正因為窺見了計劃經(jīng)濟的缺陷，吳敬璉日后才義無反顧地倡導市場經(jīng)濟。不過這時的他并沒有接觸市場經(jīng)濟思想，只是對現(xiàn)狀產(chǎn)生了懷疑，備感苦悶、困惑。與此同時，政治上的遭遇也令他焦灼不安。1956年初，周恩來總理提出“向現(xiàn)代科學進軍”的口號，經(jīng)濟所的青年們積極響應，卻遭到上級部門壓制，吳敬璉替被批判的烏家培說了幾句話，也成了被批判的對象。

風波過后，吳敬璉抑制住內(nèi)心的懷疑，以空前的熱情投入到計劃經(jīng)濟理論的論證當中，由于他根底深厚、頭腦聰敏，很快便脫穎而出，成為那一批青年經(jīng)濟學者中的佼佼者。

作為“向組織靠攏”的積極分子，吳敬璉有機會參與他生平最重要的一場論戰(zhàn)。由于研究能力出眾，吳敬璉得以擔任“理論反擊員”的角色，而他的對立面正是他的師長--當時經(jīng)濟所的所長孫冶方。此人是一個有著獨立精神的經(jīng)濟學者，屬于最早意識到計劃經(jīng)濟弊端并公開批判的那一批人。他和另一位經(jīng)濟學者顧準第一次提出應按照價值規(guī)律發(fā)展國民經(jīng)濟，對當時的計劃經(jīng)濟體制構(gòu)成挑戰(zhàn)，為保守派所不容。

嚴格意義上講，這不是市場規(guī)律與行政管控在中國的第一次交鋒，但卻是最引人矚目的一次，圍繞經(jīng)濟體制問題，日后經(jīng)濟理論界還會出現(xiàn)數(shù)十次論戰(zhàn)，而這一次，令吳敬璉終生難忘。

1964年秋天的一次座談會上，主張按照價值規(guī)律辦事的孫冶方成為批判的對象，隨后升級為猛烈批斗，他被戴上“中國最大的修正主義者”的帽子，還因有“里通外國”的重大嫌疑，被撤銷黨內(nèi)一切職務(wù)，每天打掃廁所。期間，作為理論上的反攻，吳敬璉、陳吉元與周叔蓮聯(lián)合署名發(fā)表《社會主義生產(chǎn)目的不容歪曲》一文，提出“生產(chǎn)要么是為了利潤，這就是資本主義生產(chǎn)；要么是為了滿足社會需要，這就是社會主義生產(chǎn)”。這顯然是在針對孫冶方所言的價值規(guī)律。

如果說對孫冶方的批判是形勢所迫和理論分歧，那么隨后爆發(fā)的“文化大革命”不僅讓吳敬璉對形勢有了更清醒的認識，還無意中給他提供了一個重新審視已有經(jīng)濟理論的機會。

1969年，林彪下達備戰(zhàn)“一號命令”。中科院各學部響應號召，全體人員集體下放，經(jīng)濟所所有人員下放河南息縣“五七干校”。吳敬璉與另一位“老右派”顧準被分到了同一個排里。