幕府的治罰是一回事，彌三郎的實(shí)力是另一回事，何況他還有細(xì)川家以及大和國(guó)的僧侶集團(tuán)筒井氏的支持。不過(guò)這一次，畠山義就學(xué)聰明了，他知道斬草除根的重要性，于是他在享德四年（1455）繼承家督后，就立刻正式討伐彌三郎，畠山義就沒(méi)想到一拳打出，卻打在了棉花上，筒井氏就像麥芽糖一樣死纏爛打，畠山義就打了四年沒(méi)搞定，而且打得郁悶不已。彌三郎的幕后支持者細(xì)川勝元本來(lái)對(duì)畠山義就搶位的事情感覺(jué)無(wú)奈，這時(shí)就乘機(jī)跳出來(lái)做和事佬，長(zhǎng)祿三年（1459）再次取消幕府對(duì)彌三郎的治罰令。但是就在這個(gè)時(shí)候，彌三郎死了。

義就的對(duì)手不失時(shí)機(jī)地推出了又一個(gè)繼承人--彌三郎的弟弟畠山政長(zhǎng)，這一推舉得到了細(xì)川勝元的默許，也得到了細(xì)川家的實(shí)力支持。而正在中國(guó)地區(qū)和四國(guó)與細(xì)川明爭(zhēng)暗斗的山名家，則暗中扶植畠山義就，所以，兩個(gè)畠山的背后都站著一大群粉絲助威團(tuán)，他們摩拳擦掌，隨時(shí)準(zhǔn)備親自上陣。

細(xì)川家首先動(dòng)手了。寬正元年（1460），細(xì)川勝元利用將軍足利義政對(duì)畠山義就的不滿，通過(guò)幕府宣布畠山政長(zhǎng)為畠山家家督。畠山義就當(dāng)然不干，到手的東西哪有交出來(lái)的道理。幕府將畠山義就的行為定性為抗命，由細(xì)川勝元主持討伐義就。

畠山義就是一員猛將，面對(duì)幕府、大和國(guó)的僧侶以及畠山政長(zhǎng)的聯(lián)合軍，他能在兵力劣勢(shì)的情況下展開(kāi)對(duì)抗，雖然野戰(zhàn)不足，但守城有余。幕府軍和畠山政長(zhǎng)合流，進(jìn)攻畠山義就駐扎的岳山城。

這一打就打了三年，幕府軍內(nèi)部爾虞我詐，互相扯皮，尤其是細(xì)川家和名義上遵守幕府命令的山名家。而岳山城的地形很好，在金剛山麓，畠山義就依靠地形和源源不斷的糧草救濟(jì)，竟然一守就守了三年，這讓細(xì)川家感覺(jué)很沒(méi)面子。一直到寬正四年（1463），幕府軍攻克了岳山城，畠山義就棄城而去，瀟灑地走出了重重包圍。

寬正五年（1464），畠山政長(zhǎng)正式接替畠山家督，同年接替細(xì)川勝元出任幕府管領(lǐng)。這一段兩畠山內(nèi)亂告一段落。在這次爭(zhēng)端中，作為幕府將軍的足利義政卻是任人擺布，毫無(wú)決斷力。而在長(zhǎng)祿三年（1459），由于年初的大旱，加上關(guān)東的連綿戰(zhàn)亂以及畿內(nèi)地區(qū)發(fā)生的臺(tái)風(fēng)，導(dǎo)致了日本當(dāng)年收成不足。特別是那場(chǎng)臺(tái)風(fēng)，引發(fā)了京都附近的賀茂川泛濫，近畿地區(qū)災(zāi)民遍野，饑荒一直延續(xù)到寬正二年（1461）。這場(chǎng)長(zhǎng)祿·寬正大饑饉更進(jìn)一步激化了社會(huì)矛盾。身為將軍的義政卻在此時(shí)沉迷藝術(shù)，修建花之御所，無(wú)視局勢(shì)的惡劣。畠山義就和支持他的山名家也在暗中蓄力，準(zhǔn)備反噬，這個(gè)機(jī)會(huì)很快來(lái)了。