在樹木系統(tǒng)中，內(nèi)在的連接關(guān)系是那些影響著樹木新陳代謝過程的物質(zhì)流動和化學(xué)反應(yīng)，也就是讓系統(tǒng)中某一部分對另外一些部分的狀況做出反應(yīng)的各種信號。

例如，晴天時，當樹葉散失了水分，負責(zé)輸送水分的葉脈中的壓力就會減小，從而從樹根那里汲取更多的水分；相反，如果樹根察覺到土壤變得干燥、水分減少，葉脈中壓力減小的信號就會讓樹葉關(guān)閉毛孔，以避免流失更多的水分。

在溫帶，隨著白晝的逐漸縮短，落葉樹木會釋放出一些化學(xué)信號，使樹葉中的養(yǎng)分向樹干和樹根傳輸，從而導(dǎo)致葉莖枯萎、樹葉脫落。甚至當某個部分遭到害蟲攻擊時，樹木也能發(fā)出一些信號，讓自身產(chǎn)生驅(qū)蟲的化學(xué)反應(yīng)或形成更加堅固的細胞壁。

沒有人了解是什么讓樹木做出這樣的反應(yīng)，但這也不足為奇，因為研究系統(tǒng)的要素畢竟要比研究其內(nèi)在的關(guān)系簡單得多。在一個大學(xué)系統(tǒng)中，內(nèi)在連接包括入學(xué)標準、學(xué)位要求、考試和分數(shù)、預(yù)算和現(xiàn)金流、人們的閑談等。當然，最重要的是知識的交流，這或許才是整個系統(tǒng)的根本目的。系統(tǒng)中的某些連接是實實在在的物質(zhì)流，例如樹干中的水分，或者學(xué)生在大學(xué)中的改變；還有很多連接是信息流，也就是系統(tǒng)中影響決策和行動的各種信號。這類連接通常很難被發(fā)現(xiàn)，但只要你用心，就會看到它們。例如，學(xué)生們可能會通過一些非正式的信息渠道，去了解每門課獲得高分的概率，從而決定選修哪些課；消費者可能會參考其收入、儲蓄、貸款額度、家中的存貨量、商品價格和數(shù)量等信息，來做出是否購買的決策；政府在出臺切合實際的治污法規(guī)之前，也需參考水污染的種類和數(shù)量等信息（當然，了解問題存在的相關(guān)信息是必要的，但還不足以采取行動——我們還需要了解資源、動機和結(jié)果等信息）。

如果說基于信息的連接都很難被發(fā)現(xiàn)的話，那么與系統(tǒng)的功能或目標有關(guān)的連接就更難被察覺了。只有通過分析系統(tǒng)的運作，我們才有可能明確地表述出系統(tǒng)的功能或目標。要想推斷出系統(tǒng)的目標，最好的方法就是仔細地觀察一段時間，看看系統(tǒng)有哪些行為。

如果一只青蛙向右轉(zhuǎn)捉住了一只蒼蠅，然后向左轉(zhuǎn)又捉住了另一只蒼蠅，接著又向后轉(zhuǎn)捉住了第三只蒼蠅，那么我們就可以判斷出青蛙的目的并非是向左、向右或向后轉(zhuǎn)身，而是為了捕捉蒼蠅。如果一個政府宣稱要保護環(huán)境，卻只為此撥付了很少量的資金，投入很少的精力，那么我們就可以判斷出政府的實際目的并非保護環(huán)境。因此，必須通過實際行為來推斷系統(tǒng)的目標，而不能只看表面的言辭或其標榜的目標。