就在倉央嘉措出生的前一年，西藏歷史上功績(jī)最為顯赫的五世達(dá)賴?yán)锪_桑嘉措抱憾離世。五世達(dá)賴曾借助蒙古和碩特部勢(shì)力統(tǒng)一西藏核心地區(qū)，確立了藏傳佛教格魯派在雪域高原的主導(dǎo)地位。 1636 年，駐牧在天山南麓的和碩特部蒙古首領(lǐng)固始汗起兵南下，先后消滅了盤踞在青海與格魯派為敵的卻圖汗部和康區(qū)的白利土司，并隨后進(jìn)軍西藏，在以五世達(dá)賴?yán)餅槭椎母耵斉傻闹С窒?，推翻了藏巴汗政?quán)，建立起和碩特汗王與達(dá)賴?yán)锕餐I(lǐng)導(dǎo)的管理西藏地方事務(wù)的“甘丹頗章政權(quán)”，格魯派最終取得了在西藏社會(huì)一枝獨(dú)大的局面。

隨后，為了鞏固局勢(shì)，西藏的蒙、藏領(lǐng)袖們積極地向新崛起的清政權(quán)靠攏。1644 年，清軍入關(guān)定都北京，順治皇帝派員入藏迎請(qǐng)達(dá)賴入覲。順治九年（1652年）二月，五世達(dá)賴及隨從三千人從拉薩動(dòng)身，清廷派了專員和護(hù)軍沿途照料。十二月，五世達(dá)賴至京師，順治皇帝在南苑設(shè)宴洗塵，此后不但令親王、郡王依次設(shè)宴款待，還特地修建了黃寺作為達(dá)賴留京時(shí)的駐錫之所。

達(dá)賴在京逗留兩個(gè)月，于順治十年（1653年）二月請(qǐng)辭回藏。順治帝準(zhǔn)其所請(qǐng)，在太和殿賜宴餞行，又賜鞍馬、金銀、珠寶、緞匹等物，命和碩承澤親王等親率八旗兵丁護(hù)送達(dá)賴至代噶。是年五月，清帝敕封五世達(dá)賴為“西天大善自在佛所領(lǐng)天下釋教普通瓦赤喇怛喇達(dá)賴?yán)铩狈馓?hào)，并將頒給他的金冊(cè)、金印派專人送往代噶。自此，達(dá)賴?yán)锏姆馓?hào)和在西藏的宗教地位，得到了清朝的正式確認(rèn)，以后歷世達(dá)賴都必須經(jīng)過中央政府冊(cè)封，遂成了一項(xiàng)制度。

在冊(cè)封達(dá)賴?yán)餅樽诮填I(lǐng)袖的同時(shí)，清朝冊(cè)封西藏實(shí)際的政治掌權(quán)人固始汗為“遵行文義敏慧固始汗”，也頒賜了金冊(cè)、金印，讓他“作朕屏輔，輯乃封圻”。宗教和政治兩大領(lǐng)袖雙峰并存的格局，也為日后蒙藏集團(tuán)的權(quán)力爭(zhēng)斗埋下了伏筆。隨著西藏局勢(shì)的穩(wěn)定和格魯派地位的鞏固，五世達(dá)賴?yán)飳?duì)蒙古人總攬西藏行政大權(quán)的現(xiàn)狀日益不滿，利用各種手段對(duì)固始汗的權(quán)力進(jìn)行侵蝕。

五世達(dá)賴得到清朝的冊(cè)封回西藏后，一面向皇帝上表謝恩，一面憑借清政府的支持，繼續(xù)擴(kuò)大格魯派寺院集團(tuán)勢(shì)力，強(qiáng)化自己的影響，并在甘丹頗章地方政權(quán)中進(jìn)行滲透。

實(shí)際上，和碩特蒙古人在西藏的統(tǒng)治地位之所以能夠形成，很重要的一個(gè)前提是西藏格魯派在政治、軍事上對(duì)他們的依賴。藏傳佛教格魯派自15 世紀(jì)誕生以來，一直和西藏其他教派進(jìn)行競(jìng)爭(zhēng)和斗爭(zhēng)。通過三世達(dá)賴索南嘉措以來與俺答汗的聯(lián)盟以及對(duì)和碩特蒙古人刀槍的仰仗等，格魯派最終在西藏得到了不可侵犯的神圣地位，而和碩特蒙古人則登上了藏王寶座，兩者似乎都如愿以償。

但是，昔日號(hào)令西藏佛教諸宗的噶瑪噶舉派被趕下臺(tái)以后，長(zhǎng)期不甘心失敗，召聚自己的信徒和施主們一再反抗，把矛頭指向達(dá)賴?yán)锱c和碩特蒙古汗。同時(shí)，臨近的不丹法王兼國(guó)王主巴噶舉首領(lǐng)時(shí)附時(shí)叛，西藏局勢(shì)并不穩(wěn)固。在聯(lián)合抗擊內(nèi)外反對(duì)勢(shì)力的過程中，藏傳佛教格魯派僧侶集團(tuán)與和碩特蒙古貴族在一個(gè)比較長(zhǎng)的時(shí)期里保持著密切的關(guān)系?！　∪欢?，經(jīng)過和碩特蒙古部固始汗、達(dá)延汗和達(dá)賴巴圖爾等汗王的經(jīng)營(yíng)，后藏復(fù)辟勢(shì)力完全被擊敗，格魯派在西藏的地位越來越穩(wěn)固。同時(shí)，通過打擊和征服域外反對(duì)勢(shì)力，收復(fù)阿里地區(qū)，西藏呈現(xiàn)出穩(wěn)定的局勢(shì)。在這種情況下，對(duì)以達(dá)賴?yán)餅槭椎奈鞑貏?shì)力來講，和碩特人似乎已經(jīng)完成了他們的歷史使命，蒙藏統(tǒng)治集團(tuán)聯(lián)盟日趨瓦解。

1668 年初，固始汗之子達(dá)延汗去世后，其六弟達(dá)賴巴圖爾行使汗權(quán)。這年5月，當(dāng)時(shí)擔(dān)任第巴的丕凌列札木蘇去世。由于汗位空缺，按照汗廷的慣例，第巴之位也空懸了一年。由于第巴是具體負(fù)責(zé)行政事務(wù)的，不能不設(shè)，于是1669 年8月，五世達(dá)賴?yán)锍藱C(jī)命其崔本羅卜藏圖多布為第巴，并從此掌握了最高辦事官員“第巴”的任命權(quán)。對(duì)此，蒙古達(dá)賴汗于1671 年即位后，也只好予以承認(rèn)。