南洋公學自開辦以來，有一部分之教員及管理員不為學生所喜。吳稚暉君任公學教員時，為組織衛(wèi)學會，已起沖突。學生被開除者十余人。吳君亦以是辭職，赴日本。而不孚人望之教員，則留校如故。是年（1902年）11月間，有中院第五班生，以誤置墨水瓶于講桌上，為教員所責。同學不平，要求總理去教員，總理不允，欲懲戒學生。于是激而為全體退學之舉。特班生亦犧牲其保舉經(jīng)濟特科之資格，而相率退學，論者謂為孑民平日提倡民權(quán)之影響。孑民亦以是引咎而辭職。

南洋公學學生既退學，謀自立學校，乃由孑民為介紹于中國教育會，募款設校，沿女學校之名，曰愛國學社。以孑民為代表，請吳稚暉君、章太炎君等為教員。與《蘇報》訂約，每日由學社教員任論說一篇，而《蘇報》館則每月助學社銀一百圓以為酬。于是《蘇報》館遂為愛國學社之機關(guān)報矣。吳君又發(fā)起張園演說會，昌言革命。會南京陸師學堂退學生十余人，亦來學社，章行嚴君其一也。于是請彼等教授兵式體操。孑亦剪發(fā)，服操衣，與諸生同練步伐。無何，留日學生為東三省俄兵不撤事發(fā)起軍國民教育會，于是愛國學社亦組織義勇隊以應之。是時，愛國學社幾為國內(nèi)唯一之革命機關(guān)矣。