在一系列打擊之后，賓西法尼亞鐵路公司在當年沒有給股東任何分紅，其股票價格一落千丈。盡管波茨還想繼續(xù)斗下去，斯科特卻想求和了。賓西法尼亞鐵路公司并不完全控制帝國運輸公司，但有權購買該公司的剩余股份。既然波茨如此固執(zhí)，斯科特只好使出這一招數。另一方面，在沒有通知波茨的情況下，他便派卡薩特去克利夫蘭告訴洛克菲勒和弗拉格勒，說他“非常愿意和解”?？吹剿箍铺貫閭€人利益如此迅速地改弦更張，洛克菲勒不免感到好笑。他在談到波茨的慘敗時幸災樂禍地說：“波茨上校想要證明自己是偉大的摩西，可惜他失敗了，徹底失敗了！”

帝國運輸公司戰(zhàn)敗給標準石油公司帶來的好處遠遠超出洛克菲勒的預期。由于現金緊缺，斯科特不但同意放棄煉油業(yè)務，還把一大筆資產賤賣給標準石油公司，其中包括煉油廠、儲油罐、輸油管線、汽船、拖船、駁船和貨運碼頭。事實上，這些資產的實際價值遠遠超出標準石油公司的購買力。1877年10月在費城與洛克菲勒談判時，斯科特看上去依舊神氣，卻無法掩蓋他的失敗。在接下來的談判里，他竭力討價還價，在兩個條件上拒絕讓步：第一，標準石油公司必須買下帝國運輸公司的全部資產，包括那些老掉牙的湖上船隊；第二，標準石油公司必須在24小時內用得到擔保的支票交付340萬美元報價中的250萬。

標準石油公司實在難以滿足第二項條件，保險柜里的現金只夠需要交付金額的一半。洛克菲勒連忙趕回克利夫蘭，一個接著一個地拜訪當地銀行，這種事情已經有多年未曾發(fā)生過。他找到一位又一位銀行總經理，對他們說道：“我必須借走你所有的錢！有多少要多少！不會有任何問題！趕緊把錢借給我！我得趕中午的火車！”洛克菲勒一向要等大家達成一致意見后才采取行動。由于難以說服董事會的其他成員同意買下那些蒸汽船，他不惜以個人名義舉借數十萬美元買下這些船。這些只賠不賺的破船讓他在后來的幾年里損失巨大，卻為公司的整體利益做出巨大貢獻。因此，他從未對這個決定感到后悔。

在與斯科特的對決之中，洛克菲勒沒有打算將對手徹底打垮（斯科特也許會對他這么做），反而借助停戰(zhàn)加強了雙方的合作。他的目標一貫如此：能和解，就和解。這樣可以有效地擴大他的影響力。在一項新的聯營計劃中，標準石油公司同意每年通過賓西法尼亞鐵路公司運送至少200萬桶石油，從而重新樹立對方在石油業(yè)的地位；作為交換，標準石油公司的貨運可以享受折扣。更為重要的，標準石油公司被指定為一項由各家鐵路公司共同制訂的宏大合作計劃的仲裁人。該計劃規(guī)定，賓西法尼亞鐵路公司承擔石油運輸量的47%，伊利鐵路公司和紐約中央鐵路公司各自承擔21%，巴爾的摩一俄亥俄鐵路公司承擔11%。為了進一步控制對手，丹尼爾?奧戴在1878年2月通知賓西法尼亞鐵路公司：標準石油公司將對該公司負責運輸的原油收取至少每桶20美分的折扣。這一做法早已被它強加給伊利鐵路公司和紐約中央鐵路公司。隨著全國最大鐵路公司的落敗，洛克菲勒牢牢地控制了三大鐵路公司，而在馴服湯姆?斯科特之后，再沒有哪家鐵路公司的總經理膽敢向他挑戰(zhàn)了。

這場失敗使波茨上校傾家蕩產。他的兒子回憶道：“他一直認為標準石油公司收買了賓西法尼亞鐵路公司的一些董事。別人也在議論有人受賄，可是誰也拿不出證據?！辈还茉鯓?，波茨不愿承認自己被洛克菲勒打敗的事實。艾達?塔貝爾用浪漫主義的眼光看待洛克菲勒的一些對手，把波茨上校譽為頑強不屈的烈士，石油業(yè)的“亞伯拉罕?林肯”。實際上，他只是一個有能力、有野心的生意人而已，不幸在一場權力斗爭中輸給了一個更強大的對手。19世紀80年代初，波茨不再與標準石油公司作對，在該公司下屬的全國運輸公司擔任董事。

就在人們緊盯著帝國運輸公司之戰(zhàn)時，又有一幕大戲拉開帷幕——標準石油公司從戴維?霍斯泰特博士手里收購了哥倫比亞管道公司。對洛克菲勒而言，哥倫比亞公司的并購具有深遠的戰(zhàn)略意義，因為該公司的石油運輸管線是巴爾的摩一俄亥俄鐵路公司的原油運輸生命線。哥倫比亞管道公司首先把賓西法尼亞西部生產的原油輸送到巴爾的摩一俄亥俄鐵路公司在匹茲堡的終端，再從那里經鐵路轉運至巴爾的摩的煉油廠。只要控制哥倫比亞管道公司，洛克菲勒就可以控制最后一家大型鐵路公司，也就可以無可爭議地掌握所有聯結油井和鐵路干線的輸油主管線。一句話，他要把自己的影響延伸到石油業(yè)的每個角落。在哥倫比亞公司被洛克菲勒并購之后，艾達?塔貝爾評論道：“沒有洛克菲勒的許可，一桶油都別想運到鐵路?！?/p>

到這時為止，標準石油公司打垮了克利夫蘭、費城和匹茲堡的競爭對手，紐約的幾家小煉油廠不值一提。