華盛頓為了促使蘇聯(lián)參加對日作戰(zhàn)，卻又不愿意以犧牲美、蘇關(guān)系為代價來扶助一個腐敗的國民黨政府。羅斯福曾告訴孔祥熙，如果中國同蘇聯(lián)鬧糾紛的話，在目前這種情況下，美國無法提供任何幫助。結(jié)果，國民黨的反蘇情緒暫時被抑制下去了。國民黨官員似乎已經(jīng)形成這樣一種認識：當戰(zhàn)爭正在進行之際，抱怨來自蘇聯(lián)的威脅，那是非常愚蠢而危險的?，F(xiàn)在說蘇聯(lián)的不是，對國民黨沒有多大好處。

這個時候，新疆問題對中蘇關(guān)系無疑是一個嚴峻考驗。蘇德戰(zhàn)爭爆發(fā)后，蘇聯(lián)在戰(zhàn)爭初期遭遇了極大困難。新疆的盛世才以為蘇聯(lián)可能支撐不住了，在國民黨政府的拉攏下，于1942年8月投靠了蔣介石，迫使蘇聯(lián)的勢力退出新疆。蔣介石把新疆的歸順稱為“國民政府成立以來最大之成功”。中蘇關(guān)系也由此降到了自“九一八”事變以來的低谷。

1944年春夏，白俄羅斯戰(zhàn)役結(jié)束，蘇聯(lián)對德戰(zhàn)爭的勝利局勢已基本確定。莫斯科開始考慮對日作戰(zhàn)的問題了，斯大林已決定派遣華西列夫斯基元帥指揮蘇聯(lián)遠東部隊。蘇聯(lián)又有時間和精力策劃對新疆的卷土重來。在組織上，蘇聯(lián)積極幫助新疆少數(shù)民族建立各種秘密團體。在軍事方面，蘇聯(lián)向新疆少數(shù)民族反抗組織提供了大量武器，還在蘇聯(lián)境內(nèi)為武裝暴動培訓軍事干部，甚至派遣軍事顧問直接參與對新疆游擊活動的領導和組織。蘇聯(lián)在阿拉木圖和安集延建立了兩個軍事基地，專門訓練逃亡到蘇聯(lián)境內(nèi)的新疆少數(shù)民族反抗人士。阿拉木圖基地負責正規(guī)戰(zhàn)訓練，安集延基地負責游擊戰(zhàn)。1944年4月上旬，蒙古人民共和國領導人喬巴山來到新疆青河縣，會見了當?shù)胤纯菇M織首領，給他們派來了一批軍事顧問，還運送了武器彈藥。在阿山暴動過程中，他們不斷從蒙古得到大批武器。

對于蘇聯(lián)重新染指新疆的行為，蔣介石的態(tài)度起初十分強硬。他甚至調(diào)兵遣將，準備不惜同蘇聯(lián)一戰(zhàn)。同時，蔣介石還向羅斯福告斯大林的狀，希望美國對蘇聯(lián)施加壓力。3月17日，蔣介石致電羅斯福，說他對標有蘇聯(lián)徽記的飛機對外蒙古邊境上的新疆軍隊進行攻擊深感不安。他警告說：不能簡單地把這看作是一種地方性事件，而應當把它看成是“對蘇聯(lián)當前和未來的遠東政策的極其重要的說明”。蔣介石還告訴羅斯福，他對新疆、俄國人、外蒙古和中國共產(chǎn)黨使中國布爾什維克化的意圖感到焦慮。