不久蔡元培因不滿袁世凱政權(quán)而辭職，然后教育部內(nèi)開始清理“蔡黨”，不斷捕人。同僚們都紛紛學(xué)古人的樣，或嫖或賭，或古玩或書畫，公開表現(xiàn)自己沉湎于某一種嗜好，來逃避“袁黨”猜疑的目光。蔡鍔將軍，更是躲在名妓小鳳仙的房中，才保下一條命。魯迅由蔡元培引薦入部，自在被疑之列，他在苦悶之余，潛心抄寫古碑、研究拓本、整理古籍、閱讀佛書。

另一件令魯迅陰郁的事情是，在日本時期，由于母親的安排，魯迅娶了沒有感情基礎(chǔ)的朱安為妻。到北京后，母親多次來信勸他把朱接到北京同住，他沒有回應(yīng)。思想上的苦悶和感情上的痛苦，使他看起來根本不像一個三十多歲的青年，埋頭古碑之間，更像一個世故老人。

但從漢唐的碑帖、魏晉文章以及佛教經(jīng)典中，魯迅卻汲取了大量精神養(yǎng)分，使他的“個體精神”擴張到了最高的境界，成為真正的個人主義者，為中國人創(chuàng)造了一種既非西方也非古人的新的精神框架。這種精神框架外表看具有存在主義傾向和虛無主義色彩，但在魯迅的深層意識中，他默默的信念（即生活中總能找到一些積極與美好的東西）卻從未動搖過。這足以說明他“取今復(fù)古，別立新宗”的文化理想。這八個字來自他的《文化偏至論》：

此所為明哲之士，必洞達世界之大勢，權(quán)衡較量，去其偏頗，得其神明，施之國中，翕合無間。外之既不后于世界之思潮，內(nèi)之仍弗失固有之血脈，取今復(fù)古，別立新宗，人生意義，致之深邃，則國人之自覺至，個性張，沙聚之邦，由是轉(zhuǎn)為人國。人國既建，乃始雄厲無前，屹然獨見于天下，更何有于膚淺凡庸之事物哉？

魯迅在紹興會館抄古碑的時期，正是他思想成熟的時期，因此，當(dāng)錢玄同代表《新青年》雜志向他約稿的時候，他能厚積薄發(fā)，以《狂人日記》、《孔乙己》、《藥》、《故鄉(xiāng)》等聞名文藝界，后又在其他雜志發(fā)表《阿Q正傳》、《社戲》、《祝?！?、《傷逝》、《故事新編》等，成為新文化運動的主將。

也正因魯迅的思想在五四運動之前就已經(jīng)成熟，因此能在新文化運動退潮之后，依然一個人堅定地走在“荒漠”中，以“匕首”（古人曰“寸鐵”）式的雜文（后匯編成集的有《墳》、《熱風(fēng)》、《華蓋集》、《而已集》、《且介亭雜文》等），與各方論敵戰(zhàn)斗不已。也正因如此，當(dāng)他對曾經(jīng)寄望創(chuàng)造中國“第三樣的時代”的青年失望以后，依然能夠孤獨地與虛無主義作斗爭，直至死亡。