王導立下了如此大功勞，成為司馬睿政權(quán)的支柱力量。公元318年4月，長安被匈奴攻破，晉愍帝遇害。王導趕緊勸說司馬睿繼承帝位。東晉王朝很快在建康（建鄴改名）建立了，司馬睿就是晉元帝。司馬睿和王導的“王馬搭檔”也就升級為了司馬睿當皇帝，王導當丞相的政治結(jié)構(gòu)。司馬睿登基之日，感慨萬分，對王導的輔助和擁立之功深深感激。他竟然在莊嚴肅穆、百官隊列的時候，拍拍龍椅的空處，招呼王導“升御床共坐”。當皇帝哪能是排排坐分果果的事情，王導連忙推辭。司馬睿招呼他三四次，言辭懇切，王導不得不搬出“天無二日，國無二主”的大道理說服司馬睿。這句話的潛臺詞的是，王導可以成為和司馬睿一樣的太陽和國主，只是他不愿意做。

民間則形象地形容為：“王與馬，共天下?！边@句俗語恰如其分地表現(xiàn)了當時王家的權(quán)勢。東晉初期，司馬睿完全信任王導，叫他“仲父”，把他比作自己的“蕭何”。王導也經(jīng)常勸諫司馬?？思呵趦€，優(yōu)待南方，與人為善。司馬睿和王導在草創(chuàng)期上演了一場君臣相敬相愛的佳話?，樼鹜跫乙策_到了權(quán)勢的高峰，除了王導擔任丞相，王敦控制著長江中游，兵強馬壯；四分之三的朝野官員是王家人的或者與王家相關(guān)的人。另外，王家在南朝時期出了八位皇后。說王家和司馬家族共享天下，并不過分。事實上，隨著皇權(quán)在亂世中不斷削弱，政治世家的勢力不斷高漲，皇帝只好仰仗大家族的支持才能坐穩(wěn)龍椅。“王與馬”的案例并非特例。

當局勢稍微穩(wěn)定后，皇帝就開始琢磨如何穩(wěn)固皇權(quán)了。司馬睿坐穩(wěn)了龍椅后就對“王與馬，共天下”的傳言產(chǎn)生了酸酸的感覺。首當其沖的問題是如何把那些不可一世的世族大家的力量給打壓下去。具體到瑯琊王家，性格張揚又手握重兵的王敦就成了“出頭鳥”。司馬睿開始暗中限制、削弱王家的勢力。他提升重用王府舊人劉隗和刁協(xié)。劉刁兩人對尊馬抑王一事不遺余力，不斷出頭打壓王家勢力。王導被疏遠了。王導為人務(wù)實，面對皇權(quán)的打壓采取了謙抑自守對策，退居家中靜觀時局變化。司馬睿一時也找不到理由，也不想進一步動把王導怎么樣?？赏鯇痰昧?，脾氣不太好的堂兄弟王敦就忍不了。他放蕩不羈，性情外露，對王家受到打壓憤慨難平，并把怒氣表現(xiàn)了出來。鑒于王敦控制著長江中游各州的政權(quán)和軍隊，司馬睿派劉刁二人出任地方刺史，企圖鉗制王敦的勢力。這一下，王敦干脆造反了，招呼兄長王含等人帶上大軍，順江而下，沖向建康找司馬睿等人算賬。

王敦給全族人捅了大婁子，劉隗和刁協(xié)抓住把柄，勸司馬睿誅殺王導和王家的所有成員。王導認定王家還不具備推翻東晉當皇帝的實力，必須依靠東晉政權(quán)，才能保持權(quán)勢。所以，王導趕緊帶上王邃、王彬、王侃等在朝廷任職的王氏宗族二十多人每天跪到宮門外候罪。對于司馬睿來說，王敦造反提供的不是將瑯琊王家連根鏟除的良機，而是一次威脅政權(quán)的考驗。他同樣沒有離開王家支持自己坐穩(wěn)龍椅的實力，司馬睿和王家的命運是一榮俱榮一損俱損的。赦免王導等人是最現(xiàn)實的選擇。說來，皇帝也不好當啊，要考慮到統(tǒng)治根基問題，考慮到各方面的力量平衡問題，考慮不當就連皇帝也做不了了。明白了這一點，也就明白了為什么連皇帝也奈何不了那些顯赫的世家大族們了。