在下午4~6點(diǎn)之間，日軍將這些戰(zhàn)俘分成四個(gè)縱隊(duì)，帶他們向西行進(jìn)，繞過(guò)幾座小山后在江邊停下來(lái)。“在經(jīng)過(guò)了三四個(gè)小時(shí)的等待之后，戰(zhàn)俘們都不知道發(fā)生了什么事，也沒(méi)看到任何準(zhǔn)備過(guò)江的跡象。”栗原吏一寫道，“天色漸漸暗了下來(lái)。他們并不知道……日本士兵已經(jīng)沿江對(duì)他們形成新月形包圍圈，許多機(jī)關(guān)槍已經(jīng)對(duì)準(zhǔn)了他們?！?/p>

當(dāng)處決行動(dòng)開始后，中國(guó)人想逃已經(jīng)來(lái)不及了。栗原吏一寫道：“突然之間各種槍支同時(shí)開火，槍聲和絕望的呼喊聲交織在一起?！敝袊?guó)人在絕望中痛苦地掙扎，1小時(shí)后，人群終于變得悄無(wú)聲息。之后日本士兵開始用刺刀逐個(gè)砍刺尸體，從夜晚一直持續(xù)到天亮。

如何處理尸體對(duì)日軍來(lái)說(shuō)是個(gè)難題。在幕府山大屠殺中，死亡人數(shù)只占日軍在南京城內(nèi)外屠殺人數(shù)的一小部分，但清理尸體的工作也持續(xù)了好幾天。

將尸體掩埋是一種辦法，但中島將軍在日記中抱怨很難找到可供掩埋七八千具尸體的巨大壕溝。將尸體火化也是一種辦法，但日軍通常缺乏足夠的燃料。例如，幕府山大屠殺之后，日軍在尸堆上澆了幾大桶汽油想將其焚化，但還沒(méi)等到尸體化為灰燼，汽油就用完了?！敖Y(jié)果是剩下一大堆被燒焦的尸體。”一位日本下士寫道。

于是，許多尸體被直接拋入長(zhǎng)江。

屠殺平民

當(dāng)中國(guó)士兵全部投降之后，實(shí)際上已經(jīng)沒(méi)有人保護(hù)這座城市的平民。日本人很了解這一點(diǎn)，于是12月13日，日軍蜂擁入城，迅速占領(lǐng)政府大樓、銀行和倉(cāng)庫(kù)，并在大街上肆無(wú)忌憚地開槍殺人。許多人在逃跑時(shí)從背后遭到射殺。日軍使用機(jī)關(guān)槍、左輪手槍和步槍，向聚集在中山北路和中路以及附近巷弄的傷兵、老婦和兒童開火。日軍還在城市的各個(gè)角落屠殺中國(guó)平民：無(wú)論在大街小巷、在防空洞和政府大樓，還是在城市廣場(chǎng)上，他們到處殺人。一個(gè)個(gè)受害者尖叫著倒在日軍鐵蹄下，痛苦地呻吟著，這座淪陷之都的大街小巷處處血流成河，其中許多鮮血來(lái)自那些奄奄一息、無(wú)力逃跑的人。

當(dāng)日軍在南京挨家挨戶地搜尋中國(guó)士兵時(shí)，他們也有組織地屠殺了這座城市的居民。除此之外，他們還屠殺南京市郊和附近農(nóng)村的中國(guó)人。無(wú)論在城墻外、在長(zhǎng)江邊（江水已被鮮血染紅），還是在池塘或湖邊、在山丘上，到處尸體成堆。在南京附近的村莊，日軍會(huì)因懷疑路人曾經(jīng)當(dāng)過(guò)兵，而向任何年輕男子開槍。日軍還殺害那些不可能是中國(guó)士兵的人，如老人和婦女，只要他們對(duì)日軍用日語(yǔ)發(fā)出的“這邊走”或“那邊走”的命令表示猶豫或不解，就會(huì)慘遭殺害。