這年年底，中共南方局書記周恩來寫信要黃文杰到重慶接受新的工作。由于緊張和勞累，黃文杰染病在身，且非常虛弱。但他還是在聽到召喚后，和周惠年歷盡艱險輾轉到渝。

此時，周惠年已經懷有五個月的身孕，她看黃文杰經常奔波于各地，工作如此緊張，整個時局又處于動蕩不安狀態(tài)，感到生兒育女大不合時宜。特別是在幾年間她兩度失去丈夫，生育的兩個孩子都沒有了父親，便不禁油然生出這個孩子是否也會有一天成為孤兒的憂慮。她不愿再面對這殘酷的可能，就與黃文杰商量，做掉胎中的孩子。

黃文杰與周惠年有過較長時間的接觸，對妻子的想法十分理解和尊重。于是，周惠年懷著異常復雜和沉重的心情，做了墮胎的手術。此后不久，她和許多在重慶工作的干部，根據組織的安排分別登上幾輛搖搖晃晃的汽車，向陜北進發(fā)。

周惠年終于到了延安。延安天高云淡，不似重慶時有迷霧和陰霾。這里是中共控制的地區(qū)，不必像在國民黨統治區(qū)從事地下工作那樣，要把自己的信念、把喜怒哀樂都埋藏在心底，她感到一種前所未有的輕松愉快。

不久，她被送到設在大殿溝的中央馬列學院，成為馬列學院的第六期學員。她又一次得到她幼年時就渴望的讀書機會。自從投身革命后，她就無暇認真地讀書了。在蘇州反省院倒有時間，她在那兒讀了《紅樓夢》等古典小說，此外院方只提供“三民主義”的書，她未能學習更多的知識。在馬列學院，她才較多地接觸到革命的理論，這種學習生活令她欣喜和滿足。

1940年中秋，本是依中國傳統家人團圓之時，可周惠年卻蒙受了感情歷程的第三次打擊。原本患有肺病、又飽受監(jiān)獄折磨的黃文杰，由于積勞成疾染上傷寒。一天，日軍飛機轟炸重慶，他在又潮又陰冷的防空洞內躲了很久，受涼發(fā)高燒，經搶救無效，不幸逝世。

消息傳到延安，周惠年又一次陷入深深的悲痛之中，然而，讓她稍感慰藉的是，中國共產黨充分肯定了黃文杰獻身革命的一生。尚在十八集團軍駐重慶辦事處的周恩來、董必武、鄧穎超等親為黃文杰送葬；《新華日報》、《群眾》均出專版紀念“對黨無限忠誠，對人對事大公無私”的黃文杰。葉劍英在其悼念文章中，稱贊黃文杰“做事負責認真，有駱駝般精神”。

從延安馬列學院學習結業(yè)后，周惠年就在中共中央機關工作，周恩來回到延安后，曾經兩度在重要場合表揚過周惠年，高度評價她當年在白區(qū)的地下工作和她為革命做出的默默奉獻。

新中國成立后，周惠年在中共中央書記處政治秘書室任行政秘書，后調到中共中央馬恩列斯著作編譯局工作。