王石及萬科管理層希望，通過組織結構調整和業(yè)務流程的重組，保持萬科核心競爭力，保持領先同業(yè)10%~20%的距離。而郁亮也認為，上一代職業(yè)經理人是在政策不確定、不明朗的前提下，在傳統(tǒng)與市場的夾縫中生存的；而新一代只需面對整體上的市場環(huán)境。由于受過嚴格的商業(yè)訓練，新一代可以把公司做得更精細，取得更好的經營業(yè)績。

萬科管理層的一位核心人物表示，新的組織結構分為四條主線：產品線、運營線、管理線、監(jiān)控線。產品線負責從產品的客戶分析，規(guī)劃設計，到工程管理，營銷的全過程；運營線負責融資、財務安排，運營管理，企業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略規(guī)劃；管理線包括人力資源、物業(yè)、客戶服務、總經理辦公室等；監(jiān)控線則負責公司的內部審計、風險防范以及黨務工作。

另外董事會辦公室負責投資者關系，媒體關系和研究工作。

萬科專門成立了創(chuàng)新研究部、產品品類部兩個新部門。“據(jù)我所知，這兩個部門在國內任何一家地產企業(yè)都沒有。”萬科的核心人物曾公開對媒體介紹說。具體來說，萬科要學習國外領先地產企業(yè)“工廠化作業(yè)”的房屋生產方式。

王石的接棒人郁亮認為，如果說手工作業(yè)的生產方式在以前國內地產市場的規(guī)模下還能適應公司發(fā)展的要求，但在未來，中國地產市場規(guī)模將大大擴張，公司生產規(guī)模要更快地增長，工廠化的生產方式才能使公司具有這樣的增長能力。

據(jù)透露，萬科標準住宅的4個版本已經成型，已經有十幾個部品實現(xiàn)了工廠化的生產裝配，在住宅性能標準方面的創(chuàng)新超過了60項。

另外，憑借資金集約化的管理模式，萬科有效控制了業(yè)務發(fā)展過程中的資金風險，提高了資本運營效率和效益。正因為有了此種基礎，萬科相繼成為中、農、工、建四大國有商業(yè)銀行總行級的重點客戶，其集團集約化的資金管理模式更是被各總行高度認同。萬科內部資料顯示，在房地產信貸規(guī)模收縮的2004年，萬科反而獲得了歷史上最高的110億元的銀行授信額度。

至于監(jiān)控線，則主要是指萬科的審計法務部。萬科的相關資料顯示，監(jiān)控部門的職責不僅是風險控制，更要把自己的角色定位于一個挑剔的業(yè)主，從這個視角考察公司的樓盤。用萬科人自己的話說：“找出問題，項目公司該改進的改進，該公示的公示。他們挑出的毛病越多，開盤后客戶能挑出的毛病就越少。”即使存在的問題是在萬科的項目范圍之外，萬科也會及時向客戶們提前預示。

除了如上的一些所謂顛覆，萬科進行的另一項舉動可以說是對“顛覆”一詞的有力佐證了。這一項舉動就是被業(yè)界稱為的“打破‘集權管理模式’”。

所謂的“集權管理模式”被認為在萬科堅持了10余年，1994年，萬科實行投資決策權與經營權分離，集團的投資權全部放在總部。各地的子公司的信息直接上傳總部，人員、資金、專業(yè)性的把握都由總部決定。

不過，王石及管理層的這種做法也經常受到業(yè)界質疑：十年集權，固然保證了萬科很多重大決策的順利實施，可是不是也錯過了很多機會？損失了很多效率？萬科是不是本來可以增長得更快？

對此，萬科的管理層曾有解釋說，萬科的管理目標是“均好策略”，意思是說工作的各個環(huán)節(jié)像組成木桶的一塊塊木板，不能有明顯的“短板”。