6月4日，衫村急電東京，報(bào)告：“昨夜在袁世凱敦促下，朝鮮政府正式交付了請(qǐng)求清國(guó)出兵的公文。清國(guó)北洋水師威海衛(wèi)基地已經(jīng)出航四艘軍艦駛向天津，為赴朝清兵的商船護(hù)航，日本政府應(yīng)迅速對(duì)應(yīng)派遣軍隊(duì)進(jìn)駐朝鮮?！鼻鍑?guó)政府對(duì)朝鮮事態(tài)的快速反應(yīng)，引起日本政府的高度警覺(jué)，政府根據(jù)臨時(shí)內(nèi)閣會(huì)議作出的出兵議案，決定搶先完成在朝鮮的軍事部署。

6月5日，日本戰(zhàn)時(shí)大本營(yíng)在參謀本部?jī)?nèi)設(shè)立，下達(dá)向朝鮮增派混成旅團(tuán)的動(dòng)員令。歸國(guó)休假中的駐朝公使大鳥(niǎo)圭介，依照政府對(duì)朝鮮的既定方針，緊急湊集70名海軍陸戰(zhàn)隊(duì)員趕赴朝鮮。在仁川港與停泊在那里的5艘日艦匯合，臨時(shí)從各艦抽調(diào)海軍隊(duì)員加入先遣陸戰(zhàn)隊(duì)，組成總員488名的臨時(shí)戰(zhàn)斗序列，趕往京城日本領(lǐng)事館。伊藤首相考慮到日清兩國(guó)外交上的均衡，不贊成派遣大規(guī)模軍隊(duì)赴朝。但軍方強(qiáng)硬派主張必須打敗清國(guó)在朝鮮的軍事力量，雪“甲申事變”日本敗北之恥，把清國(guó)勢(shì)力趕出朝鮮。伊藤對(duì)清國(guó)一貫的弱勢(shì)外交，在國(guó)會(huì)內(nèi)早已讓許多人感到厭倦，正在組織力量試圖推翻伊藤內(nèi)閣。伊藤?zèng)]有別的選擇只能順應(yīng)軍方的要求，采取承諾對(duì)應(yīng)的立場(chǎng)。

6月12日至18日，混成旅團(tuán)第一批先發(fā)部隊(duì)完成了仁川登陸的軍事行動(dòng)。23日混成旅團(tuán)主力包圍京城，28日混成旅團(tuán)全部登陸完畢，兵員增至8,000名，超過(guò)牙山清軍2,000名的兵力數(shù)量。在清日兩國(guó)朝鮮出兵問(wèn)題上，日本的情報(bào)準(zhǔn)確、對(duì)應(yīng)迅速、兵力占明顯優(yōu)勢(shì)。從地理位置上來(lái)看，清軍駐防牙山偏僻之地，孤兵獨(dú)處，前后無(wú)援。日軍駐防京城，兵臨城下控制京畿，朝鮮近海日艦巡航警戒，兩國(guó)第一輪軍事對(duì)峙日本占據(jù)了絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。

外交紛爭(zhēng)

清國(guó)出兵朝鮮的決定，啟動(dòng)了清日兩國(guó)十年前簽訂的《天津條約》中之約定，“今后朝鮮國(guó)若有重大變亂事件，清日兩國(guó)如要派兵，須事先相互行文知照?！?月6日，外務(wù)省電信課截獲李鴻章指示駐日公使汪鳳藻，知會(huì)日本政府清國(guó)出兵的電報(bào)。6月7日，清國(guó)駐日公使汪鳳藻向日本外相遞交照會(huì)公文，文中聲明：“此番清國(guó)派兵援助朝鮮乃我朝保護(hù)屬邦之舊例，清國(guó)政府依據(jù)1885年清日《天津條約》中第三條規(guī)定，特知會(huì)日本政府?！?/p>

日本外相立即回復(fù)照會(huì)：“承知貴國(guó)出兵朝鮮，但日本歷來(lái)不承認(rèn)朝鮮是清國(guó)屬國(guó)。日本政府為應(yīng)對(duì)朝鮮之亂，保護(hù)本邦在朝居民安全，也準(zhǔn)備向朝鮮派出若干軍隊(duì)?！?日，清國(guó)總理衙門再致照會(huì)日本：“清國(guó)保護(hù)屬國(guó)之行動(dòng)，乃應(yīng)朝鮮政府鎮(zhèn)定國(guó)內(nèi)民亂之請(qǐng)求。然貴國(guó)派兵僅為保護(hù)居留民安全，故無(wú)需派遣大軍入朝并不得進(jìn)入朝鮮內(nèi)地?！比毡揪芙^了清國(guó)的要求，表示“日本派遣軍隊(duì)入朝，是根據(jù)日朝《濟(jì)物浦條約》主旨以及日清《天津條約》之約定，屬于條約分內(nèi)之舉動(dòng)與清國(guó)的主張無(wú)關(guān)?！比毡緸榻槿氤r事務(wù)的軍事行動(dòng)，牽強(qiáng)附會(huì)制造了出兵的“合理名分”。

全州陷落，清日兩國(guó)出兵，在國(guó)內(nèi)外政治軍事壓力下，6月10日朝鮮宮廷向農(nóng)民軍妥協(xié)，命全羅監(jiān)司金鶴鎮(zhèn)與農(nóng)民軍談判。雙方達(dá)成《全州和議》，政府承諾了農(nóng)民軍的要求。（1）停止迫害起義者和東學(xué)教徒，政府與東學(xué)黨人合力維持社會(huì)秩序。（2）查明貪官污吏的罪行，加以嚴(yán)懲。（3）嚴(yán)懲橫暴富豪。（4）嚴(yán)懲不良儒林兩班。（5）燒毀奴婢文書(shū)。（6）改善七種賤民待遇，不得強(qiáng)制白丁戴平壤笠。（7）許青年寡婦再嫁。（8）廢除一切擾民的苛捐雜稅。（9）任用官吏打破門閥界限，錄用人才。（10）嚴(yán)懲私通日本者。（11）取消一切公私債務(wù)。（12）土地應(yīng)平均分配。合約達(dá)成后，農(nóng)民軍退出全州城，解散返回故里。

日本派大軍入朝震驚了清國(guó)朝廷，命令袁世凱盡快通過(guò)外交途徑尋找退兵方案。袁世凱驚恐之極，生怕自己的過(guò)失給清國(guó)釀出被動(dòng)戰(zhàn)事，也想極力挽回不利局面。6月15日，袁世凱和大鳥(niǎo)會(huì)談，雙方達(dá)成“即時(shí)同時(shí)撤兵”的約定。就在大鳥(niǎo)準(zhǔn)備在合意書(shū)上簽字時(shí)，衫村代理公使提出，撤兵條約應(yīng)報(bào)本國(guó)政府知曉的建議，大鳥(niǎo)因此暫緩簽字。清日兩國(guó)駐朝公使代表，早期確實(shí)尋求過(guò)用外交手段解決朝鮮問(wèn)題的做法，原因是大鳥(niǎo)公使那時(shí)并不了解伊藤和陸奧欲取朝鮮的戰(zhàn)略意圖。