)與他，制定謀策，還為他辯白，說(shuō)他實(shí)沒(méi)有依附大..魏忠賢，為其策劃。于是福王命阮大鋮冠帶朝見(jiàn)。阮大鋮于是獻(xiàn)上守江之策，上陳三要、二合、十四隙奏疏，并自述自己孤忠被陷害，痛詆孫慎行、魏大中、左光斗，而且指責(zé)魏大中為大逆。于是大學(xué)士姜曰廣、侍郎呂大器、懷遠(yuǎn)侯常延齡等人都說(shuō)阮大鋮是逆案巨魁，不可召用。士英為阮大鋮上奏辯解，極力攻擊姜曰廣、呂大器，還拉上宗室朱統(tǒng)翷、建安珠統(tǒng)鏤之輩，接連上疏攻擊。士英還認(rèn)為大學(xué)士高弘圖為御史時(shí)曾詆毀東林黨，一定會(huì)支持他，便說(shuō)“弘圖一定知道臣的為人”。高弘圖卻說(shuō)先帝欽定逆案一書(shū)，不可擅改。士英與他爭(zhēng)辯，高弘圖遂請(qǐng)罷免。士英心意稍稍受挫，遲疑了一個(gè)多月，用安遠(yuǎn)侯柳祚昌的推薦，發(fā)中旨起用阮大鋮為兵部添注右侍郎。左都御史劉宗周說(shuō)“：殺魏大中的是魏閹，阮大鋮是其主使。即使他才能果然足以使用，臣擔(dān)心這種黨邪害正之才，終會(huì)貽害世道。阮大鋮此番進(jìn)退，實(shí)關(guān)系江左的興亡，乞請(qǐng)停罷這一成命?！庇惺ブ紘?yán)厲斥責(zé)他。不久，阮大鋮兼任右僉都御史，巡閱長(zhǎng)江防線。不久轉(zhuǎn)為左侍郎。第二年二月進(jìn)升為本部尚書(shū)兼右副都御史，仍巡閱長(zhǎng)江防線。
呂大器、姜曰廣、劉宗周、高弘圖、徐石麒都與士英有矛盾，先后被罷免回家。士英獨(dú)握大權(quán)，內(nèi)倚宦官田成之輩，外結(jié)勛臣劉孔昭、朱國(guó)弼、柳祚昌、鎮(zhèn)將劉澤清、劉良佐等人，而專聽(tīng)阮大鋮之計(jì)。他盡起逆案中的楊維垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晉、虞大復(fù)、徐復(fù)陽(yáng)、陳以瑞、吳孔嘉；已死的人都給贈(zèng)官和撫恤，而與張捷、唐世濟(jì)等人比同；像張孫振、袁弘勛、劉光斗都在先朝時(shí)得罪，這時(shí)又把他們安置在言路，作為爪牙。朝政混亂，賄賂公行。四方警報(bào)不斷傳來(lái)，士英身掌中樞大權(quán)，一無(wú)籌劃，每天專以鏟除正人引進(jìn)兇黨為務(wù)。
當(dāng)初，舉朝以逆案攻擊阮大鋮，阮大鋮非常憤恨。后來(lái)見(jiàn)到北都依從為逆的諸臣中有附會(huì)清流的人，他便倡言道：“他們攻擊逆案，我就造順案與他們相對(duì)?！边@是因?yàn)槔钭猿傻膫螄?guó)號(hào)叫順。士英隨即上疏彈劾從逆的光時(shí)亨等人。光時(shí)亨屬于東林黨，所以從重彈劾他。阮大鋮又誣陷并逮捕顧杲和左光斗的弟弟光先下獄，彈劾并殺了周鑣、雷演祚。當(dāng)時(shí)有個(gè)狂僧叫大悲，出語(yǔ)不類，被總督京營(yíng)戎政趙之龍逮捕，阮大鋮想誅殺東林黨以及與他素不相合的人，便造十八羅漢、五十三參之名目，寫(xiě)上史可法、高弘圖、姜曰廣等人的姓名，塞進(jìn)大悲的袖中，海內(nèi)有名望之士，無(wú)不羅列其中。錢(qián)謙益先已上疏歌頌士英，而且還為阮大鋮訴冤修好了，但阮大鋮恨猶未消，也把他列入，將要究治他的事。獄詞詭秘，朝士人人自危。而士英不想造大案，于是判大悲犯妖言之罪斬首而止。
張縉彥以本部之兵首先從賊，賊寇失敗后，張縉彥竄回河南，自稱要收集義勇收復(fù)各城，即被授予原官，總督河北、山西、河南軍務(wù)，準(zhǔn)許相機(jī)行事。其他投降賊人的大官，一送入賄賂，即得恢復(fù)原官。那些白丁、隸役只要輸入重賄，立即可升為大帥。京都百姓為此說(shuō)道“：職方賤如狗，都督滿街走?！毙藤p倒亂竟達(dá)如此地步。大清兵抵達(dá)宿遷、邳州，不久引兵北還。史可法上報(bào)朝廷，士英大笑不止，坐中客楊士聰問(wèn)原因。士英說(shuō)：“君以為真的有此事嗎？此乃是史公妙用。已到了歲末，防河的將吏應(yīng)該敘功了，耗費(fèi)的軍資也應(yīng)核算了，此舉是特為敘功、核算打下伏筆而已?！笔讨v衛(wèi)胤文兼給事中，監(jiān)督高杰部隊(duì)。高杰死，衛(wèi)胤文窺伺士英旨意，彈劾史可法督師無(wú)用。士英即提拔衛(wèi)胤文為兵部右侍郎，總督高杰營(yíng)的將士以分史可法之權(quán)，史可法更無(wú)法施為。
原先，左良玉接到監(jiān)國(guó)所發(fā)的詔書(shū)，不肯拜，袁繼咸勉強(qiáng)他，這才依禮開(kāi)讀詔書(shū)。而他囑咐承天守備何志孔、巡按御史黃澍入朝拜賀，暗中窺伺朝廷動(dòng)靜。黃澍挾左良玉之勢(shì)，拜見(jiàn)福王時(shí)，當(dāng)面歷數(shù)士英奸貪不法之事，并且說(shuō)他曾接受張獻(xiàn)忠偽兵部尚書(shū)周文江的重賄，為周文江請(qǐng)授為參將，其罪當(dāng)斬。何志孔也彈劾士英騙上營(yíng)私等罪。司禮監(jiān)太監(jiān)韓贊周將何志孔叱退，士英跪下請(qǐng)求處分。黃澍舉笏直擊士英之背，說(shuō)：“愿與奸臣同死。”士英大聲號(hào)呼，福王搖頭，良久不語(yǔ)。韓贊周即抓住何志孔待命。福王因?yàn)轫n贊周的話，心意頗動(dòng)，當(dāng)晚諭告韓贊周，想令士英避位。士英假裝稱病辭職，而賄賂福王邸的舊閹田成等人，讓他們向王爺哭訴道“：皇上沒(méi)有馬公便不能即位，現(xiàn)在逐出馬公，天下將會(huì)說(shuō)皇上背恩。而且馬公一去，還有誰(shuí)為皇上著想？”福王默然，即安慰挽留士英。士英也害怕左良玉，請(qǐng)釋放何志孔，而命黃澍速回湖廣。原執(zhí)掌錦衣衛(wèi)的都督劉僑，曾被遣戍，通過(guò)周文江賄賂張獻(xiàn)忠，接受偽命，被任為錦衣衛(wèi)指揮使。到左良玉收復(fù)蘄州、黃州后，劉僑削發(fā)逃走，黃澍追捕他很急。而士英接受劉僑的賄賂，令他攻擊黃澍，遂給他恢復(fù)原官，削去黃澍的官職。不久以楚府中尉的意見(jiàn)，逮捕黃澍。左良玉令部將群起喧鬧，想下南京索要軍餉，借此保救黃澍。袁繼咸為他上疏代黃澍申理，士英不得已，便免于逮捕，黃澍遂躲在左良玉軍中。左良玉與士英由此產(chǎn)生了矛盾。到偽太子一案發(fā)生，左良玉遂以此為起兵的借口。
太子來(lái)時(shí)，認(rèn)識(shí)的人指出他是假的，而都城百姓卻嘩然說(shuō)是真的。當(dāng)時(shí)還有一個(gè)姓童的，自稱是王妃，也被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄。督撫、鎮(zhèn)將紛紛上書(shū)爭(zhēng)論太子和童妃之事。福王急忙出示獄詞，向中外人士宣示，人們更加議論紛紛，說(shuō)是士英等人朋比為奸，想引導(dǎo)王爺滅絕倫理。黃澍在左良玉軍中，日夜說(shuō)太子冤枉，請(qǐng)左良玉出兵清除君王身邊的惡人。左良玉也上疏請(qǐng)保全太子，斥責(zé)士英等人為奸臣。他又因士英裁減他的軍餉，大恨，傳檄遠(yuǎn)近各地，聲討士英之罪。他又上疏說(shuō)“：自從先帝之變后，士英利用專權(quán)，事事為難。逆案是先帝親手判定，士英卻為其翻案。《要典》是先帝親手焚毀，士英卻進(jìn)行重修。越其杰因貪婪被遣戍邊，士英卻濫授予他節(jié)鉞。張孫振因貪污被判絞刑，士英卻實(shí)然授他京卿。其他如袁弘勛、楊文驄、劉泌、王燧、黃鼎等人，有的行同豬狗，有的罪等叛逆，都被用來(lái)當(dāng)?shù)馈Ｗ约鹤鍪纵o，又用心腹阮大鋮為添注尚書(shū)。
“他還招募死士埋伏在皇城，詭名為禁軍，動(dòng)輒便說(shuō)廢立由我決定。陛下即位之初，恭敬儉樸，明察仁斷，士英千方百計(jì)進(jìn)行迷惑，進(jìn)獻(xiàn)優(yōu)童艷女，傷損圣德。還引用阮大鋮，以睚眥之怨殺人，像雷演祚、周鑣等人，被嚴(yán)刑拷打，株連蔓引。尤其過(guò)分的，是他代理三案為題，凡是他生平所不快意的人，一網(wǎng)打盡。天下士民，因此而重足而立，喪魂落魄。如今皇太子到，授受分明。阮大鋮一手握定，抹殺認(rèn)識(shí)太子的方拱乾，而相信朋比為謀的劉正宗，忍心將十七歲的嗣君，關(guān)進(jìn)監(jiān)獄，凡有血?dú)庵?，都想寸磔士英、大鋮等人，以謝先帝。乞請(qǐng)將他們處死，陳尸于市場(chǎng)，傳首各地，以抒民憤。”奏疏上呈后，他便引兵東下。
士英害怕了，便派阮大鋮、朱大典、黃得功、劉孔昭等人抵御左良玉，而撤回江北劉良佐的軍隊(duì)，隨他西上。當(dāng)時(shí)大清兵南下推進(jìn)，大理寺少卿姚思孝，御史喬可聘、成友謙請(qǐng)不要撤江北兵，從速守衛(wèi)淮安、揚(yáng)州。士英厲聲叱道：“你們這幫東林黨，還借口防江，你們想放左逆入京犯上嗎？北兵到了，還可以和談。左逆一到，則你們這幫人得高官，而我君臣卻要死了?！彼ε乓λ夹⒌热说囊庖?jiàn)，淮、揚(yáng)的防御更弱了。正值左良玉死，他的兒子左夢(mèng)庚接連攻陷郡縣，率兵到達(dá)采石。黃得功等人與他相持不下，阮大鋮、劉孔昭卻虛張捷報(bào)，以邀封賞，而大清兵已經(jīng)攻破揚(yáng)州，逼近京城。五月三日，福王出走太平，奔向黃得功軍。劉孔昭斬關(guān)逃走。第二天，士英帶上王母妃，以四百名黔兵護(hù)衛(wèi)，逃向浙江。經(jīng)過(guò)廣德州時(shí)，知州趙景和懷疑有詐，閉門(mén)拒守。士英攻破州城，抓住趙景和并殺了他，大肆搶掠而去。跑到杭州后，守臣以總兵府做母妃的行宮。沒(méi)過(guò)幾天，阮大鋮、朱大典、方國(guó)安也都倉(cāng)皇到來(lái)，得知黃得功已兵敗而死，福王被擒。第二天，請(qǐng)潞王監(jiān)國(guó)，潞王不接受。不久，大兵到來(lái)，潞王率眾投降，不久同母妃北去。潞王就是呂大器等人所議要建立為帝的人。
杭州投降后，士英想拜謁監(jiān)國(guó)的魯王，魯王諸臣極力反對(duì)他。阮大鋮到金華投靠朱大典，也被士民所逐，朱大典于是把他送入嚴(yán)州總兵方國(guó)安軍中。士英與方國(guó)安是同鄉(xiāng)，先已在他軍中。阮大鋮到后掀髯指掌，每天談兵，方國(guó)安很高興。而士英認(rèn)為南渡之壞，一半由于阮大鋮，自己卻背上惡名，所以頗為恨他。后來(lái)，我軍擊敗士英、方國(guó)安。不久，士英、方國(guó)安率眾渡過(guò)錢(qián)塘江，窺視杭州，大兵將其擊敗，溺江而死者無(wú)數(shù)。士英擁殘兵想進(jìn)入福建，唐王因他罪大不準(zhǔn)許。第二年，大兵清剿湖賊，士英與長(zhǎng)興伯吳日生都被擒獲，詔令將他們斬首。事見(jiàn)國(guó)史。阮大鋮偕同謝三賓、宋之晉、蘇壯等人赴江岸乞請(qǐng)投降，隨從大兵攻打仙霞關(guān)，阮大鋮僵仆石上而死。而野史記載士英逃到臺(tái)州山寺為僧，被我兵搜獲；阮大鋮、方國(guó)安先后投降。不久唐王逃到順昌。我大兵追到，搜查龍扛，獲得士英、阮大鋮、方國(guó)安父子請(qǐng)王爺出關(guān)做內(nèi)應(yīng)的奏疏，遂將他斬殺于延平城下。當(dāng)時(shí)阮大鋮正在游山，自觸石頭而死，于是將他戮尸。
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