清宮御藥房系仿明制而建，設立的時間是順治十年（１６５３），設立之初屬太醫(yī)院。為設立御藥房的事，順治皇帝還和大臣發(fā)生了一場爭執(zhí)。當時有個叫郭一鹍的禮部官員出面反對設立御藥房。他大發(fā)宏論說，設御藥房會使皇上傾心于醫(yī)藥，不能集中精力關(guān)注國事。身為帝王，只要減少嗜好和欲望，省去游樂，多和大臣接觸，集中精神關(guān)注政事和學問，就會理義深入人心，政治清和開明，國家強大興盛，區(qū)區(qū)醫(yī)藥的作用何足道哉！他的這番牛頭不對馬嘴的“高論”，被順治帝斥為“胡說八道，顯然是想借此機會沽名釣譽，著有關(guān)部門討論從重處理！”（“妄端進奏，顯系借此沽名，著從重議處?！保┙Y(jié)果，郭一鹍獲“降一級調(diào)外用”的處分。自此，清廷的御藥房才建立起來。

清朝的御藥房是一個龐大的機構(gòu)，有“外藥房”和“內(nèi)藥房”之分。外藥房給各宮太監(jiān)及管事們供藥；內(nèi)藥房才是專門負責給皇帝、后妃供藥的，同時兼管制藥、煎藥。大約在同治年間，宮廷里還設了專門為后妃服務的壽藥房。

清朝的御藥房雖然有一段時間歸太醫(yī)院管，但以內(nèi)務府管轄的時間最長。后來，因為宮內(nèi)用藥量日漸增加，御藥房又下設內(nèi)宮藥房，乾清宮、儲秀宮、寧壽宮、壽康宮、壽安宮、永和宮等都設有內(nèi)宮藥房。此外，在各行宮，如圓明園、頤和園及承德避暑山莊等處也設有藥房。各藥房都可向同仁堂派差。現(xiàn)存的御藥房檔案中記載了大量同仁堂向御藥房提供中藥材和中成藥的情況。其中有幾百種同仁堂的仿單。仿單是廣告或藥物說明，有一種仿單，就意味著御藥房曾進過這種藥。此外還有同仁堂為宮廷提供各種差役的記錄。

這些藥物既然是供帝王后妃所用，要求自然就很高，要“地道、上等、純潔”。但是清宮似乎并沒有自己的用藥規(guī)格。研究清代宮廷醫(yī)學的專家關(guān)雪玲在其《清代宮廷醫(yī)學與醫(yī)學文物》一書中指出：“提到清宮用藥的重要依據(jù)，有這樣一種說法：‘宮廷用藥與民間不同，在規(guī)格上十分講究。如根莖類地黃、白芍等要用枝條粗壯的；而肉桂則要用肉厚油足的；種子類的藥材，如砂仁、蔻仁則須用成仁飽滿的……凡不符合規(guī)格的都不能在宮中使用?！鋵?，這種關(guān)于藥材規(guī)格的要求指的并不是清宮，而是同仁堂的選購藥材的準繩，至于清宮用藥的規(guī)格，目前尚未發(fā)現(xiàn)有文字記載?！币簿褪钦f，清宮的用藥規(guī)格實際上以同仁堂的標準為標準，至多再嚴格一些而已。

“供奉御藥”有一套嚴格、繁瑣的程序。每次進藥，都要由御藥房的兩名吏目負責驗收。有時，所進的藥材還要由皇帝御覽后，才交御藥房保管。至于從交藥、入庫到最后“赴廣儲司領銀”，更是要層層審批，因此形成的“粘單”（類似于今天的“三聯(lián)單”、“五聯(lián)單”等），有的竟長達數(shù)尺。

為了保證萬無一失，清廷還設立了來往于宮廷和同仁堂之間的專職人員，這種人被稱為“藥商”。

同治四年（1865）八月的一天，崇文門前等待過關(guān)的車馬人員排起了長隊。因為商販必須在“崇文門商稅事務衙門”交稅后才能進城，因此，這里常常是長龍成陣。就在這時，一輛騾車竟然繞過長長的隊伍，徑直往城門而來，一些正在等待進城的人嚷了起來：“嘿，怎么不守規(guī)矩！”