蔡元培了解中外教育制度，而且主持過全國的教育工作?？梢哉f他是五四時期中國極少數(shù)具有系統(tǒng)教育思想和理論的教育家，尤其是對高等教育，從教育宗旨、教育內(nèi)容、教育體制，都有一整套的設(shè)想，他也是懷著這一整套設(shè)想去改革北大的。因而他一到任就能大刀闊斧，將改革全面鋪開。

首先是學(xué)科體制改革。

蔡元培非常強(qiáng)調(diào)大學(xué)的學(xué)理性質(zhì)，認(rèn)為大學(xué)是以培養(yǎng)研究高深學(xué)問的學(xué)者為目的的。他認(rèn)為：“所謂大學(xué)者，非僅為多數(shù)學(xué)生按時授課，造成一畢業(yè)生之資格而已也，實以為共同研究學(xué)術(shù)之機(jī)關(guān)?！弊鳛榇髮W(xué)，就應(yīng)該圍繞研究學(xué)術(shù)這一核心，設(shè)置合理的學(xué)科。對于“學(xué)術(shù)”二字，應(yīng)該有深刻的理解?！皩W(xué)與術(shù)可分為二個名詞，學(xué)為學(xué)理，術(shù)為應(yīng)用?！彼J(rèn)為工商、法律、醫(yī)學(xué)等科目，既講學(xué)理又講適用，均為術(shù)，只有純粹的科學(xué)與哲學(xué)，才是學(xué)。他雖然認(rèn)為“學(xué)必借術(shù)以應(yīng)用，術(shù)必以學(xué)為基本，兩者并進(jìn)始可”，但又強(qiáng)調(diào)“學(xué)應(yīng)該重于術(shù)”，“以學(xué)為基本，術(shù)為支干”，而在基礎(chǔ)理論和應(yīng)用學(xué)科之間，應(yīng)該重“純粹的科學(xué)”研究。他主張在高等教育中要有所分工，“治學(xué)者可謂之‘大學(xué)’，治術(shù)者可謂之‘高等專門學(xué)?！?。兩者有性質(zhì)之別，而不必有年限與程度之差?！北本┐髮W(xué)既然稱大學(xué)，而且是全國唯一國立大學(xué)，就應(yīng)該致力于把它辦成研究學(xué)理的中心。

1919年，蔡元培在北大進(jìn)行了學(xué)科體制上的第二個重大改革——“廢門改系”。設(shè)立學(xué)系的思想動因，基于蔡元培對近代科學(xué)發(fā)展的理解和認(rèn)識。他從科學(xué)演變的歷史及其發(fā)展趨勢，看到了學(xué)科之間相互滲透和相互影響的特點，認(rèn)為“文理是不能分科的”，例如文科的哲學(xué)，必植基于自然科學(xué)，而理科學(xué)者最后的假定，亦往往牽涉哲學(xué)。從前的理學(xué)屬于哲學(xué)，而現(xiàn)在用實驗法，應(yīng)列入理科。地理學(xué)的人文方面，應(yīng)屬文科，而地質(zhì)、地文方面則屬于理科。歷史學(xué)自有史以來，屬于文科，而推原于地質(zhì)學(xué)的冰期與宇宙生成論，則屬于理科。教育學(xué)和美學(xué)，也漸用實驗法，有同一趨勢。他指出，許多專門學(xué)者，不明了科學(xué)發(fā)展的趨勢，不明白各學(xué)科之間的相互關(guān)系，以至存在“專己守殘之陋見”。如“治文學(xué)者，恒蔑視科學(xué)，而不知近世文學(xué)，全以科學(xué)為基礎(chǔ)；治一國文學(xué)者，恒不肯兼涉他國，不知文學(xué)之進(jìn)步亦有資于比較。治自然科學(xué)者，局守一門而不肯稍涉哲學(xué)，而不知哲學(xué)即科學(xué)之歸屬，其中如自然哲學(xué)一部，尤為科學(xué)家所需要；治哲學(xué)者，以能讀古書為足用，不耐煩于科學(xué)之實驗，而不知哲學(xué)之基礎(chǔ)不外科學(xué)，即是超然之玄學(xué)，亦不能與科學(xué)全無關(guān)系”（見《北京大學(xué)月刊發(fā)刊詞》）。他進(jìn)一步認(rèn)為這種認(rèn)識的局限，造成了大學(xué)文理科學(xué)生培養(yǎng)上的流弊，“文科之史學(xué)、文學(xué)，均與科學(xué)有關(guān)，而哲學(xué)則全以自然科學(xué)為基礎(chǔ)，乃文科學(xué)生，因與理科隔絕之故，直視自然科學(xué)為無用，遂不免流于空疏。理科各學(xué)，均與哲學(xué)有關(guān)，自然哲學(xué)，尤為自然科學(xué)之歸宿，乃理科學(xué)生，以與文科隔絕之故，遂視哲學(xué)為無用，而陷于機(jī)械的世界觀?！彼鲝堃谕ㄎ睦韮煽浦缦?，主張學(xué)生文理兼習(xí)。學(xué)文科者，不可不兼習(xí)理科之某種。如學(xué)史學(xué)的，兼學(xué)地質(zhì)學(xué)；學(xué)哲學(xué)的，須兼習(xí)生物學(xué)等。而學(xué)理科的，不可不兼習(xí)文科的某些門，如哲學(xué)史、文明史之類。