馬森，字孔養(yǎng)，懷安人。父親馬俊，晚年得子，家仆抱他不慎墜地摔死。馬俊哄騙妻子說(shuō)“：我的過(guò)失?。　睕](méi)有追究仆人的罪過(guò)。過(guò)了一年有了馬森。嘉靖十四年(1535)，中進(jìn)士，授職為戶部主事，歷任太平知府。民間有兄弟間訴訟的案子，馬森給他們鏡子命令彼此照照，說(shuō)“：如果兩個(gè)人老了，忍心損傷兄弟情份嗎？”都感激得流淚含羞而去。又升遷江西按察使。有位進(jìn)士寵愛(ài)別的女人而殺害妻子，撫按想輕判，馬森最終使他伏法。

　　歷任左布政使，擢升巡撫右副都御史。入朝任刑部右侍郎，改派到戶部。起初，馬森在江西舉薦布政使宋淳。宋淳后來(lái)巡撫南、贛，因貪贓敗績(jī)，馬森因過(guò)失調(diào)任大理卿。幾度駁辯疑案，與刑部尚書(shū)鄭曉、都御史周延并稱“三平”。因病歸鄉(xiāng)，重新啟任南京工部右侍郎。改派到戶部，督察倉(cāng)場(chǎng)，不久轉(zhuǎn)任左侍郎。以右都御史身分總督漕運(yùn)，兼任鳳陽(yáng)巡撫，晉升南京戶部尚書(shū)。隆慶初年，改任北部的官職。

　　當(dāng)時(shí)，皇帝登基詔書(shū)減免了國(guó)家一半的田租。太倉(cāng)的年收入減少，不能應(yīng)付開(kāi)支，而且京、通二倉(cāng)的儲(chǔ)藏?zé)o幾。馬森查對(duì)搜剔，處理十多件事。又列出錢(qián)谷出入的數(shù)目，勸諫皇帝節(jié)儉。皇帝親擬詔書(shū)責(zé)令他安排處置，馬森上奏：“祖宗的舊制度，黃河、淮河以南地區(qū)供給京師四百萬(wàn)銀兩，黃河、淮河以北地區(qū)供給邊關(guān)八百萬(wàn)銀兩。一年的收入，足以供給一年的費(fèi)用。后來(lái)邊陲戰(zhàn)事頻繁，開(kāi)支逐漸繁多，一變而有外籍部隊(duì)的年度給養(yǎng)，再變而有本地部隊(duì)的年度給養(yǎng)。起初的費(fèi)用只三百五十萬(wàn)兩，后來(lái)漸漸增至六百三十多萬(wàn)兩。屯田的十有七、八受虧損，鹽法也十折四、五，民糧運(yùn)輸十有二、三被拖欠，全部用補(bǔ)給邊關(guān)的年度費(fèi)用彌補(bǔ)。在邊關(guān)則兵卒馬騎少于往昔，在太倉(cāng)則輸入之?dāng)?shù)不及以往，而且耗費(fèi)數(shù)倍于以前。又下詔書(shū)減免賦稅，所以今日宣告匱乏，比往年更甚。我以前的籌劃，算及錙銖細(xì)利，不過(guò)是解救燃眉之急，但對(duì)國(guó)家大體，民眾的元?dú)?，沒(méi)有閑暇做進(jìn)一步考慮。而當(dāng)集思廣益，指令朝廷中大臣各陳己見(jiàn)?！庇肿嗾?qǐng)河?xùn)|、四川、云南、福建、廣東、靈州的鹽課事宜。詔令都依從了他的請(qǐng)求。皇帝曾經(jīng)任命宦官崔敏撥戶部的六萬(wàn)銀兩買(mǎi)黃金。馬森堅(jiān)持不贊同，而且聲稱，以往皇帝的詔令都由內(nèi)閣下發(fā)，沒(méi)有由司禮徑直傳遞的，此事才休止。既而皇帝又下令購(gòu)置珠寶，馬森也極力爭(zhēng)辯，沒(méi)有聽(tīng)從。隆慶三年(1569)，以母親年邁為由請(qǐng)求回家養(yǎng)老送終?；实圪p賜他乘驛車歸鄉(xiāng)的禮遇，后來(lái)幾度舉薦他都不出山。

　　馬森任考官時(shí)，夏言的女婿出自他的門(mén)下，想介紹他見(jiàn)夏言，他辭謝而沒(méi)有前往。嚴(yán)嵩聽(tīng)說(shuō)后很喜歡他，馬森也沒(méi)有趨附。被徐階看重后，引薦錄用。居住鄉(xiāng)里，支持巡撫龐尚鵬施行一條鞭法，鄉(xiāng)里的人替他修筑報(bào)功祠。萬(wàn)歷八年(1580)去世。追贈(zèng)太子少保，謚號(hào)恭敏。