1982年，夏天即將結(jié)束的時候，“農(nóng)發(fā)組”建制，并入中國社科院農(nóng)業(yè)經(jīng)濟研究所。這樣一來，身為組員的周其仁變成農(nóng)業(yè)經(jīng)濟研究所的一名研究員，他戲稱自己還未正式畢業(yè)就被“分配”了。無疑，這個去處正是他所向往的。

年屆70歲的杜潤生成為“發(fā)展組”的直接領(lǐng)導(dǎo)，在他的帶領(lǐng)下，周其仁等進行了大量實地調(diào)研，對農(nóng)村問題有了更加專業(yè)的認知，“農(nóng)發(fā)組”成員迅速成熟，成為研究農(nóng)村問題的主力。

此后，其中一部分人組建經(jīng)濟體制改革研究所，其他人組建農(nóng)村發(fā)展研究所。杜潤生是這兩個所的主任，但他總是站到年輕人的身后。在杜潤生的帶領(lǐng)下，資歷尚淺的周其仁得以參與中央農(nóng)村政策的制定，不僅為以后的研究奠定基礎(chǔ)，更確立了奉守一生的實地調(diào)查的研究方法。

或許早年的遭遇留下太過深刻的印象，周其仁關(guān)心時勢，但不熱衷于政治。即便如此，周其仁還是異常嚴謹?shù)貐⑴c了杜潤生領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)村政策的起草工作。有一年，中央農(nóng)村“一號文件”寫出來，杜潤生指派周其仁到國務(wù)院印刷廠擔(dān)任最后校訂。這樣一來，他以非黨員的身份，“過目”了這份黨內(nèi)文件。多年后每當回憶至此，周其仁仍會大發(fā)感慨，自稱“生逢其時”，“不經(jīng)意間走進一個書本上沒有的學(xué)問天地”。

漸漸地，這些年輕人闖出一些名堂，“農(nóng)發(fā)所”的招牌越發(fā)響亮，成為京城眾多研究機構(gòu)中小有名氣的一個，很有些神秘色彩。

這是周其仁學(xué)術(shù)生涯中最單純快樂的時期。一有機會，他就和同事下鄉(xiāng)考察，回來之后寫成研究報告。

1986年，周其仁和戴小京合作完成《農(nóng)民、市場與制度創(chuàng)新》一文，著重分析了農(nóng)村產(chǎn)權(quán)改革問題，首次提出農(nóng)戶土地經(jīng)營權(quán)的“法律表現(xiàn)”，如果“所有制的革新變化得不到相應(yīng)的法律肯定，倒退也就難以制止”。不但如此，周其仁和戴小京還提出一個更大膽的建議：“農(nóng)民家庭土地經(jīng)營權(quán)的重建，使整個國民經(jīng)濟的運轉(zhuǎn)體制變得不適應(yīng)，因而需要根本的全盤變革?！?

從這篇文章中不難發(fā)現(xiàn)周其仁早年經(jīng)歷的影子。當產(chǎn)權(quán)問題的思考上升到全社會層面的時候，他需要更加廣闊的視野來論證自己的論斷。

第二年，加州大學(xué)洛杉磯分校留學(xué)生肖耿到農(nóng)發(fā)所訪問，周其仁請求他回到美國后給自己郵寄一些產(chǎn)權(quán)方面的原版文獻。此后幾年，周其仁在實地調(diào)查和閱讀中度過。每逢下鄉(xiāng)，他都會背上肖耿寄回的文獻，一面走訪、調(diào)研，一面學(xué)習(xí)國外的理論。由于英文不好，幾位同事就幫他把文獻翻譯成中文。