正是有如此這般的理性認識，蔡元培才會在“兼容并包”的旗幟下保護和支持陳獨秀、胡適掀起的新文化運動。今人夸大了新文化運動的勢力，以為“兼容并包”是新派對舊派的寬容；其實當初舊派是主流，新派恰為反對派，“兼容并包”是從舊派那里去爭取新派生存與發(fā)展空間。陳獨秀與蔡元培的性格頗不一致，陳獨秀人如“霹靂火”，圭角畢露；文如拼命三郎，鋒芒逼人。而蔡元培卻是“極高明而道中庸”，連疾言厲色也不見。參閱鄭勇：《蔡元培影象》第92頁，濟南：山東畫報出版社2001年5月版。但并不妨礙蔡元培盛贊：“近代學者人格之美，莫如陳獨秀”；見劉太希：《蘇曼殊與陳獨秀》，《太希詩文叢稿》第55頁。也不妨礙陳獨秀視蔡元培為“我們”之中的一員：

自戊戌政變以來，蔡先生自己常常傾向于新的進步的運動，然而他在任北大校長時，對于守舊的陳漢章、黃侃，甚至主張清帝復辟的辜鴻銘，參與洪憲運動的劉師培，都因為他們學問可為人師而和胡適、錢玄同、陳獨秀容納在一校；這樣容納異己的雅量，尊重學術思想自由的卓見，在習于專制好同惡異的東方人中實所罕有。陳獨秀：《蔡孑民先生逝世后感言》。

胡適性格與蔡元培的溫文儒雅相近，而年齡相差兩屬，是兩代人，理當有代溝。但并不妨礙蔡元培對胡適稱贊備至，視為精靈；也不妨礙胡適引蔡元培為知己：

當我在北京大學出任教授的時候，北大校長是那位了不起的蔡元培先生。蔡校長是位翰林出身的宿儒。但是他在德國也學過一段時期的哲學，所以也是位受過新時代訓練的學者，是位極能接受新意見新思想的現(xiàn)代人物。他是一位偉大的領袖，對新文學發(fā)生興趣，并以他本人的聲望來加以維持。胡適：《口述自傳》，《胡適自傳》第247頁，南京：江蘇文藝出版社1995年9月版。

新文化運動的反對派從來就是將蔡元培與陳獨秀、胡適捆在一起炮轟的。林紓在小說《妖夢》中擬胡適為“秦二世”，狀陳獨秀為“貓頭鷹”，罵蔡元培為“元緒”--即大烏龜。周作人說：“這元緒公尤其是刻意的罵人話?！逼鋵嵅?、陳、胡三人都曾玩過白話小說（蔡1904年寫《新年夢》、陳獨秀1904年寫《黑天國》、胡適1906年寫《真如島》）,他們卻沒有“以暴易暴”地以小說與林紓對罵。當自稱“拼我殘年，極力衛(wèi)道”的林紓于1919年3月18日在《公言報》上發(fā)表致蔡元培的公開信（《致蔡鶴卿太史書》），蔡元培當天即致函《公言報》（《致〈公言報〉函并附答林琴南君函》），公開回擊林紓的挑釁。智慧的蔡元培沒有用你說我是“痞子”我即說“痞子運動好得很”之類邏輯來回答林紓，而以事實為依據(jù)，用“中庸”的邏輯駁斥了林紓對北大“覆孔、孟，鏟倫?！薄氨M廢古書，行用土語為文字”的兩項指責，并理直氣壯地為北大的新派教員辯護：

胡(適)君家世漢學，其舊作古文，雖不多見，然即其所作《中國哲學史大綱》言之，其了解古書之眼光，不讓于清代乾嘉學者。錢(玄同)所作之文字學講義，學術文通論，皆大雅之文言。周(作人)所譯之《域外小說》，則文筆之古奧，非淺學者所能解。然則公何寬于《水滸》、《紅樓》之作者，而苛于同時之胡、錢、周諸君耶?

在逐一辯駁了林紓的種種指責以后，蔡元培接著從正面闡明自己主持北京大學的“兩種主張”：

(一)對于學說，仿世界各大學通例，循“思想自由”原則，取兼容并包主義……無論為何種學派，茍其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命，雖彼此相反，而悉聽其自由發(fā)展。

(二)對于教員，以學詣為主。在校講課，以無背于第一種之主張為界限。其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負責任。例如復辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持復辟論者，以其所授為英國文學，與政治無涉，則聽之?；I安會之發(fā)起人，清議所指為罪人也，本校教員中有其人，以其所授古代文學，與政治無涉，則聽之?！蛉瞬胖翞殡y得，茍求全責備，則學校殆難成立。且公私之間，自有界限。

蔡元培“思想自由、兼容并包”的辦學方針，原是在北大校內(nèi)演講上發(fā)布，在《北京大學月刊》、《北京大學日刊》上發(fā)表，傳播有限。這次蔡元培則趁機公之于全社會，令其廣為傳播。這封信與其說是致林琴南的，還不如說是致全社會的公開信。有人說更是給總統(tǒng)徐世昌看的，因為總統(tǒng)未必了解北大的辦學方針，也要對他啟蒙。

與林紓的公開論戰(zhàn)，恰見證了陳獨秀所云，蔡元培“有關大節(jié)的事”，“倔強的堅持”以及蔣夢麟所云他“白刃可蹈的中庸”，盡管他“態(tài)度還很溫和”。正是這種溫和的倔強，使蔡元培成為新文化運動中不可多得的“大護法”：惟其溫和，則較陳獨秀回避了許多攻擊的鋒芒；惟其倔強，則如陳獨秀一樣堅持原則不讓步。

蔡元培主張學術研究自由，可是并不主張假借學術的名義，作任何違背真理的宣傳；不但不主張，而是反對。有如馬克思的思想，他以為在大學里是可以研究的，可是研究的目的決不是為共產(chǎn)黨作宣傳，而是為學生解惑去蠱，因為有好奇心而無辨別力，是青年迷惑的根源。不過在“五四”時代，北京大學并未開過馬克思主義研究的課程。經(jīng)學教授中有新帝制派的劉師培先生，為一代大師，而劉教的是三禮、《尚書》和訓詁，絕未講過一句帝制。英文教授中有名震中外的辜鴻銘先生，是老復辟派，他教的是英詩（他把英詩分為“外國大雅”、“外國小雅”、“外國國風”、“洋離騷”等，“我在教室里想笑而不敢笑，卻是十分欣賞，也從來不曾講過一聲復辟?！绷_家倫：《偉大與崇高--謹以此文紀念先師蔡孑民先生百年誕辰》，臺灣《傳記文學》第10卷第1期。--這是羅家倫的話。通過這番解說，我們就能更深刻地了解到蔡元培“兼容并包”中有著堅挺的原則底線，而決非此亦是非、彼亦是非的和稀泥，這才保證北大健康的發(fā)展方向。