12月12日，中國(guó)科學(xué)院成立思想改造“學(xué)習(xí)委員會(huì)”，由院長(zhǎng)郭沫若擔(dān)任主任委員，副院長(zhǎng)李四光、陶孟和、竺可楨、吳有訓(xùn)擔(dān)任副主任委員。12月25日上午，中科院召開(kāi)動(dòng)員大會(huì)，郭沫若在大會(huì)上說(shuō)：“官僚主義為貪污與浪費(fèi)的根源，要肅清貪污與浪費(fèi)，必須清除官僚主義。為此須發(fā)動(dòng)群眾，要大家把公物視為神圣不可侵犯，這要改造思想，所以……思想改造和三反運(yùn)動(dòng)要雙管齊下”。這就是說(shuō)，無(wú)論你有沒(méi)有貪污浪費(fèi)行為，有沒(méi)有官僚主義作風(fēng)，都要從思想改造的角度，積極投入這場(chǎng)政治運(yùn)動(dòng)。

會(huì)后，竺可楨擔(dān)任中科院三反運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)“節(jié)約檢查委員會(huì)”主任。當(dāng)天下午，竺召開(kāi)節(jié)約檢查委員會(huì)第一次會(huì)議，“決定頭十天閱讀文件，發(fā)動(dòng)群眾檢舉，以后俟進(jìn)程如何再定辦法，預(yù)期十至十二星期可以結(jié)束（同上，第495頁(yè)）。發(fā)動(dòng)群眾檢舉揭發(fā)他人的罪行，必然會(huì)造成一種人人自危的恐怖局面。除此之外，讓知識(shí)分子使用批評(píng)與自我批評(píng)的“武器”，也是發(fā)動(dòng)政治運(yùn)動(dòng)的一個(gè)殺手锏。12月27日，中科院學(xué)習(xí)委員會(huì)召開(kāi)會(huì)議。按照事先安排，由竺可楨談“批評(píng)與自我批評(píng)”的體會(huì)?他講了三個(gè)問(wèn)題：一、自我批評(píng)與古代自省有何不同，二、批評(píng)與西方代議制有何不同，三、批評(píng)與自我批評(píng)是不是剝奪了個(gè)人自由。由于準(zhǔn)備不足，或者說(shuō)尚未想明白，竺可楨認(rèn)為自己“講[得]一塌糊涂”（第496頁(yè)）。這顯然與竺可楨從未接觸過(guò)這類“游戲規(guī)則”有關(guān)。作為運(yùn)動(dòng)領(lǐng)導(dǎo)的竺可楨尚且如此，其他人可想而知。

1952年元旦，竺可楨與陶孟和、吳有訓(xùn)、錢三強(qiáng)應(yīng)邀出席了毛澤東在中南海設(shè)的晚宴，親耳聆聽(tīng)了毛澤東關(guān)于三反運(yùn)動(dòng)的講話。第二天上午，中科院院長(zhǎng)郭沫若根據(jù)形勢(shì)的要求召開(kāi)臨時(shí)會(huì)議，決定“即日發(fā)動(dòng)‘三反’運(yùn)動(dòng)，……希望十天以內(nèi)有結(jié)果?！惫洪L(zhǎng)還要求從當(dāng)天下午起，中科院停止辦公，全力以赴投入運(yùn)動(dòng)。郭沫若是通天人物，他的這些作法顯然與中共中央隨后發(fā)出的《關(guān)于立即限期發(fā)動(dòng)群眾開(kāi)展“三反”斗爭(zhēng)的指示》有關(guān)。

元月3日上午，竺可楨召開(kāi)“節(jié)約檢查委員會(huì)”會(huì)議，“討論如何響應(yīng)毛主席號(hào)召，發(fā)動(dòng)大眾熱情來(lái)做‘三反’運(yùn)動(dòng)?！闭谶@時(shí)，中科院黨組成員兼該委員會(huì)辦公室負(fù)責(zé)人曹日昌的母親去世，要回老家奔喪，竺可楨勸他不要回去。可見(jiàn)當(dāng)時(shí)的氣氛緊張到什么程度。當(dāng)天晚上十點(diǎn)半，竺可楨收到政務(wù)院文教委員會(huì)?信，要他在第二天八點(diǎn)半之前匯報(bào)運(yùn)動(dòng)情況，同時(shí)提交書(shū)面報(bào)告。竺可楨立刻通知曹日昌，讓他連夜準(zhǔn)備書(shū)面報(bào)告（第532頁(yè)）。第二天一早，竺可楨與曹日昌前往文委會(huì)進(jìn)行匯報(bào)。曹日昌準(zhǔn)備的書(shū)面報(bào)告分五個(gè)部分：（1）是否已經(jīng)自上而下檢討工作，（2）自下而上的發(fā)動(dòng)工作怎樣，（3）“三反”運(yùn)動(dòng)的重點(diǎn)何在，（4）檢查組織狀況如何，（5）存在何種基本問(wèn)題。運(yùn)動(dòng)剛剛開(kāi)始，曹日昌就能寫(xiě)出如此報(bào)告，真不容易！有意思的是，就在大家積極響應(yīng)毛澤東號(hào)召，大張旗鼓地投入“三反”運(yùn)動(dòng)的時(shí)候，《人民日?qǐng)?bào)》發(fā)表龔育之的文章：《糾正科學(xué)刊物中脫離政治、脫離實(shí)際的傾向——評(píng)〈科學(xué)通報(bào)〉第二卷》。文章說(shuō)：《人民日?qǐng)?bào)》重新發(fā)表毛澤東《實(shí)踐論》之后，中科院主辦的《科學(xué)通報(bào)》沒(méi)有轉(zhuǎn)載，對(duì)《毛澤東選集》的出版也不注意。另外，該刊只介紹資產(chǎn)階級(jí)國(guó)家的科學(xué)狀況，沒(méi)有把國(guó)內(nèi)科技成果放在突出位置。這都是“脫離政治、脫離實(shí)際、忽視了宣傳毛澤東思想和馬克思列寧主義”的表現(xiàn)。看到這篇文章以后，竺可楨馬上與郭沫若商量，“決計(jì)從第三卷一期起改變方針，將已付印之稿收回，但損失將數(shù)千萬(wàn)元（按，舊幣，下同）?！保ǖ?39頁(yè)）可見(jiàn)在“三反”運(yùn)動(dòng)中，并不反對(duì)所有浪費(fèi)。為了宣傳毛澤東思想，浪費(fèi)再大也無(wú)所謂。

三、竺可楨“無(wú)法應(yīng)付”

1952年1月6日下午，中科院召開(kāi)大會(huì)，副院長(zhǎng)陶孟和、竺可楨、吳有訓(xùn)分別作了檢查。竺可楨在檢查中說(shuō)，除了官僚主義外，他還有“本位主義和敵我不分兩個(gè)缺點(diǎn)”。與會(huì)者對(duì)他提出以下意見(jiàn)：一是有?客思想，二是沒(méi)有接觸實(shí)際，三是利用公家運(yùn)器材的機(jī)會(huì)搬過(guò)家具。此外，大家對(duì)他們動(dòng)用巨額公款修建院長(zhǎng)宿舍也有很大意見(jiàn)（第534至535頁(yè)）。

一個(gè)月以后，由于文教委員會(huì)要求限期完成思想改造任務(wù)，竺可楨去找另一位副院長(zhǎng)李四光商量。他說(shuō)：“余輩均五十歲以上人，講思想改造不及年青人之速。而且高高在上，脫離群眾，脫離實(shí)際，……這實(shí)在使人焦急?！绷硗?，他還聽(tīng)錢三強(qiáng)說(shuō)：現(xiàn)在“近代物理所年青人亦莫知所從，正如一群雞鴨，但聞四處呼聲，遂致彷徨歧途?！睘榇?，他希望當(dāng)時(shí)兼任副院長(zhǎng)的陳伯達(dá)能夠“到院多主?思想改造或至少能一星期來(lái)一次?！保ǖ?55頁(yè)）

這時(shí)，三反運(yùn)動(dòng)已經(jīng)變成人人過(guò)關(guān)了，因此不要說(shuō)普通知識(shí)分子，就連竺可楨也覺(jué)得“莫知所從”。為了表示積極，他請(qǐng)沈自敏對(duì)自己進(jìn)行幫助。沈在抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期擔(dān)任過(guò)浙江大學(xué)學(xué)生會(huì)會(huì)長(zhǎng)，當(dāng)時(shí)在中科院近代史研究所工作。面對(duì)自己老校長(zhǎng)，沈毫不客氣地指出：你屬于“買辦資產(chǎn)階級(jí)，改良主義態(tài)度，所以最能壓制學(xué)生”。此外他還批評(píng)竺可楨的文章“沒(méi)有階級(jí)爭(zhēng)斗性”。

2月28日下午，竺可楨在會(huì)上再作檢查。檢查之后，沈自敏說(shuō)竺可楨“在浙大培?了強(qiáng)固的反動(dòng)集團(tuán)”，曹日昌認(rèn)為他“對(duì)教授治校沒(méi)有批判”。此外，還有人說(shuō)他是御用學(xué)者，與蔣介石見(jiàn)面不用通報(bào)（第569頁(yè)）。對(duì)于沈自敏的說(shuō)法，竺可楨雖然不能接受，但也不敢反駁，只是在日記中流露了一點(diǎn)不滿情緒。

3月15日，竺可楨繼續(xù)在小組會(huì)上做檢查。這次檢查的問(wèn)題包括“向上爬、宗派主義、崇美思想及國(guó)民黨時(shí)代學(xué)生運(yùn)動(dòng)”，其中重點(diǎn)是學(xué)生運(yùn)動(dòng)。檢查之后，許多人提了意見(jiàn)。小組會(huì)結(jié)束時(shí)，院黨組成員、歷史學(xué)家劉大年要求他進(jìn)一步檢查自己的問(wèn)題。