但是，溫伯格部長的決定并沒有完全解決心理戰(zhàn)和民間事務(wù)部隊的問題。在史廷納將軍的任期內(nèi)，他解決了另一個有關(guān)這兩支部隊歸屬的長期存在的問題。國防軍的領(lǐng)導人認為，這兩支部隊只有在戰(zhàn)時才歸特別行動部隊司令部領(lǐng)導，而平時應歸屬國防軍領(lǐng)導。史廷納將軍經(jīng)過艱苦努力，促使國防部１９９３年３月通過了一項決議，正式明確了這兩支部隊的歸屬問題。這一決定確保特別行動部隊司令部在和平時期同樣有權(quán)力指揮和使用這兩支部隊，司令部全權(quán)負責它們的軍費開支、訓練、裝備和組織。

１９８７年４月１６日，海軍創(chuàng)建了海軍特別作戰(zhàn)司令部，它的下屬單位僅有海軍特別作戰(zhàn)中心（訓練司令部）。海軍第１特別作戰(zhàn)隊和第２特別作戰(zhàn)隊（海陸空三棲特種部隊即海豹部隊及特種艇部隊）沒有劃歸到特別行動部隊司令部，因為海軍方面認為這兩個部門和下屬部隊分別屬于太平洋和大西洋艦隊，因此不可能劃歸特別行動部隊司令部指揮。海軍部長詹姆斯·韋伯和海軍的高級將領(lǐng)們都認為，那樣做的結(jié)果會使海軍特戰(zhàn)部隊失去與艦隊的密切聯(lián)系。

林德塞將軍堅持認為這些駐扎在美國本土的部隊應該歸特別行動部隊司令部領(lǐng)導。他提出的理由是，海軍特別行動部隊與艦隊的聯(lián)系，不同于它們與專業(yè)特別作戰(zhàn)機構(gòu)相聯(lián)系，特種部隊司令部能夠更好地發(fā)揮這些部隊的作用，因為它們可以和其他的特種部隊協(xié)同作戰(zhàn)。１９８７年１０月２３日，溫伯格部長把天平傾向了特別行動部隊司令部一邊，他簽署命令：從１９８８年３月１日起，海陸空三棲特種部隊（海豹部隊）、特種艇部隊和海軍特別作戰(zhàn)部隊全部移交給海軍特別作戰(zhàn)司令部，到１９８８年１０月１日，這些部隊由特種部隊司令部全權(quán)負責。

空軍第２３軍是一個很特別的組織，它承擔著兩個不同但相互聯(lián)系的任務(wù)：它歸軍事空運司令部（ＭＡＣ）領(lǐng)導，又作為特別行動部隊司令部下屬的空軍單位。溫伯格部長只把第２３軍的特別行動部及下屬部隊劃歸特別行動部隊司令部，包括它的后備國防軍和空軍特別行動學校。第２３軍依然承擔著ＭＡＣ的一些任務(wù)（比如醫(yī)藥空運、營救、氣象偵察及其他緊急空運任務(wù)）。林德塞將軍希望所有的下屬單位都是同級別的指揮部門，因此這種設(shè)置就帶來了一些問題。

最初，特別行動部隊司令部希望第２３軍只擔負純粹的特別行動任務(wù)，ＭＡＣ同意這個要求。林德塞將軍最關(guān)注的是：他調(diào)整改革第２３軍的計劃必須通過ＭＡＣ才能實施，目前的行政隸屬關(guān)系，對建立國會所要求的指揮司令部是一個阻礙。他認為，解決的辦法是將第２３軍升格為空軍作戰(zhàn)指揮部，空軍參謀長蘭瑞·威爾士同意了這個方案。１９９０年５月２２日，空軍第２３軍成為空軍特別行動司令部（ＡＦＳＯＣ）。軍費預算和項目發(fā)展，對國會和林德塞將軍來說，ＭＦＰ－１１財政計劃意味著特種部隊在軍費預算上擁有特權(quán)。盡管《努·考安修正案》所催生的ＭＦＰ－１１財政計劃是專門針對特種部隊的軍費預算，但對法律條文可以有不同的解釋，國防部的一些辦公室認為，新的司令部不應該有自己的計劃項目備忘錄。林德塞將軍和其他一些人持相反的意見，經(jīng)過艱苦的努力，司令部終于爭得了做預算和計劃項目備忘錄的權(quán)力。但爭論一直在繼續(xù)，直到１９８８年９月，參議員努·考安對國會的意圖作了闡述：法律明確表明，特別行動部隊司令部司令有權(quán)單獨制定項目計劃備忘錄。同月，國會頒布了《公共法１００－４５６》，明確規(guī)定特別行動部隊司令部總司令直接向國防部長提交計劃項目備忘錄。

１９８９年１月２４日，國防部長助理威廉·達福特簽署備忘錄，使特別行動部隊司令部擁有基于ＭＦＰ－１１的預算權(quán)。隨后，１９９０年１０月１日，國防部長辦公室將ＭＦＰ－１１的選擇權(quán)授予特別行動部隊司令部。１９９１年１０月，又授予其對ＭＦＰ－１１的全部權(quán)力。至此，在美軍歷史上，一個兵種的總司令首次有權(quán)作出軍費預算和計劃項目備忘錄。