布拉諾夫在法庭上曾經(jīng)這樣指控亞戈達，他聲稱亞戈達擔心葉若夫知道他組織殺死了基洛夫，所以要斬草除根，把葉若夫干掉。布拉諾夫描繪得繪聲繪色，他說亞戈達被撤銷職務之后，就在葉若夫工作和生活的區(qū)域噴灑毒藥。布拉諾夫聲稱亞戈達要求他本人把汞和酸兌起來，然后另外一名同伙薩沃萊年，則把這些溶液噴灑在葉若夫辦公的窗戶、桌子、走廊、地毯上。

不過也有一種說法是葉若夫自己用這種溶液，把自己的地盤灑了個遍，然后他把可出入自己辦公室的薩沃萊年一頓毒打，最后屈打成招，薩沃萊年終于承認是亞戈達指使他這么干了。

葉若夫還指使布拉諾夫證明亞戈達是一名間諜，用布拉諾夫的話來說，亞戈達對希特勒《我的奮斗》這本書贊譽不絕，而且他說，布哈林在他手下將不會比戈培爾差，如果有這樣一個戈培爾式的秘書和完全聽命于他的中央，他作為人民委員會主席將會按照自己的意愿管理國家。這相當于直接說亞戈達不但是間諜而且有篡權(quán)的想法。

權(quán)傾一時的葉若夫只用這兩個證據(jù)就足以將亞戈達拿下了。亞戈達聽了這些指控之后，曾經(jīng)請求斯大林對其寬恕，他向法官們表明，自己付出了多少努力，做了多少重大項目，但是這一切已經(jīng)徒勞無益了，斯大林做了決定的事情，很難有回旋的余地了。

1938年3月15日凌晨，亞戈達被槍決。一起被槍決的還有從事密碼工作，負責軍中反間諜工作，打擊運輸業(yè)破壞活動，打擊工業(yè)破壞活動，打擊敵對政黨，負責保衛(wèi)政治局、跟蹤、逮捕和搜查工作的一干人等。

但是，事情還沒有完。

亞戈達的妻子被判處6年勞改，他的父母也受到牽連。在那個紅色恐怖盛行的歲月，幾乎人人自危。亞戈達的一家在這件案子中都受到了牽連。而在幾年前，他還是那么風光。他的家族中，哥哥和弟弟都死于非命，他的父親也一直在為布爾什維克做貢獻。亞戈達的父親在亞戈達被槍決之后，給斯大林寫過信，要跟亞戈達撇清關(guān)系。當然政治不是兒戲，他父親要求“在幸福的蘇維埃國家里平靜地度過自己現(xiàn)在已經(jīng)不長的余生”的請求，也被駁回了。亞戈達的父母親也被捕了。

幾個月后，被判處6年勞改的亞戈達妻子，又被改判直接槍決。而亞戈達的父母親則在監(jiān)禁期間死亡。

不過總的來說，亞戈達雖然悲哀，但是葉若夫也沒有什么值得自豪的，他們兩個也不過都是斯大林制度的犧牲者。亞戈達被槍決之后不久，也就是1938年4月8日，葉若夫兼任水運人民委員。這個崗位比起葉若夫之前擔任的重要崗位而言，是次要崗位了。這就像個魔咒一樣，當你從主要崗位調(diào)動到次要崗位，那么意味著時日不早了。那是一個大大的漩渦，意味著滅亡，這在意料之外，又在情理之中。