為使清廷鼓勵正途出身人員報考，奕等人再遞上折、片各一件，進一步闡明學習西方的必要性，強調(diào)如仍茍且偷安、不思振作，后患將不堪設想。他們斥責倭仁以“道學鳴高”，故意危言聳聽，總以“師事夷人”、“奉夷為師”指責別人，其目的無非是阻止人們報考同文館。他們聲稱，同文館雇覓洋人不過是講授天文算學，早已奏明入館學習者不修弟子之禮，該折業(yè)經(jīng)發(fā)抄，倭仁豈有不知？為什么信口開河，肆意攻擊？他們繼續(xù)將倭仁的軍：倭仁不是認為中國早有精通天文算學、船堅炮利的人才，只是沒有精心訪求嗎？他們于是提出希望朝廷下旨飭令倭仁保薦數(shù)人，即行擇地另設一館，由他督飭。清廷還真接受了奕等人的請求，發(fā)布“上諭”，要倭仁保薦幾名精通天文算學人才另行擇地設館，由倭仁負責。在這種情況下，倭仁不得不承認“意中并無精于天文算學之人，不敢妄?！保埱蟛槐亓硇性O館。但是，他仍堅持自己原來的觀點，認為天文算學只為最不重要，“并非欲自強必須講明算法也”。

在奕等人的策劃下，清廷任命倭仁在總理衙門行走，想逼使他也不能不涉及洋務。但倭仁表示堅辭，未獲批準，便稱病乞假。

當倭仁在洋務派的步步進逼下處境十分尷尬的時候，候補直隸州知州楊廷熙通過都察院遞上《請撤銷同文館以弭天變折》，以“天象示警”來為頑固派辯護。他指說今年春季以來久旱不雨，疫癘流行，是“天象示警”，“京師中街談巷議，皆以為同文館之設，強詞奪理、師敵忘仇、御夷失策所致”，認為總理衙門請求設立同文館是“不當于天理，不洽于人心，不合于眾論”，“潰夷夏之防，為亂階之倡”。為了“杜亂萌而端風教，弭天變而順人心”，必須“收回成命”，將同文館予以裁撤，或者禁止科甲正途人員報考天文算學館。他認為中國欲求自強，只需要“紀綱立，號令行，政教興”，“作忠義之氣于行間，盡教養(yǎng)之懷于民上”，則洋人雖眾，槍炮雖利，輪船雖多，亦斷不敢肆虐于中國。他強調(diào)西方國家乃中國之“敵國”與“世仇”，學習西方的自然科學知識就是“師事仇敵”，“無論偏長薄技不足為中國師，即多才多藝層出不窮，而華夷之辨不得不嚴，尊卑之分不得不定，名器之重不得不惜”。而科甲正途人員一旦使之師事仇敵，則“忠義之氣自此消矣，廉恥之道自此喪矣，機械變詐之行自此起矣。圣賢之大道不修，士林之節(jié)概不講”，后果非?？膳?。他把西學視為洪水猛獸，寧可使中國落后挨打，也決不可向敵人學習。楊廷熙自恃有倭仁為后臺，又掌握儒學正統(tǒng)“話語權”，所以在奏折中還肆無忌憚地攻擊總理衙門諸大臣，甚至直接涉及清廷最高統(tǒng)治者：“西教本不行于中國，而總理衙門請皇上導之使行”，該衙門大臣“專擅挾持，啟皇上以拒諫飾非之漸”。

頑固派不僅從抽象的理學角度反駁洋務派，而且把主張學習西方者扣上了“師事夷人”、“奉夷為師”、“師事仇敵”等類似于“里通外國”、“漢奸”等政治性大帽子，在近代中國屢被侵略的背景下，這種言辭更易激起人們的義憤。

最后，奕等人只能以自請“開去總理衙門差使”相挾?？吹絻膳蓜萃穑瑺幷撚萦?，繼續(xù)下去將使朝政癱瘓，清廷便于1867年6月30日發(fā)布“上諭”，一方面嚴批楊廷熙、倭仁等人，一方面又以“與國家休戚相關”為由，要倭仁“不應堅持己見”，與總理衙門王大臣等“和衷商酌，共濟時艱”，同時飭令奕等應“不避嫌怨，力任其難，豈可顧恤浮言，稍涉推諉”。這場爭論遂告結(jié)束。

這次歷時半年激烈爭論的結(jié)果，雙方各有得失。頑固派反對設立天文算學館的企圖畢竟沒有得逞，就此而言，洋務派勝。但在頑固派的影響下，報考同文館的人數(shù)銳減，特別是正途出身人員依然寥寥無幾。頑固派的主張在社會上得到了更廣泛的支持，形成一股相當強大的輿論力量，“京師各省士大夫聚黨私議，約法阻攔，甚且以無稽謠言煽惑人心”。名士李慈銘在日記中就寫道，“正途”人員學西學是“以中華之儒臣而為丑夷之學子，稍有人心，宜不肯就，而又群焉趨之。蓋學術不明，禮義盡喪，士習卑污，遂至于此。馴將夷夏不別，人道淪胥，家國之憂，非可言究”。一時還出現(xiàn)不少對聯(lián)：“詭計本多端，使小朝廷設同文之館；軍機無遠略，誘佳子弟拜異類為師?！薄拔赐裕刮膶??！薄翱组T弟子，鬼谷先生?！边€有作俚語笑罵的，如“胡鬧，胡鬧！教人都從了天主教！”人言籍籍，群起非難，報考天文算學館的人數(shù)更少?？偫硌瞄T1867年7月初奏稱，“兩月以來，投考之人，正途與監(jiān)生雜項人員相間……共計投考正雜各項人員九十八名”，臨時又有二十六名沒有參加考試。參加考試的七十二名中，不少是因為待遇極為優(yōu)厚才來報考，所以學生質(zhì)量很差。最后只得勉強錄取了三十名，第二年就淘汰了二十名，最后畢業(yè)的只有五名，天文算學館名存實亡，洋務派倡學自然科學知識的計劃實際嚴重受挫。所以就此而言，頑固派勝。

這次爭論的實質(zhì)，是西學的價值問題，亦即自然科學知識是否具有“普適性”。任何一種知識都產(chǎn)生于具體的“地方”，所以每種知識的源起都具有“地方性”，如果因此認為任何知識都沒有普適性，那么所謂交流、交往將沒有意義，不同文明之間根本無法溝通，人類也不可能發(fā)展進步。發(fā)端于西方的近代自然科學知識在引入中國之初被稱為“西學”，表明時人認為這只是一種地方性知識。頑固派堅決反對引入，即認為這種知識不具普適性、不應為“我”所有，而且是對“我”構(gòu)成威脅的“他者”。洋務派雖不可能清晰認識到，自然也未明言這是一種具有普適性的知識，但強調(diào)能為我用，畢竟是對其普適性的初步承認。聲光電化、天文歷算這類知識從“西學”到“科學”的名稱之變，實即“身份之變”，表明近代中國最終承認這是一種普適性知識體系?，F(xiàn)在，科學更是被提高到“科教興國”的高度。中外歷史表明，國之興衰、社會發(fā)展之快慢，與對這種普適性知識接受的難易確實大有關系。