黎元洪就職后，擬進攻漢口清軍。鄂軍都督府設在諮議局，其組織分為：秘書處，楊玉如為秘書長；參謀部，部長楊開甲；軍令部，部長杜錫鈞；軍務部，部長孫武。戰(zhàn)時總司令部參謀長是李書城。

在都督府中，軍務部的權力最大，首腦是三武：孫武、張振武、蔣翊武。他們是起義的領導人物，很受人尊敬，但實際上他們對黎元洪和黃興還稱得上唯命是從。光復之后，戰(zhàn)事展開，蔣翊武被牽制。武漢三鎮(zhèn)光復，舉黎元洪為都督，黎元洪任命蔣翊武為軍事顧問，擬出兵武勝關，阻遏清軍南下。正猶豫間，清軍已直抵漢口，蔣翊武決定馬上迎戰(zhàn)，否則無以生。遂受命為防御使，又有人跳出反對，改以張景良為總指揮，以牽制之。凡蔣翊武的計策，他都予以推翻，于是導致指揮丟分，難以抵御馮國璋部隊。

早先攝政王要給光緒帝報仇，待他掌權之后，立將袁世凱開缺，而對親貴委以重任。載洵負責海軍，載濤為軍諮府大臣，蔭昌任陸軍大臣，載澤為度支大臣，瑞澂為兩湖總督，他和載澤互為姻親。清朝親貴，賄賂公行，乃真實之寫照。載洵掌海軍，到英國購置戰(zhàn)艦，貨未見到，先談回扣，聲名狼藉，貽羞中外。

這是清廷自取滅亡之道，也造成武昌首義的有利條件。當時清朝軍界又出現分化，即舊軍出身之軍官和北洋將領的互相輕視和抵觸，對于瑞澂的因應之策，當時外部左侍郎曹汝霖認為很有失著之處，即已搜得起義參加者的花名冊，牽涉新軍士官很多。這些軍官害怕株連或秋后算賬，于是一不做，二不休，干脆紛紛躍起響應。

南來鎮(zhèn)壓的蔭昌，帶著副手姜桂題，兵力為毅軍二十營。蔭昌本是在德國留學專修軍事，他娶了德國的太太，德語嫻熟，但對軍事不感興趣，更未經實戰(zhàn)。而新軍在灤州秋操，載濤正忙著，蔭昌還不大敢惹他。載濤年少氣盛，傲慢成性，就是慶親王也讓他三分。所以蔭昌只得和姜桂題南下，姜氏帶的兵，也缺乏新式訓練。這班家伙各自為政，出發(fā)至劉家店，兵車阻塞，亂成一團，經京漢鐵路局長率領一批精干人員前來疏通調度，才勉強通行。到了接近湖北的地方，才發(fā)現武器多不能投入戰(zhàn)斗，有攜炮身而忘炮彈的，有炮彈不合炮膛的，有炮身炮彈相合而基座又不合的，這樣已經遷延一月有余。

清軍在湖北的原有駐軍多潰散，于是清廷湖北當局臨時加封委爵，以打爛賬方式收拾潰兵，近一營之數即為營長，得一團之數即派為團長，拼湊起來有將近兩個師的部隊。這時清廷首先派遣陸軍大臣蔭昌率近畿兩鎮(zhèn)援鄂，不料此公行動遲緩，起義軍恰好利用此機會編練部隊。蔭昌司令部設于火車，車前后各置一車頭，勝則揮師前進，敗則開足馬力后退，行動堪稱靈便，而其用兵的虛怯，由此可見。

蔭昌無心戀戰(zhàn)，清廷將其調回，起用袁世凱為湖廣總督，節(jié)制援鄂各軍。袁世凱派馮國璋率生力軍前來鎮(zhèn)壓。

馮國璋對武昌起義的鎮(zhèn)壓，并不全是對清廷的盡忠，而是北洋集團別有懷抱。1911年的秋間，清廷于直隸永平府舉行秋操，馮國璋任東路軍指揮。秋操進行中，武昌起義發(fā)生，辛亥革命軍占領武漢三鎮(zhèn)。清政府派陸軍大臣蔭昌率領第一軍南下鎮(zhèn)壓革命，派馮國璋組織第二軍南下赴援。但馮國璋等北洋諸將領不愿聽從蔭昌指揮，進軍遲緩，馮率軍至河南彰德時，便只身看望袁世凱，袁氏授意他“慢慢行，等等看”六字秘訣。清廷迫不得已，起用袁世凱總攬軍權。馮國璋兒子馮家邁回憶道：袁世凱奏請馮國璋接替蔭昌任第一軍軍統(tǒng)，并對馮說：“非籌備周妥，計出萬全，斷難督師進攻。”

袁世凱重新出山后，督師南下，命馮國璋攻打漢口、漢陽。馮國璋第一軍協(xié)統(tǒng)李純、王占元、陳光遠都是其心腹。