對于張盛藻的這份上疏，由兩宮皇太后和奕訢所主導之下的清廷在剛開始并不是一味駁斥，而是以溫婉的口氣予以解釋，并曉之以大義。在明發(fā)的上諭中，皇帝明確駁斥道：“朝廷設立同文館取用正途學習，原以天文、算學為儒者所當知，不得目為機巧，正途人員用心較精，則學習自易，亦于讀書學道，無所偏廢，是以派令徐繼畬總管其事，以責專成，不過借西法以引證中法，并非舍圣道而入歧途，何至有礙于人心士習？”[《籌辦夷務始末》（同治朝），上海古籍出版社，2008年1月第1版]

也許是看到了朝廷對于張盛藻的態(tài)度并不嚴厲，另一位反對派的重量級人物、理學大師、同治帝的師傅大學士倭仁便親自出馬上陣了。

在同治六年二月十五日（1867年3月20日）和三月初八日（4月12日），倭仁先后兩次上疏，先是要求“廢止同文館取正途學習”，之后更是變本加厲地要求“同文館以不行為是”，公開主張終止同文館的運作。

倭仁的這兩道上疏尤以第一疏最為“慷慨激烈，義正詞嚴”——

天文、算學為益甚微，西人教習正途，所損甚大。竊聞立國之道，尚禮儀不尚權謀；根本之圖，在人心不在技藝。今求之一藝之末，而又奉夷人為師，無論夷人詭譎未必傳其精巧，即使教者誠教，學者誠學，所成就者不過術數之士，古往今來未聞有恃術數而能起衰振弱者也。天下之大，不患無才。如以天文、算學必須講習，博采旁求，必有精其術者，何必夷人，何必師事夷人？且夷人吾仇也。倘延夷人為師，禍患無窮，甚至亡國滅種。（見上書）

面對保守派的詰責，奕訢等人轉變態(tài)度，開始奮起反駁倭仁為代表的愚昧落后的觀點。奕訢批評倭仁的議論雖然“陳義甚高，持論甚正”，但終不過是“空談道義、好為爭辯”而已。

在給皇帝的上疏中，奕訢反守為攻，在表明了這些年來為中國尋求自強之路的心跡之后，他開始將倭仁的軍——

該大學士既以此舉為窒礙，自必別有良圖。如果實有妙策，可以制外國而不為外國所制，臣等自當追隨該大學士之后，竭其昧悉心商辦，用示和衷共濟，上慰宸廑。如別無良策，僅以忠信為甲胄、禮義為干櫓等詞，謂可折沖樽俎，足以制敵之命，臣等實未敢信。（見上書）